ጂኖም-ሰፊ ግምቶች እንደገና የመዋሃድ፣ ሚውቴሽን እና አወንታዊ ምርጫ የተለያዩ የማይኮባክቲሪየም ቦቪስ አሽከርካሪዎችን ያነሳሳል።

ተፈጥሮን ስለጎበኙ እናመሰግናለን። እየተጠቀሙበት ያለው የአሳሽ ስሪት ለCSS የተወሰነ ድጋፍ አለው። ለበለጠ ልምድ፣ አዲሱን የአሳሹን ስሪት እንድትጠቀም እንመክርሃለን (ወይም በኢንተርኔት ኤክስፕሎረር ውስጥ የተኳሃኝነት ሁነታን ያጥፉ)። በተመሳሳይ ጊዜ፣ ቀጣይነት ያለው ድጋፍ ለማረጋገጥ፣ ያለ ቅጦች እና ጃቫስክሪፕት ጣቢያዎችን እናሳያለን።
የጂኖም ቅደም ተከተል የኢንፌክሽን በሽታ ምርምር መስክን አሻሽሏል, የበሽታ ኤፒዲሚዮሎጂ, በሽታ አምጪ ተህዋሲያን, አስተናጋጅ-ተህዋሲያን መስተጋብር እና በሽታ አምጪ ተሕዋስያን ላይ የተጫነውን የዝግመተ ለውጥ ሂደትን ያሳያል. የማይኮባክቲሪየም ቲዩበርክሎዝስ ኮምፕሌክስ (ኤምቲቢሲ) ማይኮባክቲሪየም ቦቪስን በመሬት ላይ ባሉ አጥቢ እንስሳት ላይ የሳንባ ነቀርሳን ከሚያስከትሉ ከእንስሳት መላመድ አባላቶቹ እንደ አንዱ አድርጎ ይመለከታቸዋል እና የባክቴሪያ ዝግመተ ለውጥ ዓይነተኛ ሞዴል ነው። ልክ እንደሌሎች የኤምቲቢሲ አባላት፣ ማይኮባክቲሪየም ቦቪስ በጥብቅ የተከለለ፣ ቀስ በቀስ የሚያድግ በሽታ አምጪ ተህዋሲያን ነው ተብሎ ይታሰባል፣ እና በግልጽ የመዋሃድ ወይም አግድም የጂን ሽግግር ምልክት የለም። በዚህ ሥራ የከብቶች M. የዝግመተ ለውጥ ኃይልን የዘረመል ልዩነት ግንዛቤ ለማግኘት ከተለያዩ ዘሮች (አውሮፓ እና አፍሪካ) 70 የከብት ኤም. የተውጣጣውን አጠቃላይ የጂኖም ቅደም ተከተል (WGS) ዳታ ስብስብ ላይ ንፅፅር ጂኖም እንተገብራለን። የመልሶ ማደራጀት ምልክቶችን ለመገመት ሶስት የተለያዩ ዘዴዎች ጥቅም ላይ ይውላሉ. በአለምአቀፍ ደረጃ, አነስተኛ ቁጥር ያላቸው የዳግም ውህደት ክስተቶች ተለይተው በሁለት ገለልተኛ ዘዴዎች በጠንካራ ድጋፍ ተረጋግጠዋል. ነገር ግን፣ ከተለዋዋጭ ለውጦች ጋር ሲነጻጸር፣ እንደገና ማዋሃድ በ M. bovis (አጠቃላይ r/m = 0.037) ልዩነት ላይ ደካማ ተጽእኖ ይኖረዋል። በእኛ የመረጃ ስብስብ ውስጥ የሚገኘው በማይኮባክቲሪየም ቦቪስ ክሎናል ኮምፕሌክስ ውስጥ የሚገኘው r/m አማካኝ ከአጠቃላይ ፅንሰ-ሀሳብ ጋር የሚጣጣም ነው የመልሶ ማጣመር ደረጃ ለተመሳሳይ የታክሶኖሚክ ዝርያዎች በተመደቡት የዘር ግንድ መካከል በእጅጉ ሊለያይ ይችላል። በዚህ ሥራ ላይ በመመስረት በማይኮባክቲሪየም ቦቪስ ውስጥ እንደገና ማዋሃድ ሊወገድ አይችልም ፣ ስለሆነም ለወደፊቱ የንፅፅር ጂኖሚክስ ምርምር ተጨማሪ ጥረቶች ርዕሰ ጉዳይ መሆን አለበት ፣ በዚህ ውስጥ WGS በዓለም ዙሪያ ካሉ የተለያዩ ኤፒዲሚዮሎጂያዊ ሁኔታዎች ውስጥ ትልቅ የመረጃ ስብስቦች ወሳኝ ነው። ከዚያም በትናንሽ ማይኮባክቲሪየም ቦቪስ መረጃ ስብስብ (n = 42) ከብዙ አስተናጋጅ የቲቢ ስርጭት ላይ ተጨማሪ ትንታኔ ተካሂዶ ከ 1,800 በላይ ሎሲዎች ተለይተዋል, ከእነዚህ ውስጥ ቢያንስ አንድ ዝርያ አንድ ነጠላ ኑክሊዮታይድ ፖሊሞርፊዝም (SNP) አሳይቷል. አብዛኛዎቹ (87.1%) በኮዲንግ ክልል ውስጥ ይገኛሉ፣ እና ተመሳሳይ ያልሆኑ ለውጦች (ዲኤን/ዲኤስ) ተመሳሳይ ለውጦች ከ1.5 ይበልጣል፣ ይህም አዎንታዊ ምርጫ በኤም.ቦቪስ ላይ የሚተገበር አስፈላጊ የዝግመተ ለውጥ ኃይል መሆኑን ያሳያል። ከፍተኛ መጠን ያለው የኤስ.ኤን.ፒ.ዎች በጂኖች የበለፀጉ የ "ሊፕድ ሜታቦሊዝም" ፣ "የሴል ግድግዳ እና ሴሉላር ሂደቶች" እና "መካከለኛ ሜታቦሊዝም እና መተንፈስ" በባዮሎጂ እና በዝግመተ ለውጥ ማይኮባክቲሪየም ቦቪስ ጠቀሜታ ያላቸውን አቅም ያሳያል ። በኤም.ቲ.ቢ.ሲ ቅድመ አያቶች ውስጥ ያሉትን ጂኖች በቅርበት ስንመለከት ለአግድም የጂን ዝውውር የተጋለጡ እና በ 3R (የዲ ኤን ኤ ጥገና ፣ ማባዛት እና እንደገና ማዋሃድ) ስርዓት ውስጥ የተካተቱትን የታይጂማ ዲ ገለልተኛ ሙከራን ዓለም አቀፍ አማካይ አሉታዊ እሴት ያሳያል ፣ ይህም ያለፈውን የተመረጠ ቅኝት ያሳያል ።
ማይኮባክቲሪየም ቲዩበርክሎዝስ ኮምፕሌክስ (ኤምቲቢሲ) በባክቴሪያ በሽታ አምጪ ተህዋሲያን በጣም ስኬታማ ከሆኑት ታክሶች አንዱ እና የተለመደው የባክቴሪያ ዝግመተ ለውጥ ጉዳይ ነው። አባላቱ በሚያስደንቅ ሁኔታ ከፍተኛ ኑክሊዮታይድ ማንነትን በጂኖሚክ ደረጃ ያሳያሉ (> 99%)1,2 . የተለያዩ የኤምቲቢሲ ኢኮታይፕስ ቲዩበርክሎዝስ (ቲቢ) ሊያስከትሉ ይችላሉ, ይህም ተላላፊ granulomatous በሽታ ነው, ከጥቃቅን አጥቢ እንስሳት እስከ ሰዎች 3,4,5. በአሁኑ ጊዜ ውስብስቡ ሰዎችን ያጠቃልላል [ኤም. ሳንባ ነቀርሳ (ኤምቲቢ)፣ ማይኮባክቲሪየም አፍሪካን) እና በእንስሳት የተላመዱ በሽታ አምጪ ተህዋሲያን (ማይኮባክቲሪየም ቦቪስ፣ ማይኮባክቲሪየም ካፒተም፣ ማይኮባክቲሪየም ፒኒፔዱም፣ ማይኮባክቲሪየም ማይክሮቶባክተር፣ ማይኮባክቲሪየም ሞንጌ፣ ማይኮባክቲሪየም ማይሳኒ፣ ማይኮባክቲሪየም ሱሪካ፣ “ባሲለስ ቺምፓንዚ” እና፣ 6) M. canettii (“Nodobacter glabrata” በመባልም ይታወቃል) ከላይ ከተጠቀሰው ማይኮባክቲሪያ ጋር ያለው አማካይ ኑክሊዮታይድ ማንነት 98% ሲሆን የንፅፅር ጂኖሚክስ ስራ እንደሚያሳየው M. canettii እና የተቀረው MTBC በቅርብ ጊዜ ከተራ ቅድመ አያቶች ተለያይተዋል።
ኤምቲቢሲ ስልታዊ በሆነ መልኩ እንደ ጥብቅ ክሎናል ኮምፕሌክስ ተገልጿል፣ እና የህዝብ አወቃቀሩ በግልፅ የሚተዳደረው በተቀነሰ ልዩነት፣ ማነቆዎች፣ በተመረጠ ቅኝት እና በጄኔቲክ ድሪፍት9፣10 ነው። እንደ የጎደሉት ፖሊሞፈርፊሞች ያሉ ውስብስብ ጥብቅ ክሎናል ዝግመተ ለውጥን በመገመት እንደገና በማጣመር ወደነበሩበት ሊመለሱ አይችሉም። በዚህ መነሻ ላይ በመመስረት፣ የልዩነት ክልል (RD) እና TbD1 (Mtb የተወሰነ ስረዛ 1 ክልል) የዘር ማጥፋት ተከታታይ ክስተቶች የMTBC evolution2,5,11 ሞለኪውላር ማርከር ሆነው ቀርበዋል። የንጽጽር ጂኖም እና ሙሉ የጂኖም ቅደም ተከተል (WGS) ሥራ በሰው ልጆች የተላመዱ አባላትን ወደ ዘጠኝ የዘር ሐረጎች (Mycobacterium tuberculosis L1 እስከ L4፣ L7 እና L8፣ እና Mycobacterium africanum L5፣ L6 እና L9)፣ የዘር ሐረጋት L2 እስከ L4 የተጋራ ሰርዝ TbD1 ክልል2፣131.12 በተጨማሪም፣ ከእንስሳት የተላመዱ አባላት አንድ የጋራ ቅድመ አያት እንዲካፈሉ ሐሳብ ቀርበዋል፣ እሱም በ RD7፣ RD8፣ RD9 እና RD102፣ 5 እና 14 ላይ በክላድ-ተኮር ስረዛዎች ይገለጻል።
አግድም ዘረ-መል (HGT) እና የዳግም ውህደት ክስተቶች እንደ ብርቅ ይቆጠራሉ እና በኤምቲቢሲ ቅድመ አያቶች ውስጥ ይከሰታሉ፣ ይልቁንም የMTBC አባል አጠቃላይ ታሪክ 15፣16፣17። በሂዩዝ እና በተባባሪዎቹ (2002) እና በጉታከር እና ተባባሪዎች (2006) ሁለት ቀደምት ሪፖርቶች የመልሶ ማጣመር ክስተቶች በኤም. ቲዩበርክሎዝስ ዘር18፣19 ውስጥ የተወሰኑ ሎሲዎችን የሚያመለክቱ ፖሊሞፈርፊሞችን ለመቅረጽ እንደሚረዱ ጠቁመዋል። በኤም.ቲ.ቢ.ሲ ውስጥ እንደገና የመዋሃድ አለመኖር ምክንያቶች የሚከተሉት ናቸው: (1) የሜካኒካል ሂደት እና የ HGT ችሎታ ማጣት; (2) የ HGT ክስተቶች ብርቅነት; (3) በኤምቲቢሲ niche14፣17 ውስጥ ዳግም የማጣመር እድል የለም። በቅርቡ፣ በMTBC strain 20 እና Mycobacterium bovis 21 ላይ የተተገበሩ አንዳንድ የሙሉ-ጂኖም ሴኬቲንግ (WGS) ጥናቶች እንደገና የመዋሃድ ማስረጃዎችን አቅርበዋል፣ የመጀመሪያው የሚያሳየው የ MTBC ዝርያዎች ብዙውን ጊዜ ትናንሽ የዲ ኤን ኤ ቁርጥራጮችን ይለዋወጣሉ ፣ ግን በተወሰነ የኑክሊዮታይድ ቅደም ተከተል ልዩነት ፣ እነዚህ ክስተቶች አሁንም አልተስተዋሉም።
ማይኮባክቲሪየም ቦቪስ ከከብቶች (በተለይም ከብቶች) በብዛት የተገኘ የኤምቲቢሲ አባል ነው፣ ምንም እንኳን ከነጻ ክልል እና ከተከለሉ የዱር እንስሳት 4,22,23,24። ኤም ቦቪስ ወደ አምስት ዋና ዋና ክሎናል ሕንጻዎች ተሻሽሏል [አውሮፓ 1 (Eu1)፣ አውሮፓውያን 2 (Eu2)፣ አውሮፓውያን 3 (Eu3)፣ አፍሪካዊ 1 (Af1) እና አፍሪካ 2 (Af2)]፣ በስፖሊጎታይፕ ፕሮፋይል፣ የተወሰኑ ስረዛዎች እና ነጠላ ኑክሊዮታይድ ፖሊሞርፊዝም (SNPs)፣ ዘረመል 22፣27፣22 እነዚህ ክሎናል ውስብስቦች የማይኮባክቲሪየም ቦቪስ ህዝብ አወቃቀር እና ከጂኦግራፊያዊ ክልሎች ጋር ያለውን ግንኙነት ያሳያሉ። በተጨማሪም በዚምፔልና በተባባሪዎቹ (2020) የተካሄደው የቅርብ ጊዜ የWGS ሥራ ከ1,900 በላይ ጂኖም ያለው በማይኮባክቲሪየም ቦቪስ SNP ላይ የተመሠረተ የሥርዓተ-ፍየል ዘዴን ነድፎ ቢያንስ አራት የተለያዩ የዘር ሐረጎች መኖራቸውን ያሳያል (ከ Lb1 እስከ Lb1 እስከ Lb4 የተሰየሙ) ፣ እነሱ ሙሉ በሙሉ ከጂኦግራፊያዊ ውስብስብነት ጋር የተጣጣሙ አይደሉም ፣ ምንም እንኳን ቀደም ሲል ከተገለጹት ጂኦግራፊካዊነት ጋር ሙሉ በሙሉ አይደሉም። እነዚህ ደራሲዎች ስለ phylogeny እና ሞለኪውላር መጠናናት ልዩነት ትንተና ሠርተዋል፣ ነገር ግን ድጋሚ ውህደት30ን አላጠኑም።
የተለያዩ ሞለኪውላዊ ቴክኒኮችን በመጠቀም እንደ ስፖሊጎታይፕ፣ MIRU-VNTR (ማይኮባክቴሪያል የተጠላለፈ ተደጋጋሚ ዩኒት-ተለዋዋጭ ታንደም ተደጋጋሚ ቁጥር) እና የቅርብ ጊዜ የ SNP ትየባ በ M. bovis strains 31,32,33, 34,35 መካከል የተወሰነ የዘረመል ልዩነት አሳይቷል። የጄኔቲክ ልዩነት ልዩነት በበሽታ ኤፒዲሚዮሎጂ ጥናት ውስጥ ጠቃሚ መሳሪያ ሆኗል, ይህም ስለ በሽታ አምጪ ተውሳኮች, ቫይረሪቲስ እና የበሽታ ስርጭትን በጥልቀት ለመረዳት ይረዳል. የWGS ዘዴ ብቅ ማለት በማይኮባክቲሪየም ቦቪስ ጂኖም ለተለያዩ አስተናጋጆች እና ኤፒዲሚዮሎጂያዊ ሁኔታዎችን በመላመድ እና በመቆየት ሂደት ውስጥ የተጫኑትን የዝግመተ ለውጥ የመንዳት ምክንያቶችን ለማሳየት እድል ይሰጣል።
በዚህ ሥራ ውስጥ፣ ስለ Mycoplasma bovis የዝግመተ ለውጥ ሂደት ግንዛቤን ለማግኘት፣ በተለይም የፋይሎጀኔቲክ ግንኙነቶችን እና የመዋሃድ ክስተቶችን ለመፍታት በተለያዩ የ Mycoplasma bovis datasets (n=70) ላይ የንፅፅር ጂኖሚክ ትንታኔን እንጠቀማለን። ለዚህ ትንተና ማሟያ፣ በፖርቹጋል 31,36 ውስጥ በደንብ ከሚታወቅ የብዝሃ አስተናጋጅ የሳንባ ነቀርሳ አካባቢ የተገኘ የ M. bovis ንኡስ ዳታ ስብስብ (n = 42) ማንነት አለመሆንን ለመገመት የበለጠ ተዳሷል በስሜት አንጻራዊ ሬሾ (ዲኤን) እና ተመሳሳይ (ዲኤስ) ኑክሊዮታይድ መተካቶች፣ እንዲሁም በዝግመተ ለውጥ ውስጥ የተጠቀሱት ልዩ ልዩ ጽሑፎች 37,38 በኤምቲቢሲ ቅድመ አያቶች በኤችጂቲ የተገኘ እና 3R (የዲ ኤን ኤ ጥገና፣ ማባዛትና መልሶ ማዋሃድ) የስርዓት ዘረ-መል ክፍሎች 39. በHGT የተገኙ ጂኖችን ምረጥ ጥንታዊ ፖሊሞርፊዝምን ሊወክሉ ስለሚችሉ ተመሳሳይ ተመሳሳይ ለውጦችን ሊያካትት ይችላል ተብሎ ይጠበቃል። በ 3R ስርዓት ውስጥ የተካተቱት ጂኖች ተመርጠዋል ምክንያቱም ቀደም ሲል በኤም. ቲዩበርክሎዝስ ዓይነቶች ላይ የተደረጉት ስራዎች በእነዚህ ጂኖች ላይ የሚሰሩ አጠቃላይ አሉታዊ / የመንጻት ምርጫዎችን ያመለክታሉ, እና በዝግመተ ለውጥ ውስጥ ትልቅ ሚና ሊጫወቱ ይችላሉ 39. የዚህ ስራ ሌላ ግብ የመልሶ ማደራጀት ክስተቶች መኖሩን ማወቅ ነው. በዚህ ምክንያት ከፖርቱጋል የመጣነው መረጃ ስብስብ የአውሮፓ ክሎኒ ውስብስብ 2 ጂኖም እና የክሎኑ ውስብስብ ያልተመደቡ ውጥረቶችን ብቻ እንደያዘ ግምት ውስጥ በማስገባት በመጨረሻ የሁሉም ክሎን ውስብስቦች ተወካይ ለማግኘት በይፋ የሚገኝ የጂኖም መረጃን ለማካተት ወሰንን እና የውጤቶችን ጥንካሬ እና ስፋት ማሻሻል።
42 አዲስ ተከታታይ ማይኮፕላዝማ ቦቪስ ጂኖም ከፖርቹጋላዊው የብዙ አስተናጋጅ ቲዩበርክሎዝ ትእይንት (ከዚህ በታች ያለው ዝርዝር)፣ ቀደም ሲል ከኤፒዲሚዮሎጂያዊ እይታ36 ተለይቶ የሚታወቅ፣ የዚህ ሥራ ማዕከል ናቸው። ከፖርቱጋል የተገኘው መረጃ የአውሮፓ 2 ክሎነን ውስብስብ አካላት ተወካዮች ብቻ እንዳሉት እና የተወከሉ ውስብስቦች የሌሉበት ጫናዎች እንዳሉት ከግምት በማስገባት፣ ሁሉንም የ M. bovis clone ውስብስብ ተወካዮችን ያካተተ የውሂብ ስብስብን ለማስፋት በይፋ የሚገኝ ሙሉ-ጂኖም ቅደም ተከተል መረጃ ተጨምሯል። ስለዚህ, በዚህ ሥራ ውስጥ ሶስት ሙሉ-ጂኖም ቅደም ተከተል የመረጃ ምንጮች ጥቅም ላይ ውለዋል: ሙሉ / ረቂቅ ጂኖም ስብሰባ, በ NCBI (ብሔራዊ የባዮቴክኖሎጂ መረጃ ብሔራዊ ማእከል) ውስጥ የተከማቹ እስከ 10 ቅርፊቶች (n = 15 isolates); በ SRA ውስጥ የተከማቸ (የኢሉሚና ፋስትቅ ፋይል በቅደም ተከተል የተነበበ ማህደር) የ M. bovis clones ውስብስብ ልዩነትን ይወክላል (n = 12 isolates)30; እና 42 አዲስ ተከታታይ ጂኖም ከፖርቱጋል። ማይኮባክቲሪየም ቦቪስ ቢሲጂ (Bacille Calmette-Guerin) ከNCBI ፍለጋ ተገለለ። M. bovis AF2122/97 ብዙውን ጊዜ በመረጃ ቋቱ ውስጥ ለመካተት እንደ ማጣቀሻ ጂኖም ያገለግላል። በአፍሪካ 1 ክሎኒንግ ኮምፕሌክስ የተወከለው አጠቃላይ የጂኖም ቅደም ተከተል በሕዝብ አለመገኘቱ እና ከ Af2 እና Eu1 ተወካዩ ዝርያዎች የተገኙት አነስተኛ የጂኖም ብዛት፣ በSRA የቀረበው የመጀመሪያ ቅደም ተከተል መረጃ በእነዚህ ጉዳዮች ላይ ጥቅም ላይ ውሏል። የዚምፔልና ግብረአበሮቹ (2020) ጂኖም ከላይ ከተጠቀሰው ክሎኒንግ ኮምፕሌክስ ለመለየት ረድቷል እና በውሂብ ስብስቡ ውስጥ እንዲካተት ማይኮባክቲሪየም ቦቪስን መርጧል። ለEu3፣ አንድ ዓይነት ጂኖም ብቻ ነው የተገለፀው (Branger et al., 2020)፣ ስለዚህ እኛ ያካተትነው ጂኖም የEu3 ውስብስብ ተወካይ ነው።
በአለም አቀፍ ደረጃ ይህ የመረጃ ስብስብ ከ1985 እስከ 2016 በ12 ሀገራት የሚሰራጩ 70 የከብት ከብቶች ኤም ቦቪስን ያጠቃልላል። በዚህ ጥናት ውስጥ ጥቅም ላይ የዋለው የማይኮባክቲሪየም ቦቪስ ዝርዝር መረጃ (የመግቢያ ቁጥርን ጨምሮ) በሰንጠረዥ 1 እና ተጨማሪ ሠንጠረዥ 1 ውስጥ ይታያል።
ከፖርቹጋል የእንስሳት ቲዩበርክሎዝ ቦታዎች የተገኙ እና ከ12 ዓመታት በላይ የተከፋፈሉ 42 የማይኮባክቲሪየም ቦቪስ ሙሉ ጂኖም የዚህ ጥናት ማዕከል ናቸው። በቀጣዮቹ ሂደቶች መሰረት፣ እነዚህ ዝርያዎች ከብቶች (n = 14)፣ ቀይ አጋዘን (n = 16) እና የዱር አሳማ (n = 12) ከ 2003 እስከ 2015 ተለይተዋል፡ እንስሳትን መሰብሰብ እና ማስተናገድ በተመከረው የፕሮቶኮል መመሪያ መሰረት የቲሹ ናሙናዎች በ OIE Terrestrial Animal Handbook ውስጥ ይገኛሉ እና በስቲን-ጄንሴን እና በጠንካራ የእንስሳት መጽሃፍ ላይ ይገኛሉ። ፈሳሽ መካከለኛ. ባህሎቹ በ 37 ዲግሪ ሴንቲ ግሬድ ውስጥ ይከተባሉ እና እድገቱ ቢያንስ ለ 12 ሳምንታት በሳምንት አንድ ጊዜ ይመረመራል. ቅኝ ግዛቶቹ በቀጥታ በ -80º ሴ በ glycerol መፍትሄ ውስጥ ይቀመጣሉ። በማይኮባክቲሪየም መራጭ ሚዲያ (ሚድልብሩክ 7 ኤች 9 ፣ BD Diagnostics) የ WGS ፕሮግራም ዲ ኤን ኤ ለማግኘት ኦሪጅናል በማህደር የተቀመጡ ናሙናዎች በአንድ ኢንቪትሮ ምንባብ በኩል አልፈዋል። ለዚህም የቀዘቀዘው የባህል ክምችት መፍትሄ በ 5% ሶዲየም ፓይሩቫት እና 10% ኤ.ዲ.ኤስ (50 ግራም አልቡሚን, 20 g ግሉኮስ, 8.5 g ሶዲየም ክሎራይድ በ 1 ኤል ውሃ) በ ሚድልብሩክ 7H9 በ 37 ° ሴ Retrain. ከ 4 ሳምንታት እድገት በኋላ መካከለኛው ታድሷል እና እድገቱ እስኪታይ ድረስ ባህሉ በየጊዜው ክትትል ይደረግበታል. ሴሎቹ በሴንትሪፍግሽን ተሰብስበዋል፣ እንክብሉ በ500 µL ፎስፌት ቡፈርድ ሳላይን (PBS) እንደገና ታግዷል፣ በ99 ዲግሪ ሴንቲ ግሬድ ለ 30 ደቂቃዎች ይሞቃል፣ ሴንትሪፉጅ የተደረገ፣ እና ከፍተኛው ክፍል በ -20°C እስከ WGS ድረስ ተከማችቷል። ሁሉም ሂደቶች በደረጃ 3 የባዮሴፍቲ ተቋማት ይከናወናሉ.
የWGS ጥምር-መጨረሻ ጂኖም ቤተ-መጽሐፍት የሚዘጋጀው የእያንዳንዱን የዲኤንኤ ናሙና ልዩ መረጃ ጠቋሚ በመጠቀም ነው፣ እና ኢሉሚና ሚሴክ (2 × 250 pb) (40 ናሙናዎች) እና HiSeq (2 × 150 pb) (ሁለት ገለልተኛ) ቴክኖሎጂን (Eurofins Genomics፣ Germany)ን በቅደም ተከተል ይጠቀማል። በአምራቹ መመሪያ መሰረት የኢሉሚና ጂኖም ተንታኝ ባለ ሁለት ጫፍ ሞጁል አባሪ በመጠቀም የጂኖም ዲ ኤን ኤውን በቅደም ተከተል ይጠቀሙ እና ቤተ መፃህፍቱን ለመስራት Nextera XT DNA Library Prep Kit ከኢሉሚና ይጠቀሙ።
ከ SRA (n = 12) የተገኘውን መረጃ ከግምት ውስጥ በማስገባት የክሎኑ ውስብስብ መለያ እንደ ተጓዳኝ ህትመቶች ሜታዳታ ሆኖ ሊያገለግል ይችላል 30, 41, 43. ከማይኮባክቲሪየም bovis AF2122/97 እና ማይኮባክቲሪየም bovis 3601, 12 ውስብስብ እና E5 አባላት በስተቀር, ሙሉውን ጂኖም ሲመለከቱ እንደቅደም ተከተላቸው፣ ከማይኮባክቲሪየም ቲዩበርክሎዝስ H37Rv (NCBI accession number NC_000962.3) ሙሉ ጂኖም ጋር ተመሳሳይ ነው። የጂኖም አሰላለፍ የሚከናወነው MAFFT (በርካታ የአሚኖ አሲድ ወይም ኑክሊዮታይድ ቅደም ተከተል፣ ስሪት 7.458) እና ፓራሜትር -addfragments48 በመጠቀም ነው። ከዚያም, የተለያዩ ክሎናል ኮምፕሌክስ እና / ወይም የ SNP ባህሪያት አለመኖራቸውን ይፈልጉ.
አዲስ ተከታታይ የሆነው ማይኮባክቲሪየም ቦቪስ (n = 42) እና የተሰበሰበው የጂኖም ረቂቅ (n = 3) ውስብስቡን ከማጣቀሻ ጂኖም ማይኮባክቲሪየም ቲዩበርክሎዝስ H37Rv ጋር በማጣጣም በ vSNP ቧንቧ መስመር እና የተለያዩ ክሎኖች ስረዛ እና/ወይም SNP ባህሪያት መኖራቸውን ፍለጋ ተካሄደ።
የጂኖሚክ መረጃን ለተዛማጅ ክሎናል ኮምፕሌክስ ለመመደብ የባህሪዎች እጥረት እና/ወይም የ SNP እና የስፖሊጎታይፕ መገለጫዎች መገኘት/ አለመኖር መረጃን ይሰብስቡ። ለአራቱ ረቂቅ ስብሰባዎች የስፖሊጎታይፕ ፕሮፋይሉ ሊገመት አይችልም, ስለዚህ "ውስብስብ ያልሆነ" ቡድን ውስጥ ይካተታሉ.
በዚህ ሥራ የተከተለው የባዮኢንፎርማቲክስ የስራ ሂደት የሚጀምረው ከዲ ኖቮ ስብሰባ እና ካርታ ወደ ማጣቀሻ ስትራቴጂ ነው, ዓላማውም የመልሶ ማጠናከሪያ ክስተቶችን እና የተወሰኑ የጂኖም ፖሊሞፊሞችን ማሰስ ነው. ምስል 1 የተከተሉትን እርምጃዎች ፍሰት ሰንጠረዥ ያቀርባል. ለዳግም ውህደት ትንተና, ሁሉም ጂኖምዎች የማጣቀሻዎችን እና ተያያዥ አመልካቾችን ጥንካሬ ለመጨመር ያገለግላሉ.
የጂኖም መግባባት ቅደም ተከተሎችን በማመንጨት ውስጥ ስህተቶችን ለመቀነስ በመጀመሪያ የዲ ኖቮ ስብሰባን አገኘን እና ከዚያም ዋና በርካታ አሰላለፍ አግኝተናል። የUnicycler ቧንቧ መስመር በአሁኑ ጊዜ https://github.com/rrwick/Unicycler49 ላይ ይገኛል እና 54 ተከታታይ ጂኖም (42 አዲስ ተከታታዮች እና 12 fastq ፋይሎች ከSRA የተመለሱ) የዲ ኖቮ ስብሰባን ለማከናወን ጥቅም ላይ ይውላል። በአጭሩ፣ ከባዶ ከመሰብሰቡ በፊት፣ የጥራት ትንተና በFastQC ስሪት 0.11.7 (https://github.com/s-andrews/FastQC) እና Trimmomatic ስሪት 0.36 (አማራጭ “መቁረጫ አስማሚዎችን እና ሌሎች የመብራት የተወሰኑ ቅደም ተከተሎችን ከማንበብ” እና “መሠረቶችን ከ 0 ዝቅተኛ ጥራት ከተተገበረ) (http://www.usadellab.org/cms/?page= trimmomatic) 50. ከዚያም SPAdes optimiser49 ለጂኖም ስብሰባ ጥቅም ላይ የዋለ ሲሆን ፒሎን እትም 1.1851 ለድህረ-ስብሰባ ማመቻቸት ጥቅም ላይ ውሏል። ትክክል ያልሆነ ስብሰባን ለማስቀረት ወግ አጥባቂ ድልድይ ሁነታ ተመርጧል፣ እና የ k-mer መጠን ተፈልጎ በ20% እና 95% የንባብ ርዝመት መካከል ተመርጧል። የ SPAdes መመሪያዎችን ይከተሉ እና የተነበበውን መጠን ግምት ውስጥ ያስገቡ ፣ ከ 300 ቢፒኤ በታች የሆኑ ኮንቴይሮችን ይሰርዙ እና የ 20 ንባብ ጥልቀት ሽፋን የ 52 መቋረጥ ያዘጋጁ ። በዴ ኖቮ ስብሰባ ስትራቴጂ ፣ እንደ በጣም ተደጋጋሚ ፕሮላይን-ግሉታሜት (PE) እና ፕሮላይን-ፕሮላይን ግሉታሜት (PPE) ፓራሎጎች ያሉ ጂኖሚክ ክልሎች አልተወገዱም።
የዲ ኖቮ ስብሰባ ጥራት የሚገመገመው በ QUAST ቧንቧ መስመር (http://quast.sourceforge.net/quast.html) በኩል ሲሆን ይህም ኮንቲግ እና የ M. bovis AF2122/97 ማጣቀሻ ጂኖም (NCBI accession ቁጥር LT708304.1) ካርታ ስራ (ተጨማሪ ሠንጠረዥ 1ን ለጥራት መለኪያዎች ይመልከቱ)።
በ vSNP ቧንቧ መስመር (https://github.com/USDA-VS/vSNP) እርዳታ ከኢሉሚና ቅደም ተከተል የመጣው አዲስ ተከታታይ M. bovis የ FASTQ ፋይል ከ M. bovis AF2122/97 ማጣቀሻ ጂኖም (LT708304.1)) ጋር ተነጻጽሯል። በጂኖም ትንታኔ Toolkit (GATK) 53፣ 54፣ 55 ምርጥ የልምድ ምክሮች መሰረት መደበኛ የማጣሪያ መለኪያዎችን ወይም የተለያዩ የጅምላ ነጥቦችን እንደገና ለማስተካከል። ውጤቶቹ የሚጣሩት ዝቅተኛውን የSAMtools የጅምላ ነጥብ 150 እና AC = 2 ነው። በተጨማሪም ክራከንን (http://ccb.jhu.edu/software/kraken/) በመጠቀም ንባቦቹን መበከልን ያረጋግጡ። በእኛ ሥራ ውስጥ ያሉትን ስልቶች ለመቅረጽ የvSNP ቧንቧ መስመር ተከታታይ የተገለጹ SNPs እና ኢላማዎችን ይመረምራል፣ እንዲሁም የተቀላቀሉ የኢንፌክሽን ሁኔታዎችን አያካትትም። የተነበበው የጂኖም ሽፋን ከ 99% የተሻለ ነው (ተጨማሪ ሰንጠረዥ 1).
የካርታ ስህተቶችን እና የተሳሳቱ SNPዎችን ለማስወገድ በሚከተሉት ሁኔታዎች ውስጥ ያለውን ልዩነት ያጣሩ: (1) ከ 20 ንባቦች በታች ይደገፋል, (2) ከ 0.9 ባነሰ ድግግሞሽ ተገኝቷል, (3) ቢያንስ በአንድ ስትሮንስ ውስጥ ነው, ነገር ግን ቢያንስ በሌላ ውጥረቱ ውስጥ ክፍተቶች አሉ. የተቀናጀው የጂኖሚክስ መመልከቻ (IGV) ስሪት 2.4.19 (http://software.broadinstitute.org/software/igv/)56 SNPs እና በካርታ ወይም በአሰላለፍ ችግሮች ያሉ ቦታዎችን በምስል ለማረጋገጥ ጥቅም ላይ ውሏል። የፕሮላይን-ግሉታሜት (ፒኢ) እና ፕሮላይን-ፕሮሊን ግሉታሜት (ፒፒኢ) ጂኖች በጣም የተባዙ እና የብዙ ጂን ቤተሰብ አካል ስለሆኑ በቀላሉ በኢሉሚና ቅደም ተከተል እና በስህተት ተረድተዋል ፣ ስለሆነም ተመራጭ ናቸው የማይኮባክቲሪየም ባዮኢንፎርማቲክስ የስራ ፍሰት የሳንባ ነቀርሳ አባላትን ወደ ተከታታይ ቅደም ተከተል ሲጠቀሙ ውስብስብነትን ያረጋግጣሉ ። ስለዚህ የ PE/PPE ጂኖችን እና ኢንዴሎችን ከመተንተን አጣራን።
እንደ ቦቪሊስት (http://genolist.pasteur.fr/BoviList/) ሁሉም SNPs በተግባራዊ ምድቦች ተከፍለዋል። የ SnpEff ቧንቧ መስመር (https://pcingola.github.io/SnpEff/) የ SNP ውጤቶችን (ተመሳሳይ ወይም ተመሳሳይ ያልሆኑ ለውጦች) ለመገመት ይጠቅማል። አዲስ የማይኮባክቲሪየም ቦቪስ AF2122/97 ጂኖም (LT708304.1) ዳታቤዝ ፈጠረ።
የኮር ጂኖም በርካታ አሰላለፍ የተከናወነው Parsnp v1.2 በመጠቀም በአሁኑ ጊዜ https://github.com/marbl/parsnp57 ላይ ይገኛል፣ 69 ሙሉ ጂኖም/ድራፍት ስብሰባዎችን በመጠቀም (ከአማራጭ -c ጋር) እና M. bovis AF2122/97 (LT708304.1) በማጣቀሻነት ጥቅም ላይ ይውላል። አራት ኮር በርካታ አሰላለፍ ተካሂደዋል፡ የEu2 ክሎኒንግ ኮምፕሌክስ አባላት ብቻ (n = 37)፣ ሁሉንም የአውሮፓ ክሎኒንግ ኮምፕሌክስ አባላትን ጨምሮ (n = 44)፣ የአውሮፓ እና የአፍሪካ ክሎኒንግ ኮምፕሌክስ መገናኛ ነጥብን ጨምሮ (n = 51) እና በዚህ ጥናት ውስጥ ሁሉንም ማይኮባክቲሪየም ቦቪስን ያካትታል (n = 70)።
በ Parsnp የመነጨው ዋና አሰላለፍ CIPRES Science Gateway v3.3 (http://www.phylo.org/) 58 RaxML ን በመጠቀም ከፍተኛውን እድል (ML) የፍየልጄኔቲክ ዛፍ ለመገመት እና 1000 የተመሩ ድግግሞሾችን ለማከናወን ይጠቅማል።
ሶስት የተለያዩ ስልተ ቀመሮች እና የባዮኢንፎርማቲክስ መሳሪያዎች በትይዩ የመልሶ ማጣመር ክስተቶች መኖራቸውን ለማረጋገጥ ጥቅም ላይ ይውላሉ፡ SplitsTree4 software፣ Gubbins (ከኒውክሊዮታይድ ቅደም ተከተሎች ጋር በማጣመር ያልተዛመደ የዘር ግንድ) የቧንቧ መስመር እና RDP4 (የዳግም ማወቂያ ፕሮግራም፣ ስሪት ቤታ 4.101) ሶፍትዌር።
በSplitsTree4 v4.15.1 (http://www.splitstree.org/) 59 ውስጥ የተተገበረው የተከፋፈለ የመበስበስ ዘዴ ስር-አልባውን የፋይሎጄኔቲክ ኔትወርክን ለማስላት፣ Phi ፈተናን ለስታቲስቲካዊ ማረጋገጫ ይጠቀማል፣ እና የትርጉም ደረጃው p = 0.05 ነው። የ Parsnp ዋና የብዝሃ-አሰላለፍ ትንተና እንደ ግብአት ጥቅም ላይ ይውላል፣ እና እንደ አውታረ መረብ ደረጃ የመከፋፈል መበስበስ እውን ይሆናል።
የጉቢንስ ቧንቧ መስመር v2.3.1 (https://github.com/sanger-pathogens/gubbins60 ከነባሪው መለኪያዎች ጋር ይሰራል በማይኮባክቲሪየም ቦቪስ ላይ ያለውን ተጽእኖ ለመገምገም ሌላኛው መንገድ ነው። LT708304.1) እርስ በርስ የሚደጋገፉ ናቸው እና የ SNP ክላስተርን ለመለየት በእያንዳንዱ የዛፉ ቅርንጫፍ ላይ ያለውን ቦታ ይቃኙ, የቅርንጫፉ ዜሮ ምንም አይነት የመልሶ ማጣመር ክስተት እንደሌለ ያስቡ, ይህም ማለት በቅርንጫፍ ላይ የሚከሰቱ SNP ዎች እኩል መሰራጨት አለባቸው እና ከፓርኤክስ ኤም.ኤል.
በመጨረሻም በጉቢንስ ቧንቧ የተጠቆመውን የመልሶ ማደራጀት ክስተት ለማረጋገጥ በ RDP467 (RDP61, GENECONV62, Bootscan63, Maxchi64, Chimaera65 እና SiScan66) ውስጥ የተተገበሩት ስድስት ስልተ ቀመሮች በ Parsnp's core multiple alignment በነባሪ ቅንጅቶች ላይ ይተገበራሉ። በ RDP4 ውስጥ ከተተገበሩት ስልተ ቀመሮች ውስጥ ቢያንስ ሦስቱ እያንዳንዱን የመደመር ክስተት ለማረጋገጥ አንድ አስፈላጊ ምልክት በተከታታይ ማሳየት እንዳለባቸው ወስነናል።
ሁለቱም የ Gubbins እና RDP ሶፍትዌሮች የመዋሃድ ምልክቶችን እንደሚፈልጉ ከግምት ውስጥ በማስገባት እስከ 500 ቢፒኤ በሚደርስ መስኮት ውስጥ ዋና ዋናዎቹን በርካታ አሰላለፍ በመፈተሽ እና በዲ ኖቮ ስብሰባ ወቅት የ PE/PPE ጂኖችን ማካተት በተገኙት የመዋሃድ ምልክቶች ላይ ጣልቃ እንደማይገባ በማረጋገጥ ተጨማሪ ትንታኔ በሆሞላይንቢን ይከናወናል ። የተሟላውን ጂኖም በመጠቀም የተመሳሰለ ካርታው የተሰራው MAUVE-multi-genome alignment (http://darlinglab.org/mauve/mauve.html) በመጠቀም የአካባቢያዊ የጂኖም ሽግግርን ወይም ተገላቢጦሾችን ለማስቀረት ነው። በተጨማሪም፣ ሙሉው ጂኖም በSintTax ድር አገልጋይ (https://archaea.i2bc.paris-saclay.fr/SyntTax/) በኩል በአሚኖ አሲድ ቅደም ተከተል ላይ ግብረ-ሰዶማዊነት ትንታኔን ለማካሄድ ጥቅም ላይ ውሏል።
ከፖርቹጋላዊው ባለብዙ አስተናጋጅ የሳንባ ነቀርሳ ስርዓት የተገኘውን የጂኖም መረጃ ስብስብ የበለጠ ጥልቀት ያለው ትንታኔ በሥነ-ጽሑፍ ውስጥ የተጠቀሱትን ጂኖች ፖሊሞርፊዝም ማረጋገጥ ነው። እነዚህ ጂኖች 37,38 እና ጂን ኢንኮዲንግ 3R ናቸው በኤምቲቢሲ ቅድመ አያቶች በኤችጂቲ (የዲ ኤን ኤ ጥገና ፣ ማባዛት እና መልሶ ማዋሃድ) የስርዓት ክፍሎች 39. ClustalX v2.1 (http://www.clustal.org/clustal2/) ይጠቀሙ እና DnaSP v6.12.03 ይጠቀሙ (http://wwwsp.ub. (π) እና የታጂማ ዲ ገለልተኛ የሙከራ መለኪያ ግቤት።
በ69 Mycoplasma bovis isolates እና ማጣቀሻ ጂኖም ላይ የተመሰረተ ከፍተኛ ዕድል (ኤምኤል) ፋይሎጄኔቲክ ዛፍ ተገኝቷል (ምስል 2A)። በነጠላ ጂን ላይ የተመሰረቱ ዛፎች ወይም ባለብዙ ቦታ ላይ ከተመሰረቱ ዛፎች ጋር ሲነፃፀር ይህ ስልት የጠቅላላውን ጂኖም ተለዋዋጭነት የማይይዙ እና በ 68,69 ዝርያዎች መካከል የመለየት ዝቅተኛ ችሎታን የሚያሳዩ የበለጠ ኃይለኛ ዛፎችን ለማፍራት ያስችላል. የኤምኤል ዛፍ ቶፖሎጂካል መዋቅር ብዙውን ጊዜ ከክሎኖች ውስብስብ ምደባ ጋር ይጣጣማል። የEu2 ጂኖም በቅርንጫፍ ውስጥ ተሰብስቧል፣ እና የ Af1 ጂኖም እንዲሁ በአንድ ላይ ተሰብስቧል (ምስል 2 ሀ)። ውጤቱም ከሚታወቀው የማይኮባክቲሪየም ቦቪስ የዝግመተ ለውጥ ግንኙነት ጋር የሚስማማ ነው ፣ ማለትም ፣ በ Eu1 አባል እና በቡድን መካከል ትልቅ ልዩነት አለ ሁሉንም ሌሎች ክሎናል ውስብስቦች እና ጂኖም ያቀፈ ፣ ግን የክሎናል ውስብስብ 30 አልተገለጸም። በክሎናል ኮምፕሌክስ እና በፋይሎጄኔቲክ ዛፉ ላይ በሚታየው ግንኙነት መካከል ያለው ትንሽ አለመጣጣም የክሎናል ኮምፕሌክስ በተወሰኑ የጂኖሚክ ክልሎች ላይ የተመሰረተ በመሆኑ ሊገለጽ ይችላል, የፋይሎጄኔቲክ ዛፉ ግን ሙሉውን ጂኖም የሚወክሉ የኮር ጂኖም በርካታ አሰላለፍ ላይ የተመሰረተ ነው.
ከፍተኛው የፋይሎጄኔቲክ ዛፍ (ጂቲአር) የተገነባው የማኮባክቲሪየም ቦቪስ ጂኖም ዋና ጂኖም አሰላለፍ (ሀ) እና ከ (ለ) በኋላ እንደገና የማዋሃድ ቦታን ከማስወገድ በፊት ነው። የቅርንጫፉ ቀለሞች የማይኮባክቲሪየም ቦቪስ ክሎን ውስብስብን ይወክላሉ-አውሮፓ 1 ወይንጠጅ ቀለም ፣ አውሮፓ 2 ቀይ ፣ አውሮፓ 3 ሰማያዊ ፣ አፍሪካ 1 ብርቱካንማ እና አፍሪካ 2 አረንጓዴ ነች። ዛፉ ሥር ይሰዳል እና ወደ ሚዛን ይሳባል, እና የቅርንጫፉ ርዝመት በእያንዳንዱ ቦታ ምትክ ይለካል.
የማይኮባክቲሪየም ቲዩበርክሎዝስ ስብስብ በክሎናል በዝግመተ ለውጥ ይገለጻል፣ እና በአመታት ውስጥ የተከማቸ አብዛኛው ማስረጃ ቀጣይነት ያለው ኤችጂቲ እና ዳግም ማዋሃድ ክስተቶች በኤምቲቢሲ15፣17፣18 ሊታወቅ በሚችል ደረጃ ላይ እንደማይገኙ ሀሳቡን ይደግፋሉ።
ያለፈው ስራ እንደሚያሳየው በ MTBC strains20,21 መካከል የተገደበ ድጋሚ ውህደት ሊኖር ይችላል, ሌሎች ደግሞ ሊለካ የሚችል ድጋሚ ውህደት ክስተቶችን መለየት አልቻሉም70,71. ማይኮባክቲሪየም ቦቪስ ላይ በማተኮር ይህንን ጉዳይ እንደገና ተወያዩበት, ይህም ማይኮባክቲሪየም ሳንባ ነቀርሳ 70,71 ብቻ ከነበረው ከቀዳሚው ሥራ የተለየ; ወይም በአጠቃላይ ኤም.ቲ.ቢ.ሲ 20ን የሚወክል ኤም.ቢቪስ የለም። ወይም ገዳቢ የሆኑ የከብት ክፍልፋዮችን ብቻ አስቡ። የማይኮባክቲሪያ ዳታ ስብስብ፣ በዚህ ሥራ ውስጥ፣ በድምሩ 70 ዝርያዎች፣ ሁሉንም የክሎናል ውስብስቦችን የሚወክሉ፣ ለዳግም ውህደት ለማጣራት የሚያገለግሉ ናቸው። የመረጃው ስብስብ የሚለካው በአራት ድምር ደረጃዎች ነው፡ (1) የEu2 አባላት፣ (2) ሁሉም የአውሮፓ ክሎኒ ውስብስብ አባላት (ማለትም አውሮፓ)፣ (3) የአውሮፓ እና የአፍሪካ ክሎነ ኮምፕሌክስ (Eu + Af) እና (4) አጠቃላይ የመረጃ ስብስቦች (ቀደም ሲል በተገለጹት የክሎኒንግ ኮምፕሌክስ ውስጥ ያልተካተቱ ጂኖምን ጨምሮ)።
ይህንን መላምት የበለጠ ለማጥናት በጂኖም መካከል ያሉ የመዋሃድ ክስተቶች አለመኖራቸውን ለመገምገም የተከፋፈለ የመበስበስ ኔትወርክ ተካሂዷል፣ ምክንያቱም ይህ ዘዴ በግለሰቦች መካከል ያለውን የቀድሞ አባቶች ግንኙነት በዓይነ ሕሊናህ ለመመልከት እና እርስ በርሱ የሚጋጩ የፊሎጅኔቲክ ምልክቶችን ያሳያል። በመተንተን ውስጥ ያሉት ሁሉም አራት የውሂብ ስብስቦች በኔትወርኩ ውስጥ ቀለበቶች መኖራቸውን አረጋግጠዋል (ይህም ወደ አንድ ዛፍ የማይገናኙ ቦታዎች) ፣ ግን የPhi ፈተና ምንም ስታቲስቲካዊ ድጋፍ የለውም (Eu2 ፣ p = 0.0956; አውሮፓ ፣ p = 0.1637; Eu + Af p = 0.2774; አጠቃላይ የውሂብ ስብስብ p = 1) ለድሆች ሕልውና ማስረጃ ያቀርባል (ምስል 0.245) 3A-D)
በአውሮፓ 2 ጂኖም (n = 37) (A), የአውሮፓ ጂኖም (n = 44) (B), የአውሮፓ እና የአፍሪካ ጂኖም (n = 51) (ሲ) እና አጠቃላይ የውሂብ ስብስብ (n = 70) (D).
ከዚህ ትንታኔ በኋላ እና በሁሉም ኔትወርኮች ውስጥ ያሉትን የሳይክል ምልከታዎች ከግምት ውስጥ በማስገባት በጊቢን ቧንቧ መስመር ላይ የተተገበረው የመልሶ ግንባታ ስልተ ቀመር የክሎናልን መስመርን እንደገና ለመገንባት እና በኤም.ቦቪስ ጂኖም ላይ ያለውን የዳግም ውህደት ውጤት ግምትን ለመጨመር ተተግብሯል ። የድጋሚ ውህደት ክውነቶች ብዛትን ገምግም፣ አብዛኛዎቹ የተከሰቱት በተርሚናል ቅርንጫፎች (ማለትም፣ በአንድ ጂኖም ነው) (ሠንጠረዥ 2)። እነዚህ አመላካቾች የጠቅላላውን የውሂብ ስብስብ ወጥነት ያሳያሉ እና የመልሶ ማቀናጀት ድግግሞሽ ከ 200 እስከ 300 ጊዜ ከሚውቴሽን የበለጠ መሆኑን ያመለክታሉ። በቅርንጫፉ ላይ ያለውን የዳግም ውህደት እና የነጥብ ሚውቴሽን አንጻራዊ ተመኖች የሚወክለው የrho/theta መለኪያ አንዴ ከ 0.0037 እስከ 0.0056 (ሠንጠረዥ 3) መካከል ያለ ይመስላል። በቅርብ ጊዜ የ 38 M. bovis strain የታተመ ሥራ በዚህ የውሂብ ስብስብ ውስጥ ከተገኘው የበለጠ የ rho / theta ዋጋ (rho / theta = 0.1) አሳይቷል, ነገር ግን የፓታኔ እና የስራ ባልደረቦች ስራ በማጣቀሻ ላይ የተመሰረተ ስብሰባን ተጠቅመዋል የመልሶ ማቋቋም መለኪያዎች , በስብሰባው ሂደት ምክንያት የሥርዓት ዝርዝር መግለጫ, ከቅርንጫፍ መልሶ ማቋቋም ሂደት ጋር የተቆራኘ ነው.
በመቀጠል፣ r/m መለኪያው የድጋሚ ውህደት እና ሚውቴሽን መግቢያን ልዩነት ይወክላል፣ እና አማካይ እሴቱ በ0.025 እና 0.037 መካከል ያለው ሲሆን ይህም ሚውቴሽን ጋር ሲወዳደር፣ እንደገና ማዋሃድ በ M.bovis የዘረመል ልዩነት ላይ አጠቃላይ ተጽእኖ ዝቅተኛ መሆኑን ያሳያል (ሠንጠረዥ 3) . ለሰፋፊ ንጽጽር፣ ተመሳሳይ ዘዴ በ23 ጂኖም የተዋቀረው የኤምቲቢሲ ዳታ ስብስብ r/m መለኪያን ለመገመት ጥቅም ላይ የዋለ ሲሆን ይህም አማካኝ ዋጋ 0.48620 ሲሆን ለፓታኔ እና ባልደረቦቹ 38 M. bovis Dataset አማካይ እሴቱ 0.98 መሆኑን አረጋግጧል። በመጀመሪያው ጥናት ውስጥ በ M. bovis (ኤም. ቦቪስ ቢሲጂ እና የማጣቀሻ ውጥረቱ) ውስጥ ከተካተቱት 23 ጂኖምዎች ውስጥ ሁለቱ ብቻ ናቸው, ስለዚህ የተገኘው ዋጋ የ M. tuberculosis ጂኖም ከመጠን በላይ በመጨመሩ ምክንያት የተዛባ ሊሆን ይችላል. በሁለተኛው ዘገባ፣ የተተነተነው የማይኮባክቲሪየም ቦቪስ ህዝቦች በዋነኛነት ከዩናይትድ ስቴትስ እና ከከብቶች አስተናጋጆች ተመልሰዋል። በአንጻሩ፣ በእኛ የመረጃ ስብስብ፣ ብዙ የጂኦግራፊያዊ አካባቢዎች እና አስተናጋጅ ዝርያዎች ተወክለዋል፣ እና ጂኖም ወደ ተለያዩ ክሎናል ኮምፕሌክስ ከተለያዩ የህዝብ ጀነቲካዊ ባህሪያት ጋር ተመድበው ጥቅም ላይ ይውላሉ፣ በዚህም ጥልቅ እና ሰፊ የህዝብ እውቀትን ማግኘት። ከመረጃችን ስብስብ ጋር ያለው ልዩነት R/m አማካኝ ዋጋ ከተመሳሳይ የታክሶኖሚክ ዝርያ በተመደቡት የዘር ሐረግ መካከል የዳግም ውህደት ደረጃ በእጅጉ ይለያያል ከሚለው ጽንሰ-ሀሳብ ጋር የሚስማማ ነው፣ስለዚህ እነዚህ ውጤቶች የሚያመለክቱት የኤም.ቦቪስ ክሎን ኮምፕሌክስ የድጋሚ ውህደት ልዩነቶችን ሊያሳይ ይችላል ተፅዕኖውም እንዲሁ በዲዴሎት እና Maiden72 እንደተጠቆመው ነው። ቢሆንም፣ ብዙ ቁጥር ያላቸውን M. bovis ጂኖም በማካተት ይህንን የመረጃ ስብስብ በከፍተኛ ሁኔታ ማስፋፋት ለዚህ ነጥብ ተጨማሪ ማብራሪያ እንዲኖር ያስችላል። ሁለቱም የ r/m እና rho/theta መመዘኛዎች በቅርንጫፎች መካከል ያለውን ልዩነት ያሳያሉ፣ እና ይህ ውጤት በሌሎች የባክቴሪያ ዝርያዎች ላይ ካሉ ሪፖርቶች ጋር የሚስማማ ነው72,73።
በመጨረሻም፣ በጉቢንስ ቧንቧ መስመር የተለዩትን የመልሶ ማደራጀት ሁነቶችን ለማረጋገጥ፣ በRDP4 ሶፍትዌር ውስጥ ስድስት የተለያዩ ስልተ ቀመሮች ጥቅም ላይ ውለው የተለያዩ ዋና ባለብዙ ንፅፅርን በተናጥል ለመፈተሽ ጥቅም ላይ ውለዋል። በአለም አቀፍ ደረጃ በጊቢንስ ከተለዩት ክስተቶች ውስጥ ከግማሽ ያነሱ በ RDP4 (ሠንጠረዥ 4 እና 5) የተረጋገጡ ናቸው. አጠቃላይ የውሂብ ስብስብን ከግምት ውስጥ በማስገባት ሶስት የዳግም ውህደት ክስተቶች ተረጋግጠዋል, ሁለቱ ውስጣዊ አንጓዎች እና ሌላኛው በአንድ ተርሚናል ቅርንጫፍ ውስጥ አንድ ጂኖም ያካትታል, ለዚህም የክሎናል ኮምፕሌክስ ሊመደብ አይችልም (ሠንጠረዥ 4 እና 5). በተርሚናል ቅርንጫፎች ውስጥ ያሉ ክስተቶችን መለየት ድጋሚ ውህደት አሁንም በወቅታዊ M. bovis strains ውስጥ በሂደት ላይ እንዳለ ወይም ውጤቱ በትክክል እንዳልተቀመጠ ሊያመለክት ይችላል70. በዚህ ግምታዊ ድጋሚ ውህደት ክልል ውስጥ በግምት 20% የሚሆኑት አቀማመጦች ያልተገለጹ ኑክሊዮታይድ (N) ስላላቸው የመልሶ ማጣመር ምልክት ላይ ተጽዕኖ ያሳድራሉ (ተጨማሪ ምስል 2)። በተጨማሪም፣ ይህ ክልል በrrs ጂን ላይ ተጽዕኖ ያሳድራል፣ ይህም የ16S ራይቦሶማል አር ኤን ኤ በኮድ በከፍተኛ ሁኔታ ይጠበቃል፣ ስለዚህ ይህ የማስተካከያ ድጋሚ ውህደት ምልክት በቅደም ተከተል ስህተቶች ወይም የተሳሳተ አቀማመጥ ውጤት ሊሆን ይችላል። ከዚያም በ Mb0003 እና በ Mycobacterium bovis AF2122/97 መካከል ያለው አጠቃላይ የጂኖም ቅንጅት ተካሂዷል, እና ያልተገለጹ ኑክሊዮታይዶች እና SNPs መኖራቸው ተረጋግጧል, ስለዚህ ከተሳሳተ አሰላለፍ ጋር የተያያዙ ሊሆኑ የሚችሉ ችግሮች ፕሮግራሙን ከተማሩ በኋላ ታየ.
ምንም ክፍተቶች ወይም ያልተገለጹ ኑክሊዮታይዶች በውስጣዊ አንጓዎች ውስጥ እንደገና በሚቀላቀሉ ክልሎች ውስጥ አልተገኙም (ምስል 4 እና 5). እነዚህን ክስተቶች በተመለከተ አንድ ሰው የ Eu2 ጂኖም ብቻ ይይዛል እና pks12 ጂን ላይ ተጽዕኖ ያሳድራል, ይህም ሊቻል የሚችል ፖሊኬቲድ ሲንታሴስ; ሌላው በEu1 ጂኖም ውስጥ የተመዘገበ እና የናርኤክስ ዘረ-መል (narX gene) ላይ ተጽእኖ ያሳድራል ይህም ሊሆን የሚችለውን ናይትሬት ሬድዳሴስ (ሠንጠረዥ 4) . በአጠቃላይ የድጋሚ ውህደት ትንታኔ እንደሚያሳየው በስታቲስቲክስ ድጋፍ የተገደቡ የድጋሚ ቅንጅቶች ብዛት ያላቸው ሲሆን የተገመቱት አመላካቾች ደግሞ በኤም. የመልሶ ማቀናበሪያ ምልክቱ ዝቅተኛ እንደሚሆን ይጠበቃል, ነገር ግን ትክክለኛውን የዝግመተ ለውጥ ምልክት ከበስተጀርባ ድምጽ መለየት አስፈላጊ ነው, ይህም ፈታኝ ስራ ነው. በማጣቀሻ ላይ የተመሰረተ የመገጣጠም እና አለመመጣጠን ችግሮች 70, 71 የተላለፈውን የድምፅ ምልክት ለመቀነስ ከተሟላ ጂኖም በስተቀር የተቀሩት በሙሉ ከባዶ የተገጣጠሙ ሲሆን የመገጣጠሚያውን ጥራት በ QUAST የቧንቧ መስመር ትንተና (ተጨማሪ ሠንጠረዥ 1) ተረጋግጧል. በተጨማሪም የአጠቃላይ ዳሰሳውን ጥንካሬ እና ትክክለኛነት ለማቅረብ ተከታታይ ተጨማሪ ትንታኔዎች ተካሂደዋል. ስለዚህ የናrX እና pks12 ጂኖች ቅደም ተከተል ጥራት በማይኮባክቲሪየም ቦቪስ AF2122/97 ላይ በማንበብ ካርታ ተገምግሟል። በእንደገና ክልል ውስጥ የሚመከረው የ SNP አቀማመጥ በስልት ክፍል ውስጥ የተጠቀሱትን መመዘኛዎች (ቢያንስ 20 ንባቦች እና 0.9 የለውጥ ድግግሞሽ) በመተግበር ተረጋግጧል. የ narX ጂን ፖሊሞፈርዝም በሁለቱ ጂኖም (Mb1792361 እና Mb7240415፤ 2.3%) እና የpks12 ጂኖም ጂኖም፡ Mb0891፣ Mb1711፣ Mb1789፣ Mb1870፣ Mb17046፣ Mb1756፣ እና Mb1756 ይሁን እንጂ ለጂኖም Mb2043 ከስምንቱ ቦታዎች መካከል ስድስቱ የተነበበውን ጥልቀት መስፈርት አያሟሉም ምክንያቱም SNP በከፍተኛው 17 ንባቦች የተደገፈ ነው, ይህም ከተቀመጠው የመቁረጫ ዋጋ በታች ነው 20. ስለዚህ በዚህ የጂኖም ቦታ ላይ ስድስት ጂኖም (8.6%) እንደገና መቀላቀል ሊረጋገጥ ይችላል (ምስል 4 እና 5).
የማይኮባክቲሪየም ቦቪስ ዳታ ስብስብ የመልሶ ማጣመር ክልል ዝርዝር እይታ ናይትሬት ሬድዳሴስ ኮድን በሚያስቀምጥ narX ጂን ላይ ተጽዕኖ ያሳድራል። ምንም ክፍተቶች ወይም ያልተገለጹ ኑክሊዮታይዶች አልተገኙም የውስጥ አንጓዎች እንደገና በሚዋሃዱበት ክልል ውስጥ. ይህ ልዩ ክስተት በEu1 ጂኖም ውስጥ ተመዝግቧል። የ narX ጂን ተከታታይ ጥራት የማይኮባክቲሪየም ቦቪስ AF2122/97 ንባብ በማቀድ ተገምግሟል። በዘዴ ክፍል ውስጥ የተጠቀሱትን መመዘኛዎች (ቢያንስ 20 ንባቦች እና የ 0.9 ድግግሞሽ ለውጥ) በመተግበር በእንደገና አከባቢ ውስጥ የሚመከረውን የ SNP ቦታ ያረጋግጡ. የ narX ጂን ፖሊሞርፊዝም በ Mb1792361 እና Mb7240415 (2.3%) ጂኖም ውስጥ ሙሉ በሙሉ ተረጋግጧል።
በpks12 ጂን ላይ ተፅዕኖ ያለው የ Mycoplasma bovis ዳታ ስብስብ የዳግም ውህደት ክልል አሰላለፍ ዝርዝር እይታ። ምንም ክፍተቶች ወይም ያልተገለጹ ኑክሊዮታይዶች አልተገኙም የውስጥ አንጓዎች እንደገና በሚዋሃዱበት ክልል ውስጥ. በpks12 ጂን ላይ ተጽዕኖ የሚያሳድረውን ክስተት በሚመለከት፣ በተቻለ መጠን ፖሊኬቲድ ሲንታሴስን በኮድ በማስቀመጥ፣ በውስጡ የያዘው Eu2 ጂኖም ብቻ ነው። የ pks12 ተከታታይ ጥራት በ Mycobacterium bovis AF2122/97 የተነበበ ካርታ ተገምግሟል። በዘዴ ክፍል ውስጥ የተጠቀሱትን መመዘኛዎች (ቢያንስ 20 ንባቦች እና የ 0.9 ድግግሞሽ ለውጥ) በመተግበር በእንደገና አከባቢ ውስጥ የሚመከረውን የ SNP ቦታ ያረጋግጡ. የጂኖም Mb0891፣ Mb1711፣ Mb1789፣ Mb1870፣ Mb1758፣ Mb2043 እና Mb1960 ፖሊሞፈርፊሞች ሙሉ በሙሉ ተረጋግጠዋል።
PE እና PPE ጂኖች በኢሉሚና ቅደም ተከተል እና የተሳሳተ ካርታ በቀላሉ የማይነበቡ ተደጋጋሚ ክልሎች አሏቸው ስለዚህ አብዛኛውን ጊዜ የሚሰረዙት ከ M. tuberculosis አባላት ባዮኢንፎርማቲክስ የስራ ሂደት የካርታ-ወደ-ቅደም ተከተል ስትራቴጂ ሲጠቀሙ ብቻ ነው። በዚህ ሥራ ውስጥ የተተገበረው የድጋሚ ውህደት ክስተቶች PE/PPE ሳይጣራ በዲ ኖቮ ስብሰባ ላይ የተመሰረተ ነው. በSplitsTree፣ Gubbins pipeline እና RDP4 ሶፍትዌር አማካኝነት ሶስት የተለያዩ ማሟያ ዘዴዎችን እና ስልተ ቀመሮችን በመተግበር የተተገበሩት ስልቶች በስህተት ምልክቶች ምክንያት የተደራጁ ክልሎችን በማቀናበር እና በማጣራት ላይ ጠንካራ ናቸው ብለን እናምናለን። ይሁን እንጂ የ PE/PPE ጂን በ Gubbins እና RDP4 ሶፍትዌር ላይ የ SNP ስብስቦችን ለመለየት የ PE/PPE ጂን ጣልቃ ገብነትን ለማስቀረት, እና ስለዚህ የመልሶ ማቀናበሪያ ክልሎችን መለየት በ narX እና pks12 ጂኖች ላይ ተጽዕኖ ለማሳደር ሀሳብ አቅርበዋል, የእነዚህ ጂኖች አከባቢ ተመርምሯል (ተጨማሪ ምስል 3-5). በኤም.ቦቪስ AF2122/97፣ narX ጂን በ narK2 እና Mb1764c ሲለያዩ pks12 በ Mb2075c e Mb2073c የተከበበ ነው (ተጨማሪ ምስል 3-5)። የሙሉ ጂኖም የ MAUVE ሲንላይን ካርታን በመጠቀም የተፈጠረው ካርታ ስለ ጂን ቅደም ተከተል ጥበቃ እና አደረጃጀት መረጃ ይሰጣል ፣ አራት ኮሊነር ብሎኮችን ያሳያል ፣ እና የጂኖም ሽግግር ወይም የተገላቢጦሽ ምልክት የለም። በተጨማሪም፣ ከአሚኖ አሲድ ቅደም ተከተል ጋር ያለው የማሟያ ትንተና ግብረ-ሰዶማዊነትን በሁሉም የተሟሉ ጂኖም ውስጥ አረጋግጧል፣ እና ምንም PE/PPE በአቅራቢያው ባሉ የ narX ወይም pks12 ክልሎች አልተገኘም። ለ narX አንድ ጂኖም (Mb0030) ዝቅተኛ ተመሳሳይ ነጥብ አለው ምክንያቱም narX ጂን እንደ ሁለት ቁርጥራጮች (ቁርጥራጮች 1891 እና 1890) ተለይቷል። ለpks12፣ በመመሳሰሎች፣ Mb0030 እና Mb003 ዝቅተኛ የሲንላይኔሪቲ ውጤቶች አሳይተዋል፣ pks12 ደግሞ በሁለት እና በሶስት ቁርጥራጮች ተለይቷል፣ በቅደም ተከተል፣ የተለያዩ የፕሮቲን ጎራዎችን ይወክላል (ተጨማሪ ምስል 3-5)። ይህንን መረጃ ከግምት ውስጥ በማስገባት የ Gubbins እና RDP4 ሶፍትዌሮች ሁለቱም ትንተና ያካሂዳሉ ፣ በመስኮቱ ውስጥ የከፍተኛው 500 bp ዋና ብዙ አሰላለፍ ያረጋግጡ ፣ የ PE/PPE ጂን narX እና pks12 ላይ በሚኖረው የድጋሚ ውህደት ምልክት ላይ ጣልቃ እንደማይገባ አረጋግጠናል ።
ምንም እንኳን በዚህ የመረጃ ስብስብ ውስጥ የተገኙት የመልሶ ማዋሃድ ምልክቶች እንደ ቀሪዎች ሊቆጠሩ ቢችሉም በኤም.ቦቪስ ውስጥ እንደገና ማዋሃድ ሊወገድ የማይችል መሆኑ እውነት ነው, ስለዚህ ተጨማሪ ትንታኔ ርዕሰ ጉዳይ ሆኖ መቀጠል አለበት, ይህም ከተለያዩ ኤፒዲሚዮሎጂያዊ ሁኔታዎች የተውጣጡ ሙሉ ጂኖምዎች ወደ አስፈላጊ ናቸው.
ከእንደገና እርማት በፊት እና በኋላ የተገኙትን የ ML phylogenetic ዛፎችን ማነፃፀር (ምስል 2A, B) በተገመተው የፋይሎጄኔቲክ ግንኙነት ላይ ከፍተኛ ለውጥ አላመጣም, እና የ M. bovis ዝርያዎች በተመሳሳይ ቡድን ውስጥ ተሰብስበዋል.
42 አዲስ ተከታታይ M. bovis ከ M. bovis AF2122/97 ዋቢ ጂኖም ጋር ካነበበ በኋላ፣ የ SNP አሰላለፍ 1816 ፖሊሞፈርፊክ ቦታዎችን ይዟል። አብዛኛዎቹ SNPs (87.1%) በኮዲንግ ክልል ውስጥ ይገኛሉ, እና የተጎዱት ጂኖች በቦቪሊስት (ምስል 6A, B) ውስጥ በሚታየው የአሠራር ምድቦች ተለይተው ይታወቃሉ. በእያንዳንዱ የተግባር ምድብ ውስጥ ያሉትን አጠቃላይ የጂኖች ብዛት ግምት ውስጥ በማስገባት በ "Lipid metabolism" ምድብ ውስጥ ያሉት ጂኖች ተጨማሪ SNPs አሳይተዋል, ከዚያም "የሴል ግድግዳ እና የሴል ሂደቶች" እና "መካከለኛ ሜታቦሊዝም እና አተነፋፈስ" በ M. bovis ዝግመተ ለውጥ ውስጥ መሆናቸውን ያሳያል.
ከፖርቱጋል (n = 42) የኤም.ቦቪስ ዳታ ስብስብ ተዋረድ ትንተና። ለእያንዳንዱ የተግባር ምድብ (A) አጠቃላይ የተመዘገቡ SNPs እና የተጎዱ ጂኖች ብዛት። በተግባራዊ ምድብ (B) የተመዘገቡት ተመሳሳይ እና ተመሳሳይ ያልሆኑ ለውጦች ጠቅላላ ቁጥር።
በአለምአቀፍ ደረጃ፣ አማካኝ dN/dS ሬሾ ከ1.5 ይበልጣል፣ይህ የሚያሳየው የአለም አቀፉ የዝግመተ ለውጥ ግፊት የቅድመ አያቶችን ሁኔታ ለማስወገድ እና አወንታዊ (የተለያዩ ወይም የተመራ) እና/ወይም ዘና ያለ የመንጻት ምርጫ ሁኔታን ይወክላል። በ "ቫይረቴሽን, ዲቶክሲክስ, ማመቻቸት", "የማስገባት ቅደም ተከተሎች እና ፋጌጅ" እና "የቁጥጥር ፕሮቲኖች" ምድቦች ውስጥ ከሁለት ሦስተኛ በላይ የ SNP ዎች የማይመሳሰሉ ናቸው (ምስል 6 ለ).
በሁሉም ምድቦች ውስጥ, ብዙ SNPs ያላቸው ጂኖች አሉ, በዚህም ምክንያት አማካይ ሚውቴሽን ፍጥነት (ይህም በአማካይ SNP በአንድ ጂን) ከ 1 በላይ (ምስል 6A). Pks12 (Mb2074c) 15 SNPs እና fas (Mb2553c) ከ 8 SNPs ጋር ከፍተኛ ሚውቴሽን እሴቶች አላቸው። እነዚህ ሁለቱም ጂኖች በፋቲ አሲድ ሜታቦሊዝም ውስጥ ይሳተፋሉ። የ pks ጂን ፖሊኬቲድ ሲንታዝ (PKS) በ mycobacterial cell lipid biosynthesis74,75 ውስጥ የተሳተፈ ሁለገብ ኢንዛይም ነው። ይህ ጂን በ mycoketides 74,76 ውህደት ውስጥ የተሳተፈውን ባለብዙ-ተግባራዊ ፖሊፔፕታይድ ኮድ ይይዛል። የፋስ ጂን በማይኮሊክ አሲድ ውህደት ውስጥ ይሳተፋል። እነዚህ ሁለቱም ጂኖች ከአስተናጋጁ ጋር በሚገናኙበት ጊዜ የሕዋስ ግድግዳ ባዮሲንተሲስ ውስጥ ትልቅ ሚና ይጫወታሉ።
የማይኮባክቲሪየም ቦቪስ ዝግመተ ለውጥን የበለጠ ለማጥናት ሁለት የተወሰኑ የጂኖች ስብስቦች ተተነተኑ። ከዚህ ቀደም የታተሙ ስራዎች በቅደም ተከተል ጥንቅር እና በፋይሎጄኔቲክ ዘዴዎች በኤምቲቢሲ ቅድመ አያቶች በኤችጂቲ ከመለያየታቸው በፊት የተገኙ ጂኖችን ለይተዋል37,38። እነዚህ ጂኖች በማሟያ ሠንጠረዥ 2 ውስጥ ተዘርዝረዋል ። ከኤችጂቲ ጋር ሊዛመዱ የሚችሉት የ 77 ጂኖች አጠቃላይ የ SNP ስርጭት ተተነተነ ፣ እና 26 ፖሊሞፈርፊክ ጣቢያዎች ተለይተዋል ፣ ይህም በአብዛኛዎቹ ሁኔታዎች (78%) ተመሳሳይ ያልሆኑ (NS) ለውጦችን አስከትሏል (ተጨማሪ ሰንጠረዥ 2)። ቀደም ሲል በኤምቲቢሲ ጂኖም ላይ የተደረገው ስራ እንደሚያሳየው የኤችጂጂቲ ክልል ከተቀረው ጂኖም ጋር ሲነፃፀር ከፍ ያለ የNS SNP ጥምርታ ያሳያል። አንድ ሰው እነዚህ የመልሶ ማዋሃድ ክልሎች በኤምቲቢሲ ቅድመ አያቶች የተገዙ ናቸው ብሎ ካሰበ ፣ እና ስለሆነም ፣ የጥንት ፖሊሞፈርፊሞችን ከመጠን በላይ ይወክላሉ ፣ ከዚያ ተመሳሳይ ለውጦች መጠን ከፍ ያለ እንደሚሆን ይጠበቃል ፣ ምክንያቱም የኤንኤስ ምትክ በአሚኖ አሲድ ለውጦች ምክንያት በአሉታዊ ምርጫ እንደሚወገድ ይጠበቃል ። ስለዚህ ውጤታችን እንደሚያመለክተው ተግባራዊ መዘዞቹ ኤችጂቲ መሰል ጂኖችን በመተካት ሊመነጩ ይችላሉ፣ይህም ጠቃሚ ለሆኑ ተለዋዋጭ የዘረመል ልዩነት ያላቸውን ጠቀሜታ ያሳያል።
ከዚህ ትንተና ጋር በትይዩ የ3R (የዲ ኤን ኤ መጠገን፣ ማባዛትና መልሶ ማዋሃድ) ስርዓት አካላትን ኮድ የሚያደርጉ ጂኖች ከዚህ ቀደም በዶስ ቩልቶስ እና ተባባሪዎች (2008) 39 በታተመው ዝርዝር መሠረት በደንብ ተመርምረዋል። ተመሳሳይ የሆኑ የዲ ኤን ኤ ቁርጥራጮች መለዋወጥ በቀጥታ ሊታዩ አይችሉም, ምንም እንኳን በዚህ የመረጃ ስብስብ ውስጥ በቅርበት ተያያዥነት ያላቸው ባክቴሪያዎች ሲሳተፉ ብዙ ጊዜ ሂደት ሊሆን ይችላል; በተጨማሪም, ይህ ሂደት ለዲኤንኤ ጥገና ዘዴዎች ቁልፍ ሊሆን ይችላል72, ስለዚህ በግብረ-ሰዶማዊ ዳግም ውህደት ውስጥ ሚና ይጫወቱ. በ 54 ጂኖች የተከፋፈሉ 26 ፖሊሞፈርፊክ አቀማመጦች ተለይተዋል (ተጨማሪ ሠንጠረዥ 3). በዚህ የጂኖች ስብስብ ውስጥ የኤንኤስ ለውጦች 65% ከሚሆኑት መዘዞች ይሸፍናሉ, ይህም በ Mycobacterium tuberculosis ዝርያዎች ላይ ከቀደምት ዘገባዎች ጋር ይጣጣማል.