Mauruuru koe mo te toro ki Nature. He iti te tautoko o te putanga tirotiro e whakamahia ana e koe mo CSS. Mo te wheako pai rawa atu, ka tūtohu kia whakamahi koe i tetahi putanga hou ake o te tirotiro (whakawetohia ranei te aratau hototahi i te Internet Explorer). I te wa ano, hei whakarite i te tautoko tonu, ka whakaatuhia e matou nga waahi kaore he momo me te JavaScript.
Ko te raupapa ira ira i whakaora i te mara o te rangahau mate hopuhopu, te whakaatu i te mate urutaru, te pathogenesis, te taunekeneke a te ope-pathogen, me te tukanga kunenga i utaina ki runga i nga tukumate. Ko te Mycobacterium tuberculosis complex (MTBC) e kii ana ko Mycobacterium bovis tetahi o ona mema urutau kararehe e puta ai te mate kohi (TB) i roto i nga kararehe whakangote whenua, a he tauira angamaheni o te kukuwhatanga huakita. Pērā i ērā atu mema o te MTBC, ko te Mycobacterium bovis e kiia ana he tukumate kua kati, kua puhoi haere, karekau he tohu o te whakakotahitanga, te whakawhiti ira whakapae ranei. I roto i tenei mahi, ka whakamahia e matou nga tohu ira whakatairite ki te raupapa ira katoa (WGS) huingararaunga i titoa mai i te 70 kau M. mai i nga whakapapa rereke (Europe me Awherika) kia mohio ai ki te rereketanga o te ira o nga kararehe M. Te mana kukuwhatanga. E toru nga tikanga rereke e whakamahia ana hei whakatau i nga tohu o te whakatikatika. I te ao katoa, he iti noa nga huihuinga whakakotahitanga kua tautuhia, kua whakapumautia e nga tikanga motuhake e rua me te tautoko pakari. Heoi, ka whakatauritea ki nga huringa, he ngoikore ake te paanga o te whakakotahitanga ki te kanorau o M. bovis (r/m katoa = 0.037). Ko te rereketanga r/m toharite i whiwhihia i roto i te matatini clonal o Mycobacterium bovis i roto i ta maatau huinga raraunga e rite ana ki te ariā whanui ka rereke pea te tohu o te whakakotahitanga i waenga i nga whakapapa kua tohua ki nga momo taakete kotahi. I runga i tenei mahi, kaore e taea te whakakore i te whakakotahitanga i roto i te Mycobacterium bovis, na reira me waiho hei kaupapa mo etahi atu mahi i roto i te rangahau ira tangata whakatairite a meake nei, he mea tino nui te WGS o nga huinga raraunga nui mai i nga ahuatanga mate urutaru huri noa i te ao. Ka mahia he tātaritanga taapiri mo te huinga raraunga Mycobacterium bovis iti ake (n = 42) mai i te maha o nga kaihautu TB, a, neke atu i te 1,800 nga waahi i tautuhia, ko te mea kotahi te riaka i whakaatu i te polymorphism nucleotide kotahi (SNP) . Ko te nuinga (87.1%) kei roto i te rohe whakawaehere, a ko te tauwehenga o te ao o nga huringa kore-taurite (dN/dS) o nga huringa taurite ka neke ake i te 1.5, e tohu ana ko te kowhiringa pai he kaha whanaketanga nui i mahia ki a M. bovis. He nui ake te wahanga o nga SNP i kitea i roto i nga ira e whai kiko ana ki nga waahanga mahi o te "metabolism lipid", "te pakitara o te pūtau me nga tukanga pūtau", me te "whakawhitiwhitinga takawaenga me te manawa", e whakaatu ana i to raatau kaha ki te koiora me te whanaketanga o te hiranga o Mycobacterium bovis. Ma te titiro atu ki nga ira o nga tupuna MTBC e kaha ana ki te whakawhiti ira whakapae me te whakauru ki roto i te punaha 3R (te whakatikatika DNA, te tukurua, me te whakakotahitanga) ka kitea te uara kino toharite o te whakamatautau kore a Taijima's D.
Ko te Mycobacterium tuberculosis complex (MTBC) tetahi o nga taake tino angitu o nga tukumate huakita me te ahuatanga o te kukuwhatanga huakita. Ko ona mema e whakaatu ana i te tuakiri nucleotide teitei i te taumata ira (> 99%)1,2. Ka taea e nga momo kaiao rereke MTBC te mate kohi (TB), he mate granulomatous infectious, i roto i te tini o nga momo manaaki mai i nga moroiti-mammal ki te tangata3,4,5. I tenei wa, kei roto i te matatini nga tangata [M. Kohi (Mtb), Mycobacterium africanum] me nga tukumate-a-kararehe (Mycobacterium bovis, Mycobacterium capitum, Mycobacterium pinnipedum, Mycobacterium microtobacter , Mycobacterium mongee, Mycobacterium miysani, Mycobacterium surikampanzee") me te "Bacillus". M. canettii (e mohiotia ana ko "Nodobacter glabrata") Ko te tuakiri nucleotide toharite me te mycobacteria kua whakahuahia ake nei ko te 98%, a, kua kitea e nga mahi iraira whakatairite ko M. canettii me era atu o MTBC kua wehe ke atu i te tupuna noa.7 I runga i tenei ariā, ka karanga etahi kaituhi o MTBC canettii8.
Ko te MTBC te korero nahanaha hei matatini clonal tino kaha, a ko tona hanganga taupori e tino whakahaerea ana e te iti o te kanorau, nga pounamu, te matawai whiriwhiri, me te heke ira9,10. Ki te whakaaro ko te kukuwhatanga clonal tino uaua, penei i te ngaro o te polymorphism kaore e taea te whakahoki mai ma te whakakotahi ano. I runga i tenei kaupapa, ko nga huihuinga karapīpiti o te whakakorenga ira o te rohe rerekee (RD) me te TbD1 (Mtb motuhake te whakakorenga 1 rohe) kua tohua hei tohu irapoo mo te MTBC evolution2,5,11. Ko nga mahi whakatairite me te raupapa ira katoa (WGS) e tautoko ana i te wehewehenga o nga mema kua urutauhia e te tangata ki roto i nga whakapapa e iwa (Mycobacterium tuberculosis L1 ki L4, L7, me L8; me Mycobacterium africanum L5, L6, me L9), ko nga whakapapa L2 ki te L4 tiritahi mukua TbD1 rohe2,11. I tua atu, ka whakaarohia nga mema kua urutau ki nga kararehe ki te tiri i tetahi tupuna kotahi, e tohuhia ana e te whakakorenga o nga karaehe i roto i te RD7, RD8, RD9 me RD102, 5, me te 14.
Ko te whakawhitinga ira whakapae (HGT) me nga huihuinga whakakotahitanga ka kiia he onge, ka puta ki nga tupuna o MTBC, kaua ki nga hitori rereke o te mema katoa o te MTBC15,16,17. E rua nga purongo tuatahi a Hughes me nga hoa mahi (2002) me Gutacker me nga hoa mahi (2006) i kii ka awhina pea nga huihuinga whakakotahitanga ki te hanga polymorphisms e tohu ana i nga waahi motuhake i roto i nga uaua M. tuberculosis18,19. Ko nga take mo te kore o te whakakotahitanga i roto i te MTBC ko: (1) te tukanga miihini me te ngaro o te kaha o te HGT; (2) te onge o nga huihuinga HGT; (3) karekau he waahi mo nga huihuinga whakakotahitanga i roto i te kohanga MTBC14,17. I tata nei, ko etahi o nga rangahau raupapa-ira-ira (WGS) i tono ki te MTBC riaka 20 me te Mycobacterium bovis 21 kua whakaatu i nga taunakitanga o te whakakotahitanga, ko te tuatahi ki te whakaatu ko nga riu MTBC he maha nga wa whakawhiti i nga kongakonga DNA iti, engari na te iti o te rereketanga o te raupapa nucleotide, ko enei huihuinga kaore ano kia kitea.
Ko te Mycobacterium bovis te mema MTBC e tino ora ake ana mai i nga kararehe (te nuinga o nga kararehe), ahakoa ka taea te wehe mai i nga kararehe mohoao kore utu me te taiapa4,22,23,24. I tipu a M. bovis ki roto i nga kohinga clonal nui e rima [European 1 (Eu1), European 2 (Eu2), European 3 (Eu3), African 1 (Af1) me Africa 2 (Af2)], e ai ki te tohu spoligotyping, nga whakakore motuhake Me nga polymorphisms nucleotide kotahi (SNPs) 25, 27,26 i roto i te 25, 26, 22, 22, 22, 22, 22, 22, 22, 22, 22, 22, 22, 22, 22, 22, 22, 22, 22, 22, 22, 22, 22, 22, 22, 22, 22. E whakaatu ana enei matatini clonal i te hanganga kanorau o te taupori Mycobacterium bovis me tona hononga ki nga rohe matawhenua. I tua atu, ko nga mahi WGS tata nei i mahia e Zimpel me nga hoa mahi (2020) i hangaia he phylogeny i runga i te SNP o Mycobacterium bovis, me te neke atu i te 1,900 genomes, e tohu ana e wha neke atu i te wha nga whakapapa rereke (ko te Lb1 ki te Lb1 ki te Lb4), kaore i te tino rite ki te matatini matawhenua i mua, ahakoa ka taea te tautuhi i nga waahanga o mua. I mahia e enei kaituhi he wetewete rerekee o te phylogeny me te molecular dating, engari kaore i akona te whakakotahitanga30.
Ko nga mahi o mua ma te whakamahi i nga tikanga mole mole, penei i te spoligotyping, MIRU-VNTR (mycobacterial interspersed repeat unit-variable tandem number repeat), me te patopato SNP tata nei i kitea he taumata o te rereketanga ira i waenga i nga riu M. bovis 31,32,33, 34,35. Ko te rereketanga o te rereketanga o te ira he taputapu nui i roto i te rangahau o te mate urutarutanga mate, he awhina mo te hohonutanga o te maaramatanga o te pathogenesis, te kino me te tuku mate. Ko te putanga o te tikanga WGS ka taea te whakaatu i nga ahuatanga taraiwa kunenga i tukuna e te Mycobacterium bovis genome i roto i te tukanga o te urutau me te tohe ki nga kaihautu rereke me nga ahuatanga mate urutaru.
I roto i tenei mahi, ka whakamahia e matou he tātaritanga iraira whakatairite i runga i nga momo Raraunga raraunga Mycoplasma bovis (n=70), tae atu ki nga momo wehe mai i nga momo matatini clonal rereke, kia mohio ai ki te tukanga kunenga o Mycoplasma bovis, ina koa ki te whakatau i nga hononga phylogenetic Me nga huihuinga whakakotahitanga. Hei taapiri mo tenei tātaritanga, he huinga raraunga iti o M. bovis kua wehea (n = 42) i whiwhi mai i te rohe mate kohi maha kaihautu i Potukara 31,36 i tirotirohia ano hei whakatau i te kore-tuakiri Ko te taurite i waenga i te tauwehenga o te tikanga (dN) ki te taurite (dS) whakakapinga nucleotide, kua whakahuahia i roto i nga tuhinga o te kunenga o te nucleotide. 37,38 i whiwhihia e nga tupuna MTBC na roto i te HGT, me te whakawaehere i te 3R (te whakatikatika DNA, te tukurua, me te whakakotahitanga) nga waahanga ira punaha 39. Whiriwhiria nga ira ka riro mai ma te HGT na te mea ka tohu pea ratou i nga polymorphisms onamata, no reira ko te whakaaro he nui ake te waahanga o nga huringa riterite. Ko nga ira kei roto i te punaha 3R i tohua na te mea ko nga mahi o mua mo nga taumahatanga mate kohi M. i tohu i nga kowhiringa kino/purenga whanui e mahi ana i enei ira, a tera pea ka whai waahi nui ki te kukuwhatanga 39. Ko tetahi atu whainga o tenei mahi ko te whakatau i te noho o nga huihuinga whakatikatika. Mo konei, i te whakaaro kei roto noa i a maatau huinga raraunga mai i Potukara nga momo ira o te matatini clone Pakeha 2 me nga riipene kaore ano kia tautapahia te matatini clone, i whakatau matou ki te whakauru i nga raraunga iraira e waatea ana ki te iwi katoa kia whiwhi ai i tetahi mangai mo nga matatini clone katoa, me te whakapai ake i te pakari me te whanui o nga hua.
E 42 nga iraira Mycoplasma bovis hou i whakaraupapahia mai i te ahua o te mate kohi kaihautu maha Potiti (nga korero kei raro nei), i tohuhia i mua mai i te tirohanga mate uruta36, ko te pokapū o tenei mahi. Ki te whakaaro ko te huinga raraunga mai i Potukara anake he mangai mo nga roopu roopu 2 pakeha me nga riipene kaore he matatini kua tohua, kua taapirihia nga raraunga raupapa-ira-ira katoa e waatea ana ki te whanui ki te whakawhänui i te huinga raraunga kei roto katoa nga kanohi o nga M. bovis clone complexes. Na reira, e toru nga puna raraunga raupapa-a-ira katoa i whakamahia i roto i tenei mahi: te whakaoti / te whakatakoto i te huihuinga genome, tae atu ki te 10 scaffolds kei te rongoa i roto i te NCBI (National Center for Biotechnology Information) (n = 15 motuhake); e rongoatia ana i roto i te SRA (Ko te konae Illumina fastq o te raupapa panui panui) e tohu ana i te kanorau matatini o M. bovis clones (n = 12 wehe)30; me te 42 nga ira irarangi hou no Potukara. Ko te Mycobacterium bovis BCG (Bacille Calmette-Guerin) i whakakorehia mai i te rapunga NCBI. Ko te M. bovis AF2122/97 te nuinga o te wa ka whakamahia hei tohu tohutoro hei whakauru ki roto i te huingararaunga. Na te kore e waatea mai i te iwi katoa o te raupapa ira ira e tohuhia ana e te Afirika 1 cloning complex, me te iti o nga momo ira mai i nga riipene tohu o Af2 me Eu1, i whakamahia nga raraunga raupapa taketake i whakaratohia e SRA i enei keehi. Ko nga mahi a Zimpel me ana hoa mahi (2020) i awhina ki te tautuhi i te ira ira mai i te matatini cloning kua kiia ake nei me te awhina i te kowhiri i te Mycobacterium bovis hei whakauru ki te huinga raraunga. Mo Eu3, kotahi anake te momo momo ira e whakaahuatia ana (Branger et al., 2020), no reira ko te genome ka whakauruhia he kanohi motuhake mo te matatini Eu3.
I te ao katoa, kei roto i tenei huinga raraunga e 70 nga kararehe M. bovis kua wehea mai i nga momo manaaki e 8, ka tohatohahia ki nga whenua 12 mai i te tau 1985 ki te 2016. E 36 nga momo kua tohua hei Eu2, e 7 nga momo ko Eu1, e 1 nga momo ko Eu3, e 3 nga momo Af1, e 4 nga momo he Af2 me te 19 kaore i te mea he uaua ki raro. Ko nga korero taipitopito (tae atu ki te nama whakauru) o Mycobacterium bovis i whakamahia i tenei rangahau e whakaatuhia ana i te Ripanga 1 me te Ripanga Tāpiri 1.
Ko te 42 nga momo ira tangata hou o Mycobacterium bovis mai i nga waahi wera mate kohi kararehe o Potukara ka tohatohahia mo te neke atu i te 12 tau te pokapū o tenei rangahau, na te mea kua tirohia nga punaha mate mohoao-kararehe mohoao i ia wa 31,36 (Taupiri Fig. 1). E ai ki nga tikanga o muri mai, i wehea enei riaka mai i te kau (n = 14), te tia whero (n = 16) me te poaka mohoao (n = 12) mai i te tau 2003 ki te 2015: kohikohi me te hapai i nga kararehe i runga ano i nga aratohu kawa e taunakitia ana Ko nga tauira kiko kei roto i te OIE Terestrial Animal Handbook a ka werohia ki runga i te Waea Waea-a-waa me te Waenga Waea-a-waa, Löwensteink. Ka whakakorohia nga ahurea ki te 37 °C ka tirohia te tipu kotahi i te wiki mo te 12 wiki neke atu. Ka penapena tika nga koroni ki roto i te wairewa glycerol i te -80ºC. I roto i te kaupapa whiriwhiri Mycobacterium (Middlebrook 7H9, BD Diagnostics), i tukuna nga tauira tuuturu taketake i roto i te waahanga in vitro kotahi i roto i te vitro ki te tiki i te DNA o te kaupapa WGS. Mo tenei, i whakarangatirahia te wairewa kararehe tio ki te 5% konutai pyruvate me te 10% ADS (50 g albumin, 20 g glucose, 8.5 g konutai pūhaumāota i roto i te 1 L wai) i runga Middlebrook 7H9 i te 37°C Retrain. I muri i nga wiki e 4 o te tipu, ka whakahouhia te reo me te aro turukihia te ahurea kia kitea ra ano te tipu. Ko nga ruma i hauhakehia e te centrifugation, ka tukuna ano te pire i roto i te 500 µL phosphate buffered saline (PBS), ka whakamahana i te 99 °C mo te 30 meneti, te centrifuged, me te supernatant i rongoa i te -20 °C tae noa ki te WGS. Ka mahia nga tikanga katoa i roto i nga whare haumaru koiora taumata 3.
Kua whakaritea te whare pukapuka ira momo takirua WGS ma te whakamahi i te tohu ahurei o ia tauira DNA, me te whakamahi i te Illumina MiSeq (2 × 250 pb) (40 tauira) me te HiSeq (2 × 150 pb) (e rua nga waahanga) hangarau (Eurofins Genomics, Germany) mo te raupapa. E ai ki nga tohutohu a te kaihanga, whakamahia te Illumina Genome Analyzer me te taapiri waahanga-rua ki te raupapa i te DNA genomic, ka whakamahi i te Nextera XT DNA Library Prep Kit mai i Illumina hei hanga i te whare pukapuka.
Ma te whai whakaaro ki nga raraunga i whakahokia mai i te SRA (n = 12), ka taea te whakamahi i te tohu o te clone complex hei metadata o te whakaputanga e rite ana 30, 41, 43. I te wa e whakaarohia ana te genome katoa, engari mo Mycobacterium bovis AF2122/97 me Mycobacterium bovis 3601, e mohio ana ki nga mema o te cloud1nal bovis 3601. 29, ia, he rite tonu ki te ira katoa o te Mycobacterium tuberculosis H37Rv (nama whakaurunga NCBI NC_000962.3). Ko te whakatikatika ira ira ka mahia ma te whakamahi i te MAFFT (te kaupapa whakatikatika maha o te waikawa amino, te raupapa nucleotide ranei, te putanga 7.458) me te tawhā -addfragments48. Na, rapua mo te kore o nga momo matatini clonal me/ranei te aroaro o nga ahuatanga SNP.
Ko te Mycobacterium bovis hou (n = 42) me nga panui taketake o te tauira ira irahiko kua whakahiatohia (n = 3) e whakahāngai ana i te matatini ki te tohutoro tohutoro Mycobacterium tuberculosis H37Rv i roto i te vSNP pipeline me te aroaro o te whakakorenga me te / ranei nga ahuatanga SNP o nga tohu rereke I whakahaerehia he rapu.
Kohikohia nga korero mai i te kore o nga ahuatanga me/ranei te noho/kaore o te SNP me te spoligotyping pūkete ki te tautapa raraunga ira tangata ki te matatini clonal e hāngai ana. Mo nga huinga hukihuki e wha, kaore e taea te whakatau i te kotaha spoligotyping, no reira ka uru ki roto i te roopu "kore matatini".
Ko te rerengamahi bioinformatics e whai ana i tenei mahi ka timata mai i te huihuinga de novo me te mapi ki te rautaki tohutoro, me te whainga ki te tirotiro i nga huihuinga whakakotahitanga me nga polymorphisms genome motuhake. Ko te Whakaaturanga 1 he tūtohi rerenga o nga hikoinga ka whai. Mo te tātaritanga whakakotahitanga, ka whakamahia nga iraira katoa hei whakanui ake i te pakaritanga o nga whakatau me nga tohu e pa ana.
Hei whakaiti i nga hapa i roto i te whakatipuranga o nga raupapatanga ira ira tangata, i whiwhi tuatahi matou i te huihuinga de novo, katahi ka whiwhi i nga tirohanga maha. Kei te waatea te pipeline Unicycler i https://github.com/rrwick/Unicycler49 ka whakamahia ki te mahi i te huihuinga de novo o 54 ira irarangi (42 hou kua raupapa me 12 nga konae fastq i whakahokia mai i te SRA). I roto i te poto, i mua i te huihui mai i te wahanga, panuihia te tātaritanga kounga i roto i te putanga FastQC 0.11.7 (https://github.com/s-andrews/FastQC), me te putanga Trimmomatic 0.36 (kowhiringa "Whakatupato Adapters me etahi atu raupapa rama-motuhake mai i nga panui" me te "Tapahia nga turanga mai i te mutunga o te paepae 0" he iti ake te kounga o te paanui. (http://www.usadellab.org/cms/?page= trimmomatic) 50. Na, i whakamahia te SPAdes optimiser49 mo te huihuinga genome, a ko te putanga Pilon 1.1851 i whakamahia mo te arotautanga i muri i te huihuinga. I tohua he aratau piriti kia kore e he te huihuinga, a ka rapua te rahi k-mer ka tohua i waenga i te 20% me te 95% o te roa o te panui. Whaia nga aratohu SPAdes me te whakaaro ki te rahi o te panui, mukua nga contigs iti ake i te 300 bp, me te whakatuu i te 20 panui hohonu o te kapi o te 52. I roto i te rautaki huihuinga de novo, ko nga rohe ira tangata penei i te tino tukurua proline-glutamate (PE) me te proline-proline glutamate (PPE) paralogs kaore i tangohia.
Ka aromatawaihia te kounga o te huihuinga de novo na roto i te pipeline QUAST (http://quast.sourceforge.net/quast.html), e whakahaere ana i te whakahoutanga o te contig me te M. bovis AF2122/97 genome tohutoro (NCBI whakauru nama LT708304.1) Mahere (tirohia te Ripanga Tāpiri 1 mo nga tawhā kounga).
Ma te awhina o te pipeline vSNP (https://github.com/USDA-VS/vSNP), ka whakatauritehia te kōnae FASTQ o te M. bovis hou mai i te raupapa Illumina me te M. bovis AF2122/97 tohutoro tohutoro (LT708304.1)). E ai ki nga tohutohu mahi pai rawa atu o te Utauta Tirohanga Genome (GATK) 53, 54, 55 ka tono i nga tawhā tātari paerewa, i nga tatauranga papatipu rereke ranei mo te whakatikatika. Ka tātarihia nga hua ma te whakamahi i te iti rawa o te kaute papatipu SAMtools o 150 me te AC = 2. Whakamahia hoki a Kraken (http://ccb.jhu.edu/software/kraken/) ki te tirotiro i nga panui ki te whakakore i te poke. Ko te paipa vSNP e whakamahia ana ki te mapi ki te raupapa rautaki i roto i a maatau mahi ka tirotirohia he raupapa o nga SNP me nga whaainga kua tautuhia, me te whakakore i nga ahuatanga mate whakauru. He pai ake te panui ira ira i te 99% (Ripanga Tāpiri 1).
Hei karo i nga hapa mahere me nga SNP he, tātarihia tetahi momo rereke i roto i nga keehi e whai ake nei: (1) ka tautokohia e te iti ake i te 20 panui, (2) ka kitea me te auau o te iti iho i te 0.9, (3) kei roto i te iti rawa i te kotahi Riaka, engari i te iti rawa he waahi kei tetahi atu riaka. I whakamahia te kaitirotiro genomics integrated (IGV) putanga 2.4.19 (http://software.broadinstitute.org/software/igv/)56 ki te manatoko kanohi i nga SNP me nga tuunga me nga raruraru mapi, whakatika ranei. I te mea ko te ira proline-glutamate (PE) me te proline-proline glutamate (PPE) he tino taarua me te waahanga o te whanau maha-ira, he ngawari te pohehe i te raupapa Illumina me te pohehe, na reira ka pai ake Ko te rerenga mahi mycobacterial bioinformatics kua tangohia nga mema o te mate kohi i te wa e whakamahi ana i te rautaki ki te whakau i te SNP ki te raupapa. Na reira, i tātarihia e matou nga ira PE/PPE me nga ira mai i te tātaritanga.
E ai ki a Bovilist (http://genolist.pasteur.fr/BoviList/), kua wehewehea nga SNP katoa ki nga waahanga mahi. Ko te paipa SnpEff (https://pcingola.github.io/SnpEff/) ka whakamahia hei whakatau i nga hua o te SNP (nga huringa taurite, kore-ahua ranei). I waihangahia he putunga raraunga hou o Mycobacterium bovis AF2122/97 genome (LT708304.1).
Ko te tirohanga maha o te genome matua i mahia ma te whakamahi i te Parsnp v1.2, kei te waatea i tenei wa i https://github.com/marbl/parsnp57, ma te whakamahi i nga huinga genomes/draft 69 (me te whiringa -c) me te M. bovis AF2122/97 (LT708304.1) ka whakamahia hei tohutoro. E wha nga whakahiatotanga maha matua i mahia: ko nga mema anake o te Eu2 cloning complex (n = 37), tae atu ki nga mema katoa o te Pakeha cloning complex (n = 44), tae atu ki te waahi hono o te Pakeha me te African cloning complex (n = 51), me te whakauru katoa o Mycobacterium bovis ki tenei rangahau (n = 70).
Ko te tirohanga matua i hangaia e Parsnp ka whakamahia ki te whakatau i te rakau phylogenetic pea (ML) ma te whakamahi i te CIPRES Science Gateway v3.3 (http://www.phylo.org/)58 ma te whakamahi i te RAxML, me te mahi i te 1000 nga tukurua.
E toru nga momo algorithms me nga taputapu bioinformatics e whakamahia ana ki te tirotiro i te ahua o nga huihuinga whakakotahitanga i roto i te whakarara: SplitsTree4 software, Gubbins (whakapapa kore i roto i te recombination in nucleotide sequences) pipeline, me RDP4 (recombination detection programme, version beta 4.101) software.
Ka whakamahia te tikanga wehewehe wehewehe i SplitsTree4 v4.15.1 (http://www.splitstree.org/)59 ki te tatau i te whatunga phylogenetic pakiaka kore, ma te whakamahi i te whakamatautau Phi mo te manatoko tauanga, a ko te paepae hiranga ko p = 0.05. Ko te whakamaaramatanga maha-maha o te Parsnp ka whakamahia hei whakaurunga, a, ko te wehenga wehenga hei paerewa whatunga ka tutuki.
Gubbins pipeline v2.3.1 (https://github.com/sanger-pathogens/gubbins60 e rere ana me nga tawhā taunoa hei huarahi kee hei arotake i te paanga o te whakakotahitanga i runga i te Mycobacterium bovis. Ko te algorithm i whakatinanahia i roto i te pipeline ka hanga ano i te whakapapa clone e tika ana Ko te huinga genome/draft o to tatou huinga raraunga me te tohutoro / AF2 (bovine bovid2 genome/AF2). LT708304.1) he tahi; me te matawai i te tuunga o te SNP ki ia peka o te rakau kia kitea te kahui SNP e tohu ana i te huihuinga whakakotahitanga Ko te kore o te peka Whakaarohia kaore he kaupapa whakakotahitanga, ko te tikanga ko nga SNP e puta ana i runga i te peka me toha rite Ko te tirohanga maha mai i te rakau whakauru mai i te RAML pai rawa atu.
Ka mutu, hei whakapumau i te kaupapa whakatikatika i whakaarohia e te paipa Gubbins, ko nga huringa e ono i whakatinanahia i RDP467 (RDP61, GENECONV62, Bootscan63, Maxchi64, Chimaera65 me SiScan66) ka tukuna ki te whakamaaramatanga maha matua a Parsnp i raro i nga tautuhinga taunoa. I whakatauhia e matou kia toru neke atu i te toru o nga algorithms kua whakatinanahia i RDP4 me whakaatu i nga wa katoa he tohu nui hei manatoko ia takahanga whakakotahitanga.
Ki te whakaaro ko te rorohiko Gubbins me te RDP e rapu ana i nga tohu whakakotahitanga ma te tirotiro i nga whakahiatotanga maha matua i roto i te matapihi tae atu ki te 500 bp, me te whakapumau ko te whakaurunga o nga ira PE/PPE i te wa o te huihuinga de novo e kore e pokanoa ki nga tohu whakakotahitanga ka kitea, ka mahia ano he tātaritanga ma te homolinearity Tirohia te tata o te huihuinga ira e tohu ana i te reanga. Ko te mapi synlinear ma te whakamahi i te genome oti i hangaia ma te whakamahi i te MAUVE-multi-genome alignment (http://darlinglab.org/mauve/mauve.html) ki te whakakore i nga whakawhitinga ira tangata o te rohe, i nga huringa ranei. I tua atu, i whakamahia te katoa o te genome ki te mahi tātari homolinearity i runga i te raupapa waikawa amino na roto i te SyntTax web server (https://archaea.i2bc.paris-saclay.fr/SyntTax/).
Ko te tātaritanga hohonu ake o te huinga raraunga ira tangata i whiwhi mai i te punaha mate kohi kaihautu maha Potiti ko te tirotiro i te polymorphism o nga ira kua whakahuahia i roto i nga tuhinga. Ko enei ira he 37,38 me te ira whakawaehere 3R i riro mai i nga tupuna MTBC na roto i nga waahanga punaha HGT (DNA repair, replication and recombination) 39. Whakamahia te ClustalX v2.1 (http://www.clustal.org/clustal2/) me te whakamahi i te DnaSP v6.12.03 (http://www.ub.edu/dnucletide divers) to nucleotide divers (π) me te tāuru tawhā whakamātautau kūpapa D a Tajima.
He rakau phylogenetic pea (ML) i runga i te 69 Mycoplasma bovis wehe me nga tohu tohutoro i whiwhi (Whakaahua 2A). Ka whakatauritea ki nga rakau ira kotahi, ki nga rakau maha ranei, ka taea e tenei rautaki te whakatipu i nga rakau kaha ake e kore e hopu i te rereketanga o te genome katoa, na reira ka whakaatu i te iti ake o te kaha ki te wehewehe i nga momo 68,69. Ko te hanganga topological o te rakau ML he rite tonu ki te whakarōpūtanga uaua o nga kiore. Ko te ira o te Eu2 ka whakahiatotia ki roto i te peka, ka whakahiatotia ano hoki te ira o Af1 (Whakaahua 2A). He rite ano te hua ki te hononga kunenga e mohiotia ana o Mycobacterium bovis, ara, he rereketanga nui kei waenganui i te mema Eu1 me te roopu kei roto i era atu matatini clonal me nga genome katoa, engari ko te matatini clonal 30 kaore i te tohua. Ko te iti o te taupatupatu i waenga i te matatini clonal me te hononga e kitea ana i runga i te rakau phylogenetic ka taea te whakamarama na te mea ko te matatini clonal e whakaahuahia ana i runga i nga rohe ira tangata motuhake, i te mea ko te rakau phylogenetic kei runga i nga whakawhitinga maha o nga genome matua e tohu ana i te genome katoa.
Ko te rakau phylogenetic tino nui (GTR) ka hangaia i runga i te tirohanga ira matua o te Mycobacterium bovis genome i mua i te (A) me muri i te (B) te tangohanga o te waahi whakakotahi. Ko nga tae peka e tohu ana i te Mycobacterium bovis clone complex: Europe 1 he papura, Europe 2 he whero, Europe 3 he puru, Africa 1 he karaka, ko Awherika 2 he kakariki. Ka whai pakiaka te rakau, ka toia ki te tauine, ka ine te roa o te peka hei whakakapi mo ia waahi.
Ko te Mycobacterium tuberculosis complex e whakaahuatia ana i te ahua o te tipu, a, ko te nuinga o nga taunakitanga kua whakaemihia i roto i nga tau e tautoko ana i te whakaaro ko te HGT haere tonu me nga huihuinga whakahou kaore e puta i te taumata kitea o MTBC15,17,18.
Kua whakaatuhia e nga mahi o mua he iti pea te whakakotahitanga i waenga i nga riu MTBC20,21, ko etahi atu kaore i taea te tautuhi i nga huihuinga recombination ine70,71. Matapaki ano i tenei take me te arotahi ki te Mycobacterium bovis, he rereke mai i nga mahi o mua i whakaarohia ko Mycobacterium tuberculosis 70,71 anake; whakaarohia ranei te katoa o MTBC, me te kore rawa he M. bovis hei kanohi mo te 20; whakaaro noa ranei ki nga hautau kau here. Ko te huinga raraunga mycobacteria, i roto i tenei mahi, he 70 te katoa o nga riaka, e tohu ana i nga matatini clonal katoa, i whakamahia hei tirotiro mo te whakakotahi ano. Ko te huinga raraunga ka whakatauhia kia rite ki nga taumata whakahiato e wha: (1) nga mema Eu2, (2) nga mema matatini katoa o te Pakeha (ara ko Uropi), (3) te matatini o te Pakeha me te Awherika (Eu + Af) me te (4) nga Kohinga raraunga katoa (tae atu ki nga genomes karekau i uru ki roto i nga kohinga kati kua whakaahuatia).
Hei ako ano i tenei whakapae, i mahia he kupenga wehewehe wehewehe hei aromatawai i te korenga o nga huihuinga whakakotahitanga i waenga i nga ira, na te mea ka taea e tenei tikanga te whakaata i te hononga tupuna i waenga i nga tangata takitahi me te whakaatu i nga tohu phylogenetic taupatupatu. Ko nga huinga raraunga e wha i roto i te tātaritanga i whakapumau i te noho o nga koropiko i roto i te whatunga (ara, nga waahi kaore e uru ki roto i te rakau kotahi), engari ko te whakamatautau Phi kaore he tautoko tatauranga (Eu2, p = 0.0956; Europe, p = 0.1637; Eu + Af p = 0.2774; te huinga raraunga katoa p = 0.2451 he taunakitanga mo te koretake o te reanga) 3A-D).
I Uropi 2 genomes (n = 37) (A), genomes Pakeha (n = 44) (B), genomes Pakeha me Awherika (n = 51) (C) me te huinga raraunga katoa (n = 70) (D).
I muri i tenei tātaritanga, me te whai whakaaro ki nga tirohanga hurihanga i roto i nga whatunga katoa, ko te hangahanga algorithm i whakatinanahia i roto i te pipeline Gubbins i whakamahia ki te hanga ano i te whakapapa clonal me te taapiri i te whakatau o te paanga o te whakakotahitanga ki te M. bovis genome. Whakaarohia te maha o nga huihuinga whakakotahitanga, ko te nuinga o enei i puta i roto i nga manga mutunga (ara, i roto i te ira kotahi) (Ripanga 2). Ko enei tohu e whakaatu ana i te riterite o te huinga raraunga katoa me te tohu ko te auau o nga huihuinga whakakotahitanga he 200 ki te 300 nga wa o nga huringa. Kia puta te tawhā rho/theta e tohu ana i nga reiti o te whakakotahitanga me nga huringa tohu i runga i te peka kei waenga i te 0.0037 me te 0.0056 (Ripanga 3). I tata nei, ko nga mahi whakaputa a te 38 M. bovis strain i whakaatu i te uara rho/theta teitei ake (rho/theta = 0.1) i tera i whiwhi i roto i tenei huingararaunga, engari ko te mahi a Patané me nga hoa mahi i whakamahi i te huihuinga tohutoro ki te whakatau i nga tawhā whakakotahitanga , He taipitopito tikanga, na te tikanga o te huihuinga, kua honoa ki te maha o nga huihuinga i roto i te putative.
I muri mai, ko te tawhā r/m e tohu ana i te tauwehenga kanorau o te whakakotahitanga me te whakaurunga ira, a ko tona uara toharite kei waenga i te 0.025 me te 0.037, e tohu ana ka whakatauritea ki nga huringa, he iti ake te paanga o te whakakotahitanga ki te rereketanga ira o M. bovis (Ripanga 3)). Mo te whakataurite nui, i whakamahia he tikanga rite ki te whakatau tata i te tawhā r/m mo te huingararaunga MTBC e 23 nga momo ira, e whakaatu ana i te uara toharite o te 0.48620, engari mo Patané me ona hoa mahi 38 M. bovis huingararaunga, i whakamatauhia te uara toharite Ko te 0.98. I roto i te rangahau tuatahi, e rua anake o nga 23 genomes i whakauruhia ki roto i nga mahi a M. bovis (M. bovis BCG me te riaka tohutoro), na te mea ka paheke pea te uara i whiwhi na te nui o te whakahuatanga o te M. tuberculosis genome. I te ripoata tuarua, ko te nuinga o nga taupori Mycobacterium bovis kua tātarihia i whakahokia mai i te United States me nga ope kararehe. He rereke, i roto i a maatau huinga raraunga, he maha ake nga waahi matawhenua me nga momo kaihautu e tohuhia ana, a ka whakamahia ano nga momo ira irahui ki nga momo karaehe rereke me nga ahuatanga ira taupori rereke, na reira ka eke ki te matauranga Taupori hohonu ake. Ko te rereketanga o te uara toharite r/m e whiwhi ana me o taatau huinga raraunga e rite ana ki te ariā he rerekee te tohu o te whakakotahitanga i waenga i nga whakapapa kua tohua ki nga momo taakete kotahi, na enei hua e tohu ana ka whakaatu pea te M. bovis clone complex i nga rereketanga o te whakakotahitanga Ko te paanga ano i whakaarohia e Didelot & Maiden72. Heoi ano, ko te whakawhänui i tenei huinga raraunga ma te whakauru i te maha o nga M. bovis genomes ka taea te whakamarama ake i tenei waahanga. Ko nga tawhā r/m me te rho/theta e whakaatu ana i te rerekeetanga i waenga i nga manga, a ka rite tenei hua ki nga ripoata mo etahi atu momo huakita72,73.
Ka mutu, hei whakapumau i nga kaupapa whakatikatika i tautuhia e te paipa Gubbins, e ono nga momo hātepe i whakamahia i roto i te rorohiko RDP4 hei whakamatautau takitahi i nga whakataurite-maha matua. I te ao katoa, iti iho i te haurua o nga kaupapa i tohua e Gubbins i whakamanahia e RDP4 (Ripanga 4 me te 5). Ma te whakaaro ki te huinga raraunga katoa, e toru nga huihuinga whakakotahitanga i whakapumautia, e rua i uru ki roto nga pona o roto, me tetahi atu he ira kotahi i roto i te peka kapeka, kaore e taea te tautapa nga matatini clonal (Ripanga 4 me te 5). Ko te tohu o nga huihuinga i roto i nga peka kapeka kei te haere tonu te whakakotahitanga i nga riu M. bovis o naianei, kua pohehe ranei te hua70. I roto i tenei rohe whakahiato whakapae, tata ki te 20% o nga tuunga he nucleotides (N), na reira ka pa ki te tohu whakakotahitanga (Whakaahua 2. I tua atu, ko tenei rohe e pa ana ki te ira rrs, te whakawaehere i te 16S ribosomal RNA e tika ana kia tino tiakina, no reira ka puta pea tenei tohu whakakotahitanga putative i nga hapa raupapa, i te hee ranei. Na ka mahia te katoa o te genome alignment i waenga i te Mb0003 me te Mycobacterium bovis AF2122/97, a, i whakapumautia te noho o nga nucleotides me nga SNPs kaore i tautuhia, na reira ko nga raru pea e pa ana ki te hee o nga korero kaore i tika ki nga korero koiora i whakatinanahia i tenei mahi I puta i muri i te ako i te kaupapa.
Karekau he aputa, he nucleotides kore i kitea i roto i nga rohe whakakotahitanga o nga pona o roto (Whakaahua 4 me te 5). Mo enei huihuinga, kei roto i tetahi ko te Eu2 genome anake ka pa ki te ira pks12, e whakawaehere ana i te polyketide synthase pea; i te mea kua rehitatia tetahi ki te ira Eu1 ka pa ki te ira narX e whakawaehere ana i te reductase nitrate pea (Ripanga 4). I te nuinga o te waa, e whakaatu ana te wetewete o te whakakotahitanga he iti noa te maha o nga kongakonga whakakotahitanga me te tautoko tauanga, a ko nga tohu tohu e tohu ana he iti te paanga o te whakakotahitanga ki te whakapapa M. bovis. Ko te tohu whakakotahitanga ka iti ake, engari he mea nui ki te wehewehe i te tohu whanaketanga pono mai i te haruru papamuri, he mahi uaua. Hei whakaiti i te tohu haruru i whakauruhia e te huihuinga tohutoro me nga raru kore e rite ana 70, 71, ko nga toenga katoa engari ko te genome oti i whakaemihia mai i te wahanga, a ka tirohia te kounga o te huihuinga me te whakapumau i te tātaritanga paipa QUAST (Ripanga Tāpiri 1). I tua atu, i whakahaerehia he raupapa o nga tātaritanga taapiri hei whakaatu i te pakari me te tika o te rangahau whanui. No reira, i arotakea te kounga raupapa o nga ira narX me pks12 ma te panui mapi ki a Mycobacterium bovis AF2122/97. Ko te tuunga SNP i taunakihia i roto i te rohe recombination i whakapumautia ma te whakamahi i nga paearu i whakahuahia i roto i te waahanga tikanga (i te iti rawa o nga panui 20 me te 0.9 huringa huringa). Ko te polymorphism o te ira narX i tino whakapumautia i roto i nga tohu e rua (Mb1792361 me Mb7240415; 2.3%) me nga momo o te pks12 genome: Mb0891, Mb1711, Mb1789, Mb1870, Mb17046, Mb17046, Mb17046, Mb17046, Mb Engari, mo te genome Mb2043, e ono o nga waahi e waru kaore e tutuki i te paearu hohonu panui na te mea e tautokohia ana te SNP e te nuinga o nga panui 17, kei raro iho i te uara tapahi kua whakaritea o 20. Na reira, ka taea te whakapumau i te whakakotahitanga o nga genome e ono (8.6%) i tenei waahi genome (Whakaahua 4 me 5).
Ko te whakakitenga taipitopito o te tirohanga o te rohe whakahiatotanga o te huingararaunga Mycobacterium bovis ka pa ki te ira narX e whakawaehere ana i te reductase nitrate pea. Karekau he aputa, he nucleotides kore i kitea i roto i te rohe whakakotahitanga o nga pona o roto. Ko tenei huihuinga kua rehitatia ki te genome Eu1. I arotakea te kounga raupapa o te ira narX ma te whakatakoto i nga panui o Mycobacterium bovis AF2122/97. Whakapumautia te waahi SNP e taunakihia ana i roto i te waahi whakakotahi ma te whakamahi i nga paearu kua whakahuahia i roto i te waahanga tikanga (i te iti rawa o te 20 panui me te 0.9 huringa huringa). Ko te polymorphism o te ira narX i tino whakapumautia i roto i nga genomes o Mb1792361 me Mb7240415 (2.3%).
Te whakakitenga mo te whakahiatotanga o te rohe whakahiatotanga o te huinga raraunga Mycoplasma bovis e pa ana ki te ira pks12. Karekau he aputa, he nucleotides kore i kitea i roto i te rohe whakakotahitanga o nga pona o roto. Mo te kaupapa e pa ana ki te ira pks12 e whakawaehere ana i te polyketide synthase, kei roto anake ko te Eu2 genome. Ko te kounga raupapa o pks12 i arotakehia e te panui panui o Mycobacterium bovis AF2122/97. Whakapumautia te waahi SNP e taunakihia ana i roto i te waahi whakakotahi ma te whakamahi i nga paearu kua whakahuahia i roto i te waahanga tikanga (i te iti rawa o te 20 panui me te 0.9 huringa huringa). Ko nga polymorphisms o nga genome Mb0891, Mb1711, Mb1789, Mb1870, Mb1758, Mb2043, me Mb1960 kua tino whakapumautia.
Ko nga ira PE me te PPE he rohe tukurua e ngawari ana te korero pohehe e te raupapa Illumina me te pohehe, no reira ka mukua mai i te rerenga mahi bioinformatics a nga mema mate kohi M. ma te whakamahi i te rautaki mahere-ki-raupapa. Ko te whakatau o nga huihuinga whakakotahitanga i whakamahia i roto i tenei mahi i ahu mai i te huihuinga de novo me te kore e tarai i te PE/PPE. E whakapono ana matou ma te whakatinana i nga tikanga taapiri rereke e toru me nga algorithms na roto i te SplitsTree, Gubbins pipeline me te rorohiko RDP4, he pakari nga rautaki e whakamahia ana ki te tukatuka me te tātari i nga rohe kua whakatikatikahia na nga tohu hapa. Engari, hei whakakore i te pokanoa o te ira PE / PPE i runga i te rorohiko Gubbins me te RDP4 ki te tautuhi i nga huinga SNP, na reira ko te tautuhi i nga rohe recombination i whakaarohia kia pa ki nga ira narX me pks12, i tirotirohia te takiwa o enei ira (Taupiri Fig. 3-5). I roto i te M. bovis AF2122/97, ka wehea te ira narX e narK2 me Mb1764c, i te mea e karapotia ana te pks12 e Mb2075c e Mb2073c (Whakaahua Tāpiri 3-5). Ko te mapi i hangaia ma te whakamahi i te MAUVE synline mapi o te genome oti e whakarato ana i nga korero e pa ana ki te tiaki i te raupapa ira me te whakatikatika, e whakaatu ana i nga poraka collinear e wha, kaore he tohu o te whakawhiti ira, te hurihanga ranei. I tua atu, ko te taatai taapiri me te raupapa waikawa amino i whakamatau i te homology i roto i nga genomes katoa, a kaore he PE / PPE i kitea i nga rohe tata o narX, pks12 ranei. Mo te narX, he iti ake te kaute o te ira o te ira (Mb0030) na te mea ko te ira narX i tautuhia e rua nga kongakonga (nga wahanga 1891 me 1890). Mo te pks12, na te ahua rite, i whakaatuhia e Mb0030 me Mb003 nga tohu synlinearity iti iho, i te mea kua tohua te pks12 i roto i nga waahanga e rua me te toru, e tohu ana i nga waahanga rereke o te pūmua (Taupiri Whakaatu 3-5). Ma te whai whakaaro ki enei korero, a ko Gubbins me te RDP4 nga rorohiko e mahi ana i te tātaritanga, tirohia te raupapatanga maha matua o te 500 bp teitei i te matapihi, i whakapumautia e matou kaore te ira PE/PPE e pokanoa ki te tohu whakakotahitanga e pa ana ki te narX me te pks12.
Ahakoa ko nga tohu whakakotahitanga i kitea i roto i tenei huinga raraunga ka kiia he toenga, he pono kaore e taea te whakakore i te whakakotahitanga i roto i te M. bovis, no reira me noho tonu hei kaupapa mo te tātaritanga ake, i roto i nga momo ira katoa mai i nga ahuatanga mate urutaru rereke ka raupapahia ki te Hiranga.
Ko te whakatairite i nga rakau phylogenetic ML i whiwhi i mua i muri mai i muri mai i te whakatikatika i te whakakotahitanga (Whakaahua 2A, B) kaore i puta nga huringa nui i roto i te hononga phylogenetic inferred, a ko nga riu M. bovis i whakahuihui ki te roopu kotahi.
I muri i te mapi 42 M. bovis raupapa hou e panui ana me te tohutoro tohutoro o M. bovis AF2122/97, i whiwhihia he tirohanga SNP kei roto 1816 nga tuunga polymorphic. Ko te nuinga o nga SNP (87.1%) kei roto i te rohe whakawaehere, a, ko nga ira e pa ana ki te tohu i runga i nga waahanga mahi e whakaatuhia ana i Bovilist (Whakaahua 6A, B). Ma te whakaaro ki te tapeke o nga ira i roto i ia waahanga mahi, ko nga ira i roto i te waahanga "lipid metabolism" i whakaatu ake i nga SNPs, ka whai ake ko "te pakitara o te pakitara me nga tukanga pūtau" me te "whakawhitiwhitinga takawaenga me te manawa", e whakaatu ana kei roto i te M. bovis evolution.
Te tātari aroākapa o te huingararaunga M. bovis mai i Potukara (n = 42). Te tapeke o nga SNP kua rehitatia me nga ira kua pa ki ia waahanga mahi (A). Te tapeke o nga huringa taurite me nga huringa taurite-kore kua rehitahia e te waahanga mahi (B).
I runga i te ao, he pai ake te tauwehenga dN/dS i te 1.5, e tohu ana ko te pehanga kunenga o te ao ko te whakakore i te ahua o nga tupuna me te whakaatu i te ahua pai (he rerekee, he mea tohutohu ranei) me te / ranei te ahua o te whiriwhiri purenga ngawari. I roto i nga waahanga o te "virulence, detoxification, adaptation", "nga raupapa whakauru me nga phages", me "nga pūmua ture", neke atu i te rua hautoru o nga SNP he kore-rite (Whakaahua 6B).
I roto i nga waahanga katoa, he ira me nga SNP maha, ka puta mai te tere o te whakarereke (ara, ko te SNP toharite mo ia ira) nui atu i te 1 (Whakaahua 6A). Ko te Pks12 (Mb2074c) me te 15 SNP me te fas (Mb2553c) me te 8 SNP he nui ake nga uara whakarereke. Ko enei ira e rua e whai waahi ana ki te paopaotanga waikawa ngako. Ko te ira pks e whakawaehere ana i te polyketide synthase (PKS), he whākōkī multifunctional e whai wāhi ana ki te mycobacterial cell wall lipid biosynthesis74,75. Ka whakawaeheretia e tenei ira he polypeptide maha e uru ana ki te whakahiatotanga o te mycoketides74,76. Ka uru te ira fas ki te whakahiatotanga o te waikawa mycolic. Ka whai wāhi nui enei ira e rua ki te whakakoiora o te pakitara pūtau e pa ana ki te kaihautu.
Hei rangahau ano i te kukuwhatanga o Mycobacterium bovis, e rua nga huinga ira motuhake i tātarihia. Ko nga mahi i whakaputaina i mua ma te whakamahi i te hanganga raupapa me nga tikanga phylogenetic i tautuhia nga ira i riro mai i nga tupuna MTBC na roto i te HGT i mua i te rereketanga37,38. Ko enei ira kua whakarārangihia i roto i te Ripanga Tāpiri 2. Ko te tohatoha SNP o te katoa o nga ira 77 e pa ana ki te HGT i tātarihia, a 26 nga waahi polymorphic i tautuhia, i te nuinga o te waa (78%) i puta mai nga huringa kore-snonymous (NS) (Ripanga Tāpiri 2). Ko nga mahi o mua mo te genome MTBC i whakaatu ko te rohe HGT putative e whakaatu ana i te teitei o te NS SNP ōwehenga ki te toenga o te genome. Ki te whakaaro tetahi i riro enei rohe recombination e nga tupuna MTBC, na reira, ka nui ake te ahua o nga polymorphisms tawhito, katahi ka nui ake te waahanga o nga huringa orite, na te mea ko nga whakakapinga NS e tika ana kia whakakorehia e te kowhiringa kino na te huringa waikawa amino Ka huri pea te mahi o te pūmua. No reira, ko o maatau hua e tohu ana ka puta mai pea nga hua mahi mai i te whakakapinga o nga ira rite-HGT, e whakaatu ana i to raatau hiranga mo te kanorau ira urutau nui.
I te whakarara ki tenei tātaritanga, ko nga ira e whakawae ana i nga waahanga o te punaha 3R (DNA repair, replication, and recombination) i ata tirohia i runga i te rarangi i whakaputaina i mua e dos Vultos and collaborators (2008)39. Ko te whakawhitinga o nga wahanga DNA orite e kore e taea te kite tika, ahakoa he mahi auau tonu ina uru mai nga huakita e tata ana, penei i te keehi o tenei huinga raraunga; i tua atu, ko tenei tukanga pea te mea matua mo nga tikanga whakatikatika DNA72, no reira Me whai waahi ki te whakakotahitanga homologous. E 26 nga tuunga polymorphic i tohatohahia e nga ira 54 i tautuhia (Taupiri 3). I roto i tenei huinga o nga ira, ko nga huringa NS e pa ana ki te 65% o nga hua, e rite ana ki nga korero o mua mo nga mate Mycobacterium tuberculosis.
Wā tuku: Oketopa-21-2021