ਪੁਨਰ-ਸੰਯੋਜਨ, ਪਰਿਵਰਤਨ, ਅਤੇ ਸਕਾਰਾਤਮਕ ਚੋਣ ਦੇ ਜੀਨੋਮ-ਵਿਆਪੀ ਅਨੁਮਾਨ ਮਾਈਕੋਬੈਕਟੀਰੀਅਮ ਬੋਵਿਸ ਦੇ ਵਿਭਿੰਨ ਚਾਲਕਾਂ ਨੂੰ ਪ੍ਰੇਰਿਤ ਕਰਦੇ ਹਨ।

ਨੇਚਰ 'ਤੇ ਜਾਣ ਲਈ ਧੰਨਵਾਦ। ਤੁਹਾਡੇ ਦੁਆਰਾ ਵਰਤੇ ਜਾ ਰਹੇ ਬ੍ਰਾਊਜ਼ਰ ਸੰਸਕਰਣ ਵਿੱਚ CSS ਲਈ ਸੀਮਤ ਸਮਰਥਨ ਹੈ। ਸਭ ਤੋਂ ਵਧੀਆ ਅਨੁਭਵ ਲਈ, ਅਸੀਂ ਸਿਫ਼ਾਰਿਸ਼ ਕਰਦੇ ਹਾਂ ਕਿ ਤੁਸੀਂ ਬ੍ਰਾਊਜ਼ਰ ਦੇ ਇੱਕ ਨਵੇਂ ਸੰਸਕਰਣ ਦੀ ਵਰਤੋਂ ਕਰੋ (ਜਾਂ ਇੰਟਰਨੈੱਟ ਐਕਸਪਲੋਰਰ ਵਿੱਚ ਅਨੁਕੂਲਤਾ ਮੋਡ ਨੂੰ ਬੰਦ ਕਰੋ)। ਇਸ ਦੇ ਨਾਲ ਹੀ, ਨਿਰੰਤਰ ਸਹਾਇਤਾ ਨੂੰ ਯਕੀਨੀ ਬਣਾਉਣ ਲਈ, ਅਸੀਂ ਸਟਾਈਲ ਅਤੇ JavaScript ਤੋਂ ਬਿਨਾਂ ਸਾਈਟਾਂ ਪ੍ਰਦਰਸ਼ਿਤ ਕਰਾਂਗੇ।
ਜੀਨੋਮ ਸੀਕੁਐਂਸਿੰਗ ਨੇ ਛੂਤ ਦੀਆਂ ਬਿਮਾਰੀਆਂ ਦੀ ਖੋਜ ਦੇ ਖੇਤਰ ਨੂੰ ਮੁੜ ਸੁਰਜੀਤ ਕੀਤਾ ਹੈ, ਬਿਮਾਰੀ ਮਹਾਂਮਾਰੀ ਵਿਗਿਆਨ, ਰੋਗਜਨਨ, ਹੋਸਟ-ਪੈਥੋਜਨ ਪਰਸਪਰ ਪ੍ਰਭਾਵ, ਅਤੇ ਰੋਗਾਣੂਆਂ 'ਤੇ ਲਗਾਈ ਗਈ ਵਿਕਾਸਵਾਦੀ ਪ੍ਰਕਿਰਿਆ ਦਾ ਖੁਲਾਸਾ ਕੀਤਾ ਹੈ। ਮਾਈਕੋਬੈਕਟੀਰੀਅਮ ਟਿਊਬਰਕਿਊਲੋਸਿਸ ਕੰਪਲੈਕਸ (MTBC) ਮਾਈਕੋਬੈਕਟੀਰੀਅਮ ਬੋਵਿਸ ਨੂੰ ਆਪਣੇ ਜਾਨਵਰਾਂ ਦੇ ਅਨੁਕੂਲ ਮੈਂਬਰਾਂ ਵਿੱਚੋਂ ਇੱਕ ਮੰਨਦਾ ਹੈ ਜੋ ਧਰਤੀ ਦੇ ਥਣਧਾਰੀ ਜੀਵਾਂ ਵਿੱਚ ਟੀਬੀ (ਟੀਬੀ) ਦਾ ਕਾਰਨ ਬਣਦਾ ਹੈ, ਅਤੇ ਬੈਕਟੀਰੀਆ ਵਿਕਾਸ ਦਾ ਇੱਕ ਆਮ ਮਾਡਲ ਹੈ। ਹੋਰ MTBC ਮੈਂਬਰਾਂ ਵਾਂਗ, ਮਾਈਕੋਬੈਕਟੀਰੀਅਮ ਬੋਵਿਸ ਨੂੰ ਇੱਕ ਸਖਤੀ ਨਾਲ ਕਲੋਨ ਕੀਤਾ ਗਿਆ, ਹੌਲੀ ਹੌਲੀ ਵਿਕਸਤ ਹੋਣ ਵਾਲਾ ਰੋਗਾਣੂ ਮੰਨਿਆ ਜਾਂਦਾ ਹੈ, ਅਤੇ ਸਪੱਸ਼ਟ ਤੌਰ 'ਤੇ ਪੁਨਰ-ਸੰਯੋਜਨ ਜਾਂ ਖਿਤਿਜੀ ਜੀਨ ਟ੍ਰਾਂਸਫਰ ਦਾ ਕੋਈ ਸੰਕੇਤ ਨਹੀਂ ਹੈ। ਇਸ ਕੰਮ ਵਿੱਚ, ਅਸੀਂ ਪਸ਼ੂਆਂ ਦੀ ਜੈਨੇਟਿਕ ਵਿਭਿੰਨਤਾ ਵਿੱਚ ਸੂਝ ਪ੍ਰਾਪਤ ਕਰਨ ਲਈ ਵੱਖ-ਵੱਖ ਵੰਸ਼ਾਂ (ਯੂਰਪ ਅਤੇ ਅਫਰੀਕਾ) ਤੋਂ 70 ਪਸ਼ੂ ਐਮ. ਤੋਂ ਬਣੇ ਇੱਕ ਪੂਰੇ ਜੀਨੋਮ ਕ੍ਰਮ (WGS) ਡੇਟਾਸੈਟ 'ਤੇ ਤੁਲਨਾਤਮਕ ਜੀਨੋਮਿਕਸ ਲਾਗੂ ਕਰਦੇ ਹਾਂ। ਵਿਕਾਸਵਾਦੀ ਸ਼ਕਤੀ। ਪੁਨਰਗਠਨ ਦੇ ਸੰਕੇਤਾਂ ਦਾ ਅੰਦਾਜ਼ਾ ਲਗਾਉਣ ਲਈ ਤਿੰਨ ਵੱਖ-ਵੱਖ ਤਰੀਕਿਆਂ ਦੀ ਵਰਤੋਂ ਕੀਤੀ ਜਾਂਦੀ ਹੈ। ਵਿਸ਼ਵ ਪੱਧਰ 'ਤੇ, ਠੋਸ ਸਮਰਥਨ ਦੇ ਨਾਲ ਦੋ ਸੁਤੰਤਰ ਤਰੀਕਿਆਂ ਦੁਆਰਾ ਥੋੜ੍ਹੀ ਜਿਹੀ ਪੁਨਰ-ਸੰਯੋਜਨ ਘਟਨਾਵਾਂ ਦੀ ਪਛਾਣ ਅਤੇ ਪੁਸ਼ਟੀ ਕੀਤੀ ਗਈ ਹੈ। ਫਿਰ ਵੀ, ਪਰਿਵਰਤਨ ਦੇ ਮੁਕਾਬਲੇ, ਪੁਨਰ-ਸੰਯੋਜਨ ਦਾ M. bovis (ਸਮੁੱਚੇ r/m = 0.037) ਦੀ ਵਿਭਿੰਨਤਾ 'ਤੇ ਕਮਜ਼ੋਰ ਪ੍ਰਭਾਵ ਪੈਂਦਾ ਹੈ। ਸਾਡੇ ਡੇਟਾ ਸੈੱਟ ਵਿੱਚ ਮਾਈਕੋਬੈਕਟੀਰੀਅਮ ਬੋਵਿਸ ਦੇ ਕਲੋਨਲ ਕੰਪਲੈਕਸ ਵਿੱਚ ਪ੍ਰਾਪਤ ਅੰਤਰ r/m ਔਸਤ ਇਸ ਆਮ ਧਾਰਨਾ ਨਾਲ ਮੇਲ ਖਾਂਦਾ ਹੈ ਕਿ ਪੁਨਰ-ਸੰਯੋਜਨ ਦੀ ਡਿਗਰੀ ਇੱਕੋ ਵਰਗੀਕਰਨ ਪ੍ਰਜਾਤੀਆਂ ਨੂੰ ਨਿਰਧਾਰਤ ਵੰਸ਼ਾਂ ਵਿਚਕਾਰ ਬਹੁਤ ਵੱਖਰੀ ਹੋ ਸਕਦੀ ਹੈ। ਇਸ ਕੰਮ ਦੇ ਆਧਾਰ 'ਤੇ, ਮਾਈਕੋਬੈਕਟੀਰੀਅਮ ਬੋਵਿਸ ਵਿੱਚ ਪੁਨਰ-ਸੰਯੋਜਨ ਨੂੰ ਰੱਦ ਨਹੀਂ ਕੀਤਾ ਜਾ ਸਕਦਾ, ਇਸ ਲਈ ਇਹ ਭਵਿੱਖ ਦੇ ਤੁਲਨਾਤਮਕ ਜੀਨੋਮਿਕਸ ਖੋਜ ਵਿੱਚ ਹੋਰ ਯਤਨਾਂ ਦਾ ਵਿਸ਼ਾ ਹੋਣਾ ਚਾਹੀਦਾ ਹੈ, ਜਿਸ ਵਿੱਚ ਦੁਨੀਆ ਭਰ ਦੇ ਵੱਖ-ਵੱਖ ਮਹਾਂਮਾਰੀ ਵਿਗਿਆਨ ਦ੍ਰਿਸ਼ਾਂ ਤੋਂ ਵੱਡੇ ਡੇਟਾ ਸੈੱਟਾਂ ਦਾ WGS ਮਹੱਤਵਪੂਰਨ ਹੈ। ਫਿਰ ਮਲਟੀ-ਹੋਸਟ ਟੀਬੀ ਪ੍ਰਚਲਨ ਤੋਂ ਛੋਟੇ ਮਾਈਕੋਬੈਕਟੀਰੀਅਮ ਬੋਵਿਸ ਡੇਟਾ ਸੈੱਟ (n = 42) 'ਤੇ ਇੱਕ ਵਾਧੂ ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ ਕੀਤਾ ਗਿਆ, ਅਤੇ 1,800 ਤੋਂ ਵੱਧ ਸਥਾਨਾਂ ਦੀ ਪਛਾਣ ਕੀਤੀ ਗਈ, ਜਿਨ੍ਹਾਂ ਵਿੱਚੋਂ ਘੱਟੋ-ਘੱਟ ਇੱਕ ਸਟ੍ਰੇਨ ਨੇ ਇੱਕ ਸਿੰਗਲ ਨਿਊਕਲੀਓਟਾਈਡ ਪੋਲੀਮੋਰਫਿਜ਼ਮ (SNP) ਦਿਖਾਇਆ। ਜ਼ਿਆਦਾਤਰ (87.1%) ਕੋਡਿੰਗ ਖੇਤਰ ਵਿੱਚ ਸਥਿਤ ਹਨ, ਅਤੇ ਸਮਾਨਾਰਥੀ ਤਬਦੀਲੀਆਂ ਦੇ ਗੈਰ-ਸਮਾਨਾਰਥੀ ਤਬਦੀਲੀਆਂ (dN/dS) ਦਾ ਗਲੋਬਲ ਅਨੁਪਾਤ 1.5 ਤੋਂ ਵੱਧ ਹੈ, ਜੋ ਦਰਸਾਉਂਦਾ ਹੈ ਕਿ ਸਕਾਰਾਤਮਕ ਚੋਣ ਐਮ. ਬੋਵਿਸ 'ਤੇ ਲਗਾਈ ਗਈ ਇੱਕ ਮਹੱਤਵਪੂਰਨ ਵਿਕਾਸਵਾਦੀ ਸ਼ਕਤੀ ਹੈ। "ਲਿਪਿਡ ਮੈਟਾਬੋਲਿਜ਼ਮ", "ਸੈੱਲ ਵਾਲ ਅਤੇ ਸੈਲੂਲਰ ਪ੍ਰਕਿਰਿਆਵਾਂ", ਅਤੇ "ਇੰਟਰਮੀਡੀਏਟ ਮੈਟਾਬੋਲਿਜ਼ਮ ਅਤੇ ਸਾਹ" ਦੀਆਂ ਕਾਰਜਸ਼ੀਲ ਸ਼੍ਰੇਣੀਆਂ ਵਿੱਚ ਅਮੀਰ ਜੀਨਾਂ ਵਿੱਚ SNPs ਦਾ ਇੱਕ ਉੱਚ ਅਨੁਪਾਤ ਪਾਇਆ ਗਿਆ, ਜੋ ਮਾਈਕੋਬੈਕਟੀਰੀਅਮ ਬੋਵਿਸ ਮਹੱਤਤਾ ਦੇ ਜੀਵ ਵਿਗਿਆਨ ਅਤੇ ਵਿਕਾਸ ਵਿੱਚ ਉਨ੍ਹਾਂ ਦੀ ਸੰਭਾਵਨਾ ਨੂੰ ਪ੍ਰਗਟ ਕਰਦਾ ਹੈ। MTBC ਪੂਰਵਜਾਂ ਵਿੱਚ ਜੀਨਾਂ 'ਤੇ ਇੱਕ ਨਜ਼ਦੀਕੀ ਨਜ਼ਰ ਜੋ ਖਿਤਿਜੀ ਜੀਨ ਟ੍ਰਾਂਸਫਰ ਲਈ ਸੰਭਾਵਿਤ ਹਨ ਅਤੇ 3R (DNA ਮੁਰੰਮਤ, ਪ੍ਰਤੀਕ੍ਰਿਤੀ, ਅਤੇ ਪੁਨਰ-ਸੰਯੋਜਨ) ਪ੍ਰਣਾਲੀ ਵਿੱਚ ਸ਼ਾਮਲ ਹਨ, ਤਾਈਜੀਮਾ ਦੇ D ਨਿਰਪੱਖ ਟੈਸਟ ਦੇ ਗਲੋਬਲ ਔਸਤ ਨਕਾਰਾਤਮਕ ਮੁੱਲ ਨੂੰ ਪ੍ਰਗਟ ਕਰਦੇ ਹਨ, ਜੋ ਕਿ ਪਿਛਲੀ ਚੋਣਵੀਂ ਸਕੈਨਿੰਗ ਨੂੰ ਦਰਸਾਉਂਦਾ ਹੈ। ਆਬਾਦੀ ਦੇ ਵਿਸਥਾਰ ਤੋਂ ਬਾਅਦ ਹਾਲ ਹੀ ਵਿੱਚ ਰੁਕਾਵਟ ਅਜੇ ਵੀ ਮੇਜ਼ਬਾਨ ਨਾਲ ਲੜਨ ਲਈ ਲਾਜ਼ਮੀ ਜਰਾਸੀਮ ਮਾਈਕੋਬੈਕਟੀਰੀਅਮ ਬੋਵਿਸ ਲਈ ਮੁੱਖ ਵਿਕਾਸਵਾਦੀ ਡ੍ਰਾਈਵਿੰਗ ਕਾਰਕ ਹੈ।
ਮਾਈਕੋਬੈਕਟੀਰੀਅਮ ਟਿਊਬਰਕਿਊਲੋਸਿਸ ਕੰਪਲੈਕਸ (MTBC) ਬੈਕਟੀਰੀਆ ਰੋਗਾਣੂਆਂ ਦੇ ਸਭ ਤੋਂ ਸਫਲ ਟੈਕਸਾ ਵਿੱਚੋਂ ਇੱਕ ਹੈ ਅਤੇ ਬੈਕਟੀਰੀਆ ਵਿਕਾਸ ਦਾ ਇੱਕ ਆਮ ਮਾਮਲਾ ਹੈ। ਇਸਦੇ ਮੈਂਬਰ ਜੀਨੋਮਿਕ ਪੱਧਰ 'ਤੇ ਹੈਰਾਨੀਜਨਕ ਤੌਰ 'ਤੇ ਉੱਚ ਨਿਊਕਲੀਓਟਾਈਡ ਪਛਾਣ ਦਿਖਾਉਂਦੇ ਹਨ (> 99%)1,2। ਵੱਖ-ਵੱਖ MTBC ਈਕੋਟਾਈਪ ਸੂਖਮ-ਥਣਧਾਰੀ ਜੀਵਾਂ ਤੋਂ ਲੈ ਕੇ ਮਨੁੱਖਾਂ ਤੱਕ ਮੇਜ਼ਬਾਨ ਪ੍ਰਜਾਤੀਆਂ ਦੀ ਇੱਕ ਵਿਸ਼ਾਲ ਸ਼੍ਰੇਣੀ ਵਿੱਚ ਟੀਬੀ (TB), ਜੋ ਕਿ ਇੱਕ ਛੂਤ ਵਾਲੀ ਗ੍ਰੈਨਿਊਲੋਮੈਟਸ ਬਿਮਾਰੀ ਹੈ, ਦਾ ਕਾਰਨ ਬਣ ਸਕਦੇ ਹਨ3,4,5। ਵਰਤਮਾਨ ਵਿੱਚ, ਕੰਪਲੈਕਸ ਵਿੱਚ ਮਨੁੱਖ [M. ਟਿਊਬਰਕਿਊਲੋਸਿਸ (Mtb), ਮਾਈਕੋਬੈਕਟੀਰੀਅਮ ਅਫਰੀਕਨਮ] ਅਤੇ ਜਾਨਵਰਾਂ ਦੇ ਅਨੁਕੂਲ ਜਰਾਸੀਮ (ਮਾਈਕੋਬੈਕਟੀਰੀਅਮ ਬੋਵਿਸ, ਮਾਈਕੋਬੈਕਟੀਰੀਅਮ ਕੈਪੀਟਮ, ਮਾਈਕੋਬੈਕਟੀਰੀਅਮ ਪਿਨੀਪੈਡਮ, ਮਾਈਕੋਬੈਕਟੀਰੀਅਮ ਮਾਈਕ੍ਰੋਟੋਬੈਕਟਰ, ਮਾਈਕੋਬੈਕਟੀਰੀਅਮ ਮੋਂਗੀ, ਮਾਈਕੋਬੈਕਟੀਰੀਅਮ ਮਿਯਸਾਨੀ, ਮਾਈਕੋਬੈਕਟੀਰੀਅਮ ਸੁਰਿਕਾ, "ਬੈਸੀਲਸ ਚਿੰਪੈਂਜ਼ੀ" ਅਤੇ "ਡੈਸੀ") 5,6 ਸ਼ਾਮਲ ਹਨ। ਐਮ. ਕੈਨੇਟੀ (ਜਿਸਨੂੰ "ਨੋਡੋਬੈਕਟਰ ਗਲੇਬਰੇਟਾ" ਵੀ ਕਿਹਾ ਜਾਂਦਾ ਹੈ) ਉਪਰੋਕਤ ਮਾਈਕੋਬੈਕਟੀਰੀਆ ਨਾਲ ਔਸਤ ਨਿਊਕਲੀਓਟਾਈਡ ਪਛਾਣ 98% ਹੈ, ਅਤੇ ਤੁਲਨਾਤਮਕ ਜੀਨੋਮਿਕਸ ਦੇ ਕੰਮ ਨੇ ਦਿਖਾਇਆ ਹੈ ਕਿ ਐਮ. ਕੈਨੇਟੀ ਅਤੇ ਬਾਕੀ ਐਮਟੀਬੀਸੀ ਹਾਲ ਹੀ ਵਿੱਚ ਸਾਂਝੇ ਪੂਰਵਜ ਤੋਂ ਵੱਖ ਹੋ ਗਏ ਹਨ।7 ਇਸ ਧਾਰਨਾ 'ਤੇ ਵਿਚਾਰ ਕਰਦੇ ਹੋਏ, ਕੁਝ ਲੇਖਕ ਐਮ. ਕੈਨੇਟੀ ਨੂੰ ਐਮਟੀਬੀਸੀ 8 ਦਾ ਮੈਂਬਰ ਕਹਿੰਦੇ ਹਨ।
MTBC ਨੂੰ ਯੋਜਨਾਬੱਧ ਢੰਗ ਨਾਲ ਇੱਕ ਸਖ਼ਤ ਕਲੋਨਲ ਕੰਪਲੈਕਸ ਵਜੋਂ ਦਰਸਾਇਆ ਗਿਆ ਹੈ, ਅਤੇ ਇਸਦੀ ਆਬਾਦੀ ਬਣਤਰ ਸਪੱਸ਼ਟ ਤੌਰ 'ਤੇ ਘਟੀ ਹੋਈ ਵਿਭਿੰਨਤਾ, ਰੁਕਾਵਟਾਂ, ਚੋਣਵੀਂ ਸਕੈਨਿੰਗ, ਅਤੇ ਜੈਨੇਟਿਕ ਡ੍ਰਿਫਟ9,10 ਦੁਆਰਾ ਨਿਯੰਤਰਿਤ ਹੈ। ਇਹ ਮੰਨਦੇ ਹੋਏ ਕਿ ਗੁੰਝਲਦਾਰ ਸਖ਼ਤ ਕਲੋਨਲ ਵਿਕਾਸ, ਜਿਵੇਂ ਕਿ ਗੁੰਮ ਹੋਏ ਪੋਲੀਮੋਰਫਿਜ਼ਮ ਨੂੰ ਪੁਨਰ-ਸੰਯੋਜਨ ਦੁਆਰਾ ਬਹਾਲ ਨਹੀਂ ਕੀਤਾ ਜਾ ਸਕਦਾ ਹੈ। ਇਸ ਆਧਾਰ 'ਤੇ, ਵਿਭਿੰਨ ਖੇਤਰ (RD) ਅਤੇ TbD1 (Mtb ਖਾਸ ਮਿਟਾਉਣਾ 1 ਖੇਤਰ) ਦੇ ਜੀਨੋਮਿਕ ਮਿਟਾਉਣ ਦੀਆਂ ਲਗਾਤਾਰ ਘਟਨਾਵਾਂ ਨੂੰ MTBC ਵਿਕਾਸ2,5,11 ਦੇ ਅਣੂ ਮਾਰਕਰ ਵਜੋਂ ਪ੍ਰਸਤਾਵਿਤ ਕੀਤਾ ਗਿਆ ਹੈ। ਤੁਲਨਾਤਮਕ ਜੀਨੋਮਿਕਸ ਅਤੇ ਪੂਰੇ ਜੀਨੋਮ ਸੀਕੁਐਂਸਿੰਗ (WGS) ਦਾ ਕੰਮ ਮਨੁੱਖੀ-ਅਨੁਕੂਲ ਮੈਂਬਰਾਂ ਨੂੰ ਨੌਂ ਵੰਸ਼ਾਂ (ਮਾਈਕੋਬੈਕਟੀਰੀਅਮ ਟਿਊਬਰਕਲੋਸਿਸ L1 ਤੋਂ L4, L7, ਅਤੇ L8; ਅਤੇ ਮਾਈਕੋਬੈਕਟੀਰੀਅਮ ਅਫਰੀਕਨਮ L5, L6, ਅਤੇ L9) ਵਿੱਚ ਵੰਡ ਦਾ ਸਮਰਥਨ ਕਰਦਾ ਹੈ, ਵੰਸ਼ L2 ਤੋਂ L4 ਸਾਂਝੇ ਮਿਟਾਓ TbD1 ਖੇਤਰ2,11,12,13। ਇਸ ਤੋਂ ਇਲਾਵਾ, ਜਾਨਵਰਾਂ ਦੇ ਅਨੁਕੂਲਿਤ ਮੈਂਬਰਾਂ ਨੂੰ ਇੱਕ ਸਾਂਝਾ ਪੂਰਵਜ ਸਾਂਝਾ ਕਰਨ ਦਾ ਪ੍ਰਸਤਾਵ ਹੈ, ਜੋ ਕਿ RD7, RD8, RD9 ਅਤੇ RD102, 5, ਅਤੇ 14 ਵਿੱਚ ਕਲੇਡ-ਵਿਸ਼ੇਸ਼ ਮਿਟਾਉਣ ਦੁਆਰਾ ਪਰਿਭਾਸ਼ਿਤ ਕੀਤਾ ਗਿਆ ਹੈ।
ਹਰੀਜ਼ਟਲ ਜੀਨ ਟ੍ਰਾਂਸਫਰ (HGT) ਅਤੇ ਪੁਨਰ-ਸੰਯੋਜਨ ਘਟਨਾਵਾਂ ਨੂੰ ਦੁਰਲੱਭ ਮੰਨਿਆ ਜਾਂਦਾ ਹੈ ਅਤੇ MTBC ਦੇ ਪੂਰਵਜਾਂ ਵਿੱਚ ਵਾਪਰਦੀਆਂ ਹਨ, ਨਾ ਕਿ ਪੂਰੇ MTBC ਮੈਂਬਰ ਦੇ ਵੱਖਰੇ ਇਤਿਹਾਸ15,16,17। ਹਿਊਜ਼ ਅਤੇ ਸਹਿਯੋਗੀਆਂ (2002) ਅਤੇ ਗੁਟੈਕਰ ਅਤੇ ਸਹਿਯੋਗੀਆਂ (2006) ਦੁਆਰਾ ਦੋ ਸ਼ੁਰੂਆਤੀ ਰਿਪੋਰਟਾਂ ਨੇ ਸੁਝਾਅ ਦਿੱਤਾ ਕਿ ਪੁਨਰ-ਸੰਯੋਜਨ ਘਟਨਾਵਾਂ ਪੋਲੀਮੋਰਫਿਜ਼ਮ ਨੂੰ ਆਕਾਰ ਦੇਣ ਵਿੱਚ ਮਦਦ ਕਰ ਸਕਦੀਆਂ ਹਨ ਜੋ M. tuberculosis strains18,19 ਵਿੱਚ ਖਾਸ ਸਥਾਨ ਨੂੰ ਦਰਸਾਉਂਦੀਆਂ ਹਨ। MTBC ਵਿੱਚ ਪੁਨਰ-ਸੰਯੋਜਨ ਦੀ ਸਪੱਸ਼ਟ ਘਾਟ ਦੇ ਕਾਰਨ ਹਨ: (1) HGT ਦੀ ਮਕੈਨੀਕਲ ਪ੍ਰਕਿਰਿਆ ਅਤੇ ਯੋਗਤਾ ਦਾ ਨੁਕਸਾਨ; (2) HGT ਘਟਨਾਵਾਂ ਦੀ ਦੁਰਲੱਭਤਾ; (3) MTBC niche14,17 ਵਿੱਚ ਪੁਨਰ-ਸੰਯੋਜਨ ਘਟਨਾਵਾਂ ਦੀ ਕੋਈ ਸੰਭਾਵਨਾ ਨਹੀਂ ਹੈ। ਹਾਲ ਹੀ ਵਿੱਚ, MTBC ਸਟ੍ਰੇਨ 20 ਅਤੇ ਮਾਈਕੋਬੈਕਟੀਰੀਅਮ ਬੋਵਿਸ 21 'ਤੇ ਲਾਗੂ ਕੀਤੇ ਗਏ ਕੁਝ ਪੂਰੇ-ਜੀਨੋਮ ਸੀਕੁਐਂਸਿੰਗ (WGS) ਅਧਿਐਨਾਂ ਨੇ ਪੁਨਰ-ਸੰਯੋਜਨ ਦੇ ਸਬੂਤ ਪ੍ਰਦਾਨ ਕੀਤੇ ਹਨ, ਇਹ ਦਰਸਾਉਣ ਵਾਲਾ ਪਹਿਲਾ ਹੈ ਕਿ MTBC ਸਟ੍ਰੇਨ ਅਕਸਰ ਛੋਟੇ DNA ਟੁਕੜਿਆਂ ਦਾ ਆਦਾਨ-ਪ੍ਰਦਾਨ ਕਰਦੇ ਹਨ, ਪਰ ਸੀਮਤ ਨਿਊਕਲੀਓਟਾਈਡ ਕ੍ਰਮ ਪਰਿਵਰਤਨ ਦੇ ਕਾਰਨ, ਇਹ ਘਟਨਾਵਾਂ ਅਜੇ ਵੀ ਧਿਆਨ ਵਿੱਚ ਨਹੀਂ ਆਉਂਦੀਆਂ।
ਮਾਈਕੋਬੈਕਟੀਰੀਅਮ ਬੋਵਿਸ ਪਸ਼ੂਆਂ (ਮੁੱਖ ਤੌਰ 'ਤੇ ਪਸ਼ੂਆਂ) ਤੋਂ ਸਭ ਤੋਂ ਵੱਧ ਬਰਾਮਦ ਕੀਤਾ ਜਾਣ ਵਾਲਾ MTBC ਮੈਂਬਰ ਹੈ, ਹਾਲਾਂਕਿ ਇਸਨੂੰ ਮੁਕਤ-ਰੇਂਜ ਅਤੇ ਵਾੜ ਵਾਲੇ ਜੰਗਲੀ ਜਾਨਵਰਾਂ ਤੋਂ ਵੀ ਵੱਖ ਕੀਤਾ ਜਾ ਸਕਦਾ ਹੈ4,22,23,24। ਸਪੋਲੀਗੋਟਾਈਪਿੰਗ ਪ੍ਰੋਫਾਈਲ ਦੇ ਅਨੁਸਾਰ, ਖਾਸ ਮਿਟਾਉਣ ਅਤੇ ਖਾਸ ਜੀਨਾਂ ਵਿੱਚ ਸਿੰਗਲ ਨਿਊਕਲੀਓਟਾਈਡ ਪੋਲੀਮੋਰਫਿਜ਼ਮ (SNPs) 25, 26, 27, 28, 29, ਐਮ. ਬੋਵਿਸ ਪੰਜ ਪ੍ਰਮੁੱਖ ਕਲੋਨਲ ਕੰਪਲੈਕਸਾਂ [ਯੂਰਪੀਅਨ 1 (Eu1), ਯੂਰਪੀਅਨ 2 (Eu2), ਯੂਰਪੀਅਨ 3 (Eu3), ਅਫਰੀਕੀ 1 (Af1) ਅਤੇ ਅਫਰੀਕਾ 2 (Af2)] ਵਿੱਚ ਵਿਕਸਤ ਹੋਇਆ। ਇਹ ਕਲੋਨਲ ਕੰਪਲੈਕਸ ਮਾਈਕੋਬੈਕਟੀਰੀਅਮ ਬੋਵਿਸ ਆਬਾਦੀ ਦੀ ਵਿਭਿੰਨ ਬਣਤਰ ਅਤੇ ਭੂਗੋਲਿਕ ਖੇਤਰਾਂ ਨਾਲ ਇਸਦੇ ਸਬੰਧ ਨੂੰ ਦਰਸਾਉਂਦੇ ਹਨ। ਇਸ ਤੋਂ ਇਲਾਵਾ, ਜ਼ਿਮਪਲ ਅਤੇ ਸਹਿਯੋਗੀਆਂ (2020) ਦੁਆਰਾ ਕੀਤੇ ਗਏ ਹਾਲ ਹੀ ਦੇ WGS ਕੰਮ ਨੇ ਮਾਈਕੋਬੈਕਟੀਰੀਅਮ ਬੋਵਿਸ ਦੇ SNP 'ਤੇ ਅਧਾਰਤ ਇੱਕ ਫਾਈਲੋਜੀਨੀ ਤਿਆਰ ਕੀਤੀ, ਜਿਸ ਵਿੱਚ 1,900 ਤੋਂ ਵੱਧ ਜੀਨੋਮ ਹਨ, ਜੋ ਦਰਸਾਉਂਦੇ ਹਨ ਕਿ ਘੱਟੋ-ਘੱਟ ਚਾਰ ਵੱਖ-ਵੱਖ ਵੰਸ਼ ਹਨ (Lb1 ਤੋਂ Lb1 ਤੋਂ Lb4 ਨਾਮ ਦਿੱਤੇ ਗਏ ਹਨ), ਉਹ ਪਹਿਲਾਂ ਪਰਿਭਾਸ਼ਿਤ ਕਲੋਨਲ ਕੰਪਲੈਕਸ ਨਾਲ ਪੂਰੀ ਤਰ੍ਹਾਂ ਇਕਸਾਰ ਨਹੀਂ ਹਨ, ਹਾਲਾਂਕਿ ਭੂਗੋਲਿਕ ਵਿਸ਼ੇਸ਼ਤਾ ਦੀ ਵੀ ਪੁਸ਼ਟੀ ਕੀਤੀ ਜਾ ਸਕਦੀ ਹੈ30। ਇਹਨਾਂ ਲੇਖਕਾਂ ਨੇ ਫਾਈਲੋਜੀਨੀ ਅਤੇ ਅਣੂ ਡੇਟਿੰਗ ਦਾ ਵਿਭਿੰਨ ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ ਕੀਤਾ, ਪਰ ਪੁਨਰ-ਸੰਯੋਜਨ30 ਦਾ ਅਧਿਐਨ ਨਹੀਂ ਕੀਤਾ।
ਵੱਖ-ਵੱਖ ਅਣੂ ਤਕਨੀਕਾਂ, ਜਿਵੇਂ ਕਿ ਸਪੋਲੀਗੋਟਾਈਪਿੰਗ, MIRU-VNTR (ਮਾਈਕੋਬੈਕਟੀਰੀਅਲ ਇੰਟਰਸਪਰਸਡ ਰੀਪੀਟ ਯੂਨਿਟ-ਵੇਰੀਏਬਲ ਟੈਂਡਮ ਰੀਪੀਟ ਨੰਬਰ), ਅਤੇ ਹਾਲ ਹੀ ਵਿੱਚ SNP ਟਾਈਪਿੰਗ ਦੀ ਵਰਤੋਂ ਕਰਦੇ ਹੋਏ ਪਿਛਲੇ ਕੰਮ ਨੇ M. bovis strains 31,32,33, 34,35 ਵਿੱਚ ਜੈਨੇਟਿਕ ਵਿਭਿੰਨਤਾ ਦੇ ਇੱਕ ਖਾਸ ਪੱਧਰ ਦਾ ਖੁਲਾਸਾ ਕੀਤਾ। ਜੈਨੇਟਿਕ ਪਰਿਵਰਤਨ ਦਾ ਵਿਭਿੰਨਤਾ ਬਿਮਾਰੀ ਮਹਾਂਮਾਰੀ ਵਿਗਿਆਨ ਦੇ ਅਧਿਐਨ ਵਿੱਚ ਇੱਕ ਮਹੱਤਵਪੂਰਨ ਸਾਧਨ ਬਣ ਗਿਆ ਹੈ, ਜੋ ਕਿ ਰੋਗਜਨਨ, ਵਾਇਰਸ ਅਤੇ ਬਿਮਾਰੀ ਸੰਚਾਰ ਦੀ ਡੂੰਘਾਈ ਨਾਲ ਸਮਝ ਲਈ ਮਦਦਗਾਰ ਹੈ। WGS ਵਿਧੀ ਦਾ ਉਭਾਰ ਮਾਈਕੋਬੈਕਟੀਰੀਅਮ ਬੋਵਿਸ ਜੀਨੋਮ ਦੁਆਰਾ ਵੱਖ-ਵੱਖ ਮੇਜ਼ਬਾਨਾਂ ਅਤੇ ਮਹਾਂਮਾਰੀ ਵਿਗਿਆਨਿਕ ਦ੍ਰਿਸ਼ਾਂ ਦੇ ਅਨੁਕੂਲਨ ਅਤੇ ਸਥਿਰਤਾ ਦੀ ਪ੍ਰਕਿਰਿਆ ਵਿੱਚ ਲਗਾਏ ਗਏ ਵਿਕਾਸਵਾਦੀ ਡ੍ਰਾਈਵਿੰਗ ਕਾਰਕਾਂ ਨੂੰ ਪ੍ਰਗਟ ਕਰਨ ਦੀ ਸੰਭਾਵਨਾ ਪ੍ਰਦਾਨ ਕਰਦਾ ਹੈ।
ਇਸ ਕੰਮ ਵਿੱਚ, ਅਸੀਂ ਵੱਖ-ਵੱਖ ਮਾਈਕੋਪਲਾਜ਼ਮਾ ਬੋਵਿਸ ਡੇਟਾਸੈਟਾਂ (n=70) 'ਤੇ ਤੁਲਨਾਤਮਕ ਜੀਨੋਮਿਕ ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ ਦੀ ਵਰਤੋਂ ਕਰਦੇ ਹਾਂ, ਜਿਸ ਵਿੱਚ ਵੱਖ-ਵੱਖ ਕਲੋਨਲ ਕੰਪਲੈਕਸਾਂ ਤੋਂ ਆਈਸੋਲੇਟ ਸ਼ਾਮਲ ਹਨ, ਮਾਈਕੋਪਲਾਜ਼ਮਾ ਬੋਵਿਸ ਦੀ ਵਿਕਾਸਵਾਦੀ ਪ੍ਰਕਿਰਿਆ ਵਿੱਚ ਸੂਝ ਪ੍ਰਾਪਤ ਕਰਨ ਲਈ, ਖਾਸ ਕਰਕੇ ਫਾਈਲੋਜੈਨੇਟਿਕ ਸਬੰਧਾਂ ਅਤੇ ਪੁਨਰ-ਸੰਯੋਜਨ ਘਟਨਾਵਾਂ ਨੂੰ ਹੱਲ ਕਰਨ ਲਈ। ਇਸ ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ ਦੇ ਪੂਰਕ ਵਜੋਂ, ਪੁਰਤਗਾਲ 31,36 ਵਿੱਚ ਇੱਕ ਚੰਗੀ ਤਰ੍ਹਾਂ ਵਿਸ਼ੇਸ਼ਤਾ ਵਾਲੇ ਮਲਟੀ-ਹੋਸਟ ਟੀਬੀ ਖੇਤਰ ਤੋਂ ਪ੍ਰਾਪਤ ਕੀਤੇ ਗਏ ਐਮ. ਬੋਵਿਸ ਆਈਸੋਲੇਟਸ (n = 42) ਦੇ ਇੱਕ ਉਪ-ਡੇਟਾ ਸੈੱਟ ਦੀ ਹੋਰ ਖੋਜ ਕੀਤੀ ਗਈ ਸੀ ਤਾਂ ਜੋ ਗੈਰ-ਪਛਾਣ ਦਾ ਅਨੁਮਾਨ ਲਗਾਇਆ ਜਾ ਸਕੇ। ਸਮਾਨਾਰਥੀ (dS) ਨਿਊਕਲੀਓਟਾਈਡ ਬਦਲਾਂ ਦੇ ਨਾਲ-ਨਾਲ ਭਾਵਨਾ ਦੇ ਸਾਪੇਖਿਕ ਅਨੁਪਾਤ (dN) ਦੇ ਵਿਚਕਾਰ ਸੰਤੁਲਨ, ਅਤੇ ਨਾਲ ਹੀ ਸਾਹਿਤ ਵਿੱਚ ਦੱਸੇ ਗਏ ਖਾਸ ਜੀਨੋਮ ਦੇ ਵਿਕਾਸਵਾਦੀ ਯੋਗਦਾਨ, ਉਹ 37,38 ਹਨ ਜੋ MTBC ਪੂਰਵਜਾਂ ਦੁਆਰਾ HGT ਦੁਆਰਾ ਪ੍ਰਾਪਤ ਕੀਤੇ ਗਏ ਹਨ, ਅਤੇ 3R (DNA ਮੁਰੰਮਤ, ਪ੍ਰਤੀਕ੍ਰਿਤੀ, ਅਤੇ ਪੁਨਰ-ਸੰਯੋਜਨ) ਸਿਸਟਮ ਜੀਨ ਭਾਗ 39 ਨੂੰ ਏਨਕੋਡ ਕਰਦੇ ਹਨ। HGT ਦੁਆਰਾ ਪ੍ਰਾਪਤ ਕੀਤੇ ਜੀਨਾਂ ਦੀ ਚੋਣ ਕਰੋ ਕਿਉਂਕਿ ਉਹ ਪ੍ਰਾਚੀਨ ਪੋਲੀਮੋਰਫਿਜ਼ਮ ਨੂੰ ਦਰਸਾਉਂਦੇ ਹਨ, ਇਸ ਲਈ ਇਹ ਉਮੀਦ ਕੀਤੀ ਜਾਂਦੀ ਹੈ ਕਿ ਉਹਨਾਂ ਵਿੱਚ ਸਮਾਨਾਰਥੀ ਤਬਦੀਲੀਆਂ ਦਾ ਉੱਚ ਅਨੁਪਾਤ ਹੋ ਸਕਦਾ ਹੈ। 3R ਸਿਸਟਮ ਵਿੱਚ ਸ਼ਾਮਲ ਜੀਨਾਂ ਨੂੰ ਇਸ ਲਈ ਚੁਣਿਆ ਗਿਆ ਸੀ ਕਿਉਂਕਿ ਐਮ. ਟਿਊਬਰਕਿਊਲੋਸਿਸ ਸਟ੍ਰੇਨ 'ਤੇ ਪਿਛਲੇ ਕੰਮ ਨੇ ਇਹਨਾਂ ਜੀਨਾਂ 'ਤੇ ਕੰਮ ਕਰਨ ਵਾਲੇ ਆਮ ਨਕਾਰਾਤਮਕ/ਸ਼ੁੱਧੀਕਰਨ ਚੋਣ ਨੂੰ ਦਰਸਾਇਆ ਸੀ, ਅਤੇ ਉਹ ਵਿਕਾਸ 39 ਵਿੱਚ ਇੱਕ ਮਹੱਤਵਪੂਰਨ ਭੂਮਿਕਾ ਨਿਭਾ ਸਕਦੇ ਹਨ। ਇਸ ਕੰਮ ਦਾ ਇੱਕ ਹੋਰ ਟੀਚਾ ਪੁਨਰਗਠਨ ਘਟਨਾਵਾਂ ਦੀ ਮੌਜੂਦਗੀ ਦਾ ਅਨੁਮਾਨ ਲਗਾਉਣਾ ਹੈ। ਇਸ ਕਾਰਨ ਕਰਕੇ, ਇਹ ਵਿਚਾਰ ਕਰਦੇ ਹੋਏ ਕਿ ਪੁਰਤਗਾਲ ਤੋਂ ਸਾਡੇ ਡੇਟਾਸੈਟ ਵਿੱਚ ਸਿਰਫ ਯੂਰਪੀਅਨ ਕਲੋਨ ਕੰਪਲੈਕਸ 2 ਦੇ ਜੀਨੋਮ ਅਤੇ ਉਹ ਸਟ੍ਰੇਨ ਸ਼ਾਮਲ ਹਨ ਜਿਨ੍ਹਾਂ ਨੇ ਕਲੋਨ ਕੰਪਲੈਕਸ ਨੂੰ ਨਿਰਧਾਰਤ ਨਹੀਂ ਕੀਤਾ ਹੈ, ਅਸੀਂ ਅੰਤ ਵਿੱਚ ਸਾਰੇ ਕਲੋਨ ਕੰਪਲੈਕਸਾਂ ਦੇ ਪ੍ਰਤੀਨਿਧੀ ਨੂੰ ਪ੍ਰਾਪਤ ਕਰਨ ਲਈ ਜਨਤਕ ਤੌਰ 'ਤੇ ਉਪਲਬਧ ਜੀਨੋਮ ਡੇਟਾ ਨੂੰ ਸ਼ਾਮਲ ਕਰਨ ਦਾ ਫੈਸਲਾ ਕੀਤਾ, ਅਤੇ ਨਤੀਜਿਆਂ ਦੀ ਮਜ਼ਬੂਤੀ ਅਤੇ ਚੌੜਾਈ ਵਿੱਚ ਸੁਧਾਰ ਕੀਤਾ।
ਪੁਰਤਗਾਲੀ ਸਥਾਨਕ ਮਲਟੀ-ਹੋਸਟ ਟੀਬੀ ਦ੍ਰਿਸ਼ (ਵੇਰਵੇ ਹੇਠਾਂ ਦਿੱਤੇ ਗਏ ਹਨ) ਤੋਂ 42 ਨਵੇਂ ਕ੍ਰਮਬੱਧ ਮਾਈਕੋਪਲਾਜ਼ਮਾ ਬੋਵਿਸ ਜੀਨੋਮ, ਜੋ ਪਹਿਲਾਂ ਇੱਕ ਮਹਾਂਮਾਰੀ ਵਿਗਿਆਨ ਦ੍ਰਿਸ਼ਟੀਕੋਣ ਤੋਂ ਦਰਸਾਏ ਗਏ ਹਨ, ਇਸ ਕੰਮ ਦਾ ਕੇਂਦਰ ਹਨ। ਇਹ ਧਿਆਨ ਵਿੱਚ ਰੱਖਦੇ ਹੋਏ ਕਿ ਪੁਰਤਗਾਲ ਤੋਂ ਡੇਟਾ ਸੈੱਟ ਵਿੱਚ ਸਿਰਫ ਯੂਰਪੀਅਨ 2 ਕਲੋਨ ਕੰਪਲੈਕਸਾਂ ਅਤੇ ਨਿਰਧਾਰਤ ਕੰਪਲੈਕਸਾਂ ਤੋਂ ਬਿਨਾਂ ਸਟ੍ਰੇਨ ਦੇ ਪ੍ਰਤੀਨਿਧੀ ਹਨ, ਜਨਤਕ ਤੌਰ 'ਤੇ ਉਪਲਬਧ ਪੂਰੇ-ਜੀਨੋਮ ਸੀਕਵੈਂਸਿੰਗ ਡੇਟਾ ਨੂੰ ਡੇਟਾ ਸੈੱਟ ਦਾ ਵਿਸਤਾਰ ਕਰਨ ਲਈ ਜੋੜਿਆ ਗਿਆ ਹੈ ਜਿਸ ਵਿੱਚ ਐਮ. ਬੋਵਿਸ ਕਲੋਨ ਕੰਪਲੈਕਸਾਂ ਦੇ ਸਾਰੇ ਪ੍ਰਤੀਨਿਧੀ ਸ਼ਾਮਲ ਹਨ। ਇਸ ਲਈ, ਇਸ ਕੰਮ ਵਿੱਚ ਤਿੰਨ ਪੂਰੇ-ਜੀਨੋਮ ਸੀਕਵੈਂਸਿੰਗ ਡੇਟਾ ਸਰੋਤ ਵਰਤੇ ਗਏ ਸਨ: ਸੰਪੂਰਨ/ਡਰਾਫਟ ਜੀਨੋਮ ਅਸੈਂਬਲੀ, NCBI (ਨੈਸ਼ਨਲ ਸੈਂਟਰ ਫਾਰ ਬਾਇਓਟੈਕਨਾਲੋਜੀ ਇਨਫਰਮੇਸ਼ਨ) ਵਿੱਚ ਸਟੋਰ ਕੀਤੇ 10 ਸਕੈਫੋਲਡ ਤੱਕ (n = 15 ਆਈਸੋਲੇਟ); SRA ਵਿੱਚ ਸਟੋਰ ਕੀਤਾ ਗਿਆ (ਸੀਕਵੈਂਸ ਰੀਡ ਆਰਕਾਈਵ ਦੀ ਇਲੂਮਿਨਾ ਫਾਸਟਕਿਊ ਫਾਈਲ) ਐਮ. ਬੋਵਿਸ ਕਲੋਨ (n = 12 ਆਈਸੋਲੇਟ)30 ਦੀ ਗੁੰਝਲਦਾਰ ਵਿਭਿੰਨਤਾ ਨੂੰ ਦਰਸਾਉਂਦਾ ਹੈ; ਅਤੇ ਪੁਰਤਗਾਲ ਤੋਂ 42 ਨਵੇਂ ਕ੍ਰਮਬੱਧ ਜੀਨੋਮ। ਮਾਈਕੋਬੈਕਟੀਰੀਅਮ ਬੋਵਿਸ BCG (ਬੇਸੀਲ ਕੈਲਮੇਟ-ਗੁਏਰਿਨ) ਨੂੰ NCBI ਖੋਜ ਤੋਂ ਬਾਹਰ ਰੱਖਿਆ ਗਿਆ ਸੀ। M. bovis AF2122/97 ਨੂੰ ਆਮ ਤੌਰ 'ਤੇ ਡੇਟਾਸੈੱਟ ਵਿੱਚ ਸ਼ਾਮਲ ਕਰਨ ਲਈ ਇੱਕ ਸੰਦਰਭ ਜੀਨੋਮ ਵਜੋਂ ਵਰਤਿਆ ਜਾਂਦਾ ਹੈ। ਅਫਰੀਕੀ 1 ਕਲੋਨਿੰਗ ਕੰਪਲੈਕਸ ਦੁਆਰਾ ਦਰਸਾਏ ਗਏ ਪੂਰੇ ਜੀਨੋਮ ਕ੍ਰਮ ਦੀ ਜਨਤਕ ਅਣਉਪਲਬਧਤਾ ਅਤੇ Af2 ਅਤੇ Eu1 ਦੇ ਪ੍ਰਤੀਨਿਧੀ ਸਟ੍ਰੇਨ ਤੋਂ ਜੀਨੋਮ ਦੀ ਥੋੜ੍ਹੀ ਜਿਹੀ ਗਿਣਤੀ ਦੇ ਕਾਰਨ, SRA ਦੁਆਰਾ ਪ੍ਰਦਾਨ ਕੀਤੇ ਗਏ ਅਸਲ ਕ੍ਰਮ ਡੇਟਾ ਦੀ ਵਰਤੋਂ ਇਹਨਾਂ ਮਾਮਲਿਆਂ ਵਿੱਚ ਕੀਤੀ ਗਈ ਸੀ। ਜ਼ਿਮਪਲ ਅਤੇ ਉਸਦੇ ਸਹਿਯੋਗੀਆਂ (2020) ਦੇ ਕੰਮ ਨੇ ਉਪਰੋਕਤ ਕਲੋਨਿੰਗ ਕੰਪਲੈਕਸ ਤੋਂ ਜੀਨੋਮ ਦੀ ਪਛਾਣ ਕਰਨ ਵਿੱਚ ਮਦਦ ਕੀਤੀ ਅਤੇ ਡੇਟਾ ਸੈੱਟ ਵਿੱਚ ਸ਼ਾਮਲ ਕਰਨ ਲਈ ਮਾਈਕੋਬੈਕਟੀਰੀਅਮ ਬੋਵਿਸ ਦੀ ਚੋਣ ਕਰਨ ਵਿੱਚ ਮਦਦ ਕੀਤੀ। Eu3 ਲਈ, ਸਿਰਫ ਇੱਕ ਕਿਸਮ ਦੇ ਜੀਨੋਮ ਦਾ ਵਰਣਨ ਕੀਤਾ ਗਿਆ ਹੈ (ਬ੍ਰੈਂਜਰ ਐਟ ਅਲ., 2020), ਇਸ ਲਈ ਅਸੀਂ ਜਿਸ ਜੀਨੋਮ ਨੂੰ ਸ਼ਾਮਲ ਕਰਦੇ ਹਾਂ ਉਹ Eu3 ਕੰਪਲੈਕਸ ਦਾ ਇੱਕ ਵੱਖਰਾ ਪ੍ਰਤੀਨਿਧੀ ਹੈ।
ਵਿਸ਼ਵ ਪੱਧਰ 'ਤੇ, ਇਸ ਡੇਟਾ ਸੈੱਟ ਵਿੱਚ 1985 ਤੋਂ 2016 ਤੱਕ 12 ਦੇਸ਼ਾਂ ਵਿੱਚ ਵੰਡੀਆਂ ਗਈਆਂ 8 ਮੇਜ਼ਬਾਨ ਪ੍ਰਜਾਤੀਆਂ ਤੋਂ ਅਲੱਗ ਕੀਤੇ 70 ਪਸ਼ੂ ਐਮ. ਬੋਵਿਸ ਸ਼ਾਮਲ ਹਨ। 36 ਪ੍ਰਜਾਤੀਆਂ ਨੂੰ Eu2 ਵਜੋਂ ਮਨੋਨੀਤ ਕੀਤਾ ਗਿਆ ਹੈ, 7 ਪ੍ਰਜਾਤੀਆਂ Eu1 ਹਨ, 1 ਪ੍ਰਜਾਤੀਆਂ Eu3 ਹਨ, 3 ਪ੍ਰਜਾਤੀਆਂ Af1 ਹਨ, 4 ਪ੍ਰਜਾਤੀਆਂ Af2 ਹਨ ਅਤੇ 19 ਕਿਸੇ ਵੀ ਕਲੋਨਲ ਕੰਪਲੈਕਸ ਨਾਲ ਸੰਬੰਧਿਤ ਨਹੀਂ ਹਨ (ਵੇਰਵੇ ਹੇਠਾਂ ਦਿੱਤੇ ਗਏ ਹਨ)। ਇਸ ਅਧਿਐਨ ਵਿੱਚ ਵਰਤੇ ਗਏ ਮਾਈਕੋਬੈਕਟੀਰੀਅਮ ਬੋਵਿਸ ਦੀ ਵਿਸਤ੍ਰਿਤ ਜਾਣਕਾਰੀ (ਐਕਸੀਅਨ ਨੰਬਰ ਸਮੇਤ) ਸਾਰਣੀ 1 ਅਤੇ ਪੂਰਕ ਸਾਰਣੀ 1 ਵਿੱਚ ਦਿਖਾਈ ਗਈ ਹੈ।
ਪੁਰਤਗਾਲ ਦੇ ਜਾਨਵਰਾਂ ਦੇ ਤਪਦਿਕ ਹੌਟਸਪੌਟਸ ਤੋਂ ਮਾਈਕੋਬੈਕਟੀਰੀਅਮ ਬੋਵਿਸ ਦੇ 42 ਨਵੇਂ ਕ੍ਰਮਬੱਧ ਪੂਰੇ ਜੀਨੋਮ ਅਤੇ 12 ਸਾਲਾਂ ਤੋਂ ਵੱਧ ਸਮੇਂ ਲਈ ਵੰਡੇ ਗਏ ਇਸ ਅਧਿਐਨ ਦਾ ਕੇਂਦਰ ਹਨ, ਕਿਉਂਕਿ ਸੰਭਾਵੀ ਜੰਗਲੀ ਜੀਵ-ਪਸ਼ੂ ਰੋਗ ਪ੍ਰਣਾਲੀਆਂ ਦੀ ਨਿਯਮਤ ਤੌਰ 'ਤੇ ਨਿਗਰਾਨੀ ਕੀਤੀ ਗਈ ਹੈ 31,36 (ਪੂਰਕ ਚਿੱਤਰ 1)। ਬਾਅਦ ਦੀਆਂ ਪ੍ਰਕਿਰਿਆਵਾਂ ਦੇ ਅਨੁਸਾਰ, ਇਹਨਾਂ ਕਿਸਮਾਂ ਨੂੰ 2003 ਤੋਂ 2015 ਤੱਕ ਪਸ਼ੂਆਂ (n = 14), ਲਾਲ ਹਿਰਨ (n = 16) ਅਤੇ ਜੰਗਲੀ ਸੂਰ (n = 12) ਤੋਂ ਅਲੱਗ ਕੀਤਾ ਗਿਆ ਸੀ: ਸਿਫਾਰਸ਼ ਕੀਤੇ ਪ੍ਰੋਟੋਕੋਲ ਦਿਸ਼ਾ-ਨਿਰਦੇਸ਼ਾਂ ਦੇ ਅਨੁਸਾਰ ਜਾਨਵਰਾਂ ਨੂੰ ਇਕੱਠਾ ਕਰੋ ਅਤੇ ਸੰਭਾਲੋ ਟਿਸ਼ੂ ਦੇ ਨਮੂਨੇ OIE ਟੈਰੇਸਟ੍ਰੀਅਲ ਐਨੀਮਲ ਹੈਂਡਬੁੱਕ ਵਿੱਚ ਹਨ ਅਤੇ ਸਟੋਨਬ੍ਰਿੰਕ ਅਤੇ ਲੋਵੇਨਸਟਾਈਨ-ਜੇਨਸਨ ਪਾਈਰੂਵੇਟ ਠੋਸ ਮਾਧਿਅਮ ਅਤੇ ਤਰਲ ਮਾਧਿਅਮ 'ਤੇ ਟੀਕਾ ਲਗਾਇਆ ਜਾਂਦਾ ਹੈ। ਕਲਚਰ 37 ਡਿਗਰੀ ਸੈਲਸੀਅਸ 'ਤੇ ਇਨਕਿਊਬੇਟ ਕੀਤੇ ਜਾਂਦੇ ਹਨ ਅਤੇ ਘੱਟੋ-ਘੱਟ 12 ਹਫ਼ਤਿਆਂ ਲਈ ਹਫ਼ਤੇ ਵਿੱਚ ਇੱਕ ਵਾਰ ਵਿਕਾਸ ਦੀ ਜਾਂਚ ਕੀਤੀ ਜਾਂਦੀ ਹੈ। ਕਲੋਨੀਆਂ ਨੂੰ ਸਿੱਧੇ -80 ਡਿਗਰੀ ਸੈਲਸੀਅਸ 'ਤੇ ਗਲਾਈਸਰੋਲ ਘੋਲ ਵਿੱਚ ਸਟੋਰ ਕੀਤਾ ਜਾਂਦਾ ਹੈ। ਮਾਈਕੋਬੈਕਟੀਰੀਅਮ ਚੋਣਵੇਂ ਮਾਧਿਅਮ (ਮਿਡਲਬਰੂਕ 7H9, ਬੀਡੀ ਡਾਇਗਨੌਸਟਿਕਸ) ਵਿੱਚ, WGS ਪ੍ਰੋਗਰਾਮ ਦੇ DNA ਨੂੰ ਪ੍ਰਾਪਤ ਕਰਨ ਲਈ ਮੂਲ ਪੁਰਾਲੇਖ ਕੀਤੇ ਨਮੂਨਿਆਂ ਨੂੰ ਇੱਕ ਸਿੰਗਲ ਇਨ ਵਿਟਰੋ ਪਾਸ ਇਨ ਵਿਟਰੋ ਵਿੱਚੋਂ ਲੰਘਾਇਆ ਗਿਆ ਸੀ। ਇਸਦੇ ਲਈ, ਜੰਮੇ ਹੋਏ ਕਲਚਰ ਸਟਾਕ ਘੋਲ ਨੂੰ 5% ਸੋਡੀਅਮ ਪਾਈਰੂਵੇਟ ਅਤੇ 10% ADS (50 ਗ੍ਰਾਮ ਐਲਬਿਊਮਿਨ, 20 ਗ੍ਰਾਮ ਗਲੂਕੋਜ਼, 1 ਲੀਟਰ ਪਾਣੀ ਵਿੱਚ 8.5 ਗ੍ਰਾਮ ਸੋਡੀਅਮ ਕਲੋਰਾਈਡ) ਨਾਲ ਮਿਡਲਬਰੂਕ 7H9 'ਤੇ 37°C ਰੀਟ੍ਰੇਨ 'ਤੇ ਭਰਪੂਰ ਕੀਤਾ ਗਿਆ ਸੀ। 4 ਹਫ਼ਤਿਆਂ ਦੇ ਵਾਧੇ ਤੋਂ ਬਾਅਦ, ਮਾਧਿਅਮ ਨੂੰ ਨਵਿਆਇਆ ਗਿਆ ਅਤੇ ਵਿਕਾਸ ਨੂੰ ਦੇਖਣ ਤੱਕ ਕਲਚਰ ਦੀ ਨਿਯਮਤ ਤੌਰ 'ਤੇ ਨਿਗਰਾਨੀ ਕੀਤੀ ਗਈ। ਸੈੱਲਾਂ ਦੀ ਕਟਾਈ ਸੈਂਟਰਿਫਿਊਗੇਸ਼ਨ ਦੁਆਰਾ ਕੀਤੀ ਗਈ, ਪੈਲੇਟ ਨੂੰ 500 µL ਫਾਸਫੇਟ ਬਫਰਡ ਸਲਾਈਨ (PBS) ਵਿੱਚ ਦੁਬਾਰਾ ਸਸਪੈਂਡ ਕੀਤਾ ਗਿਆ, 99 °C 'ਤੇ 30 ਮਿੰਟਾਂ ਲਈ ਗਰਮ ਕੀਤਾ ਗਿਆ, ਸੈਂਟਰਿਫਿਊਜ ਕੀਤਾ ਗਿਆ, ਅਤੇ ਸੁਪਰਨੇਟੈਂਟ ਨੂੰ WGS ਤੱਕ -20 °C 'ਤੇ ਸਟੋਰ ਕੀਤਾ ਗਿਆ। ਸਾਰੀਆਂ ਪ੍ਰਕਿਰਿਆਵਾਂ ਲੈਵਲ 3 ਬਾਇਓਸੁਰੱਖਿਆ ਸਹੂਲਤਾਂ ਵਿੱਚ ਕੀਤੀਆਂ ਜਾਂਦੀਆਂ ਹਨ।
WGS ਪੇਅਰਡ-ਐਂਡ ਜੀਨੋਮ ਲਾਇਬ੍ਰੇਰੀ ਹਰੇਕ DNA ਨਮੂਨੇ ਦੇ ਵਿਲੱਖਣ ਸੂਚਕਾਂਕ ਦੀ ਵਰਤੋਂ ਕਰਕੇ ਤਿਆਰ ਕੀਤੀ ਜਾਂਦੀ ਹੈ, ਅਤੇ ਸੀਕਵੈਂਸਿੰਗ ਲਈ Illumina MiSeq (2 × 250 pb) (40 ਨਮੂਨੇ) ਅਤੇ HiSeq (2 × 150 pb) (ਦੋ ਆਈਸੋਲੇਟ) ਤਕਨਾਲੋਜੀ (ਯੂਰੋਫਿਨਸ ਜੀਨੋਮਿਕਸ, ਜਰਮਨੀ) ਦੀ ਵਰਤੋਂ ਕਰਦੀ ਹੈ। ਨਿਰਮਾਤਾ ਦੀਆਂ ਹਦਾਇਤਾਂ ਅਨੁਸਾਰ, ਜੀਨੋਮਿਕ DNA ਨੂੰ ਸੀਕਵੈਂਸ ਕਰਨ ਲਈ ਡਬਲ-ਐਂਡ ਮੋਡੀਊਲ ਅਟੈਚਮੈਂਟ ਵਾਲੇ Illumina ਜੀਨੋਮ ਐਨਾਲਾਈਜ਼ਰ ਦੀ ਵਰਤੋਂ ਕਰੋ, ਅਤੇ ਲਾਇਬ੍ਰੇਰੀ ਬਣਾਉਣ ਲਈ Illumina ਤੋਂ Nextera XT DNA ਲਾਇਬ੍ਰੇਰੀ ਪ੍ਰੈਪ ਕਿੱਟ ਦੀ ਵਰਤੋਂ ਕਰੋ।
SRA (n = 12) ਤੋਂ ਪ੍ਰਾਪਤ ਕੀਤੇ ਗਏ ਡੇਟਾ ਨੂੰ ਧਿਆਨ ਵਿੱਚ ਰੱਖਦੇ ਹੋਏ, ਕਲੋਨ ਕੰਪਲੈਕਸ ਦੀ ਪਛਾਣ ਨੂੰ ਸੰਬੰਧਿਤ ਪ੍ਰਕਾਸ਼ਨ 30, 41, 43 ਦੇ ਮੈਟਾਡੇਟਾ ਵਜੋਂ ਵਰਤਿਆ ਜਾ ਸਕਦਾ ਹੈ। ਪੂਰੇ ਜੀਨੋਮ 'ਤੇ ਵਿਚਾਰ ਕਰਦੇ ਸਮੇਂ, ਮਾਈਕੋਬੈਕਟੀਰੀਅਮ ਬੋਵਿਸ AF2122/97 ਅਤੇ ਮਾਈਕੋਬੈਕਟੀਰੀਅਮ ਬੋਵਿਸ 3601 ਨੂੰ ਛੱਡ ਕੇ, ਜੋ ਕਿ ਕ੍ਰਮਵਾਰ Eu1 ਅਤੇ Eu3 ਕਲੋਨਲ ਕੰਪਲੈਕਸ 25, 29 ਦੇ ਮਾਨਤਾ ਪ੍ਰਾਪਤ ਮੈਂਬਰ ਹਨ, ਇਹ ਮਾਈਕੋਬੈਕਟੀਰੀਅਮ ਟਿਊਬਰਕਲੋਸਿਸ H37Rv (NCBI ਐਕਸੈਸ਼ਨ ਨੰਬਰ NC_000962.3) ਦੇ ਪੂਰੇ ਜੀਨੋਮ ਦੇ ਸਮਾਨ ਹੈ। ਜੀਨੋਮ ਅਲਾਈਨਮੈਂਟ MAFFT (ਐਮੀਨੋ ਐਸਿਡ ਜਾਂ ਨਿਊਕਲੀਓਟਾਈਡ ਕ੍ਰਮ ਦਾ ਮਲਟੀਪਲ ਅਲਾਈਨਮੈਂਟ ਪ੍ਰੋਗਰਾਮ, ਸੰਸਕਰਣ 7.458) ਅਤੇ ਪੈਰਾਮੀਟਰ -addfragments48 ਦੀ ਵਰਤੋਂ ਕਰਕੇ ਕੀਤਾ ਜਾਂਦਾ ਹੈ। ਫਿਰ, ਵੱਖ-ਵੱਖ ਕਲੋਨਲ ਕੰਪਲੈਕਸਾਂ ਦੀ ਅਣਹੋਂਦ ਅਤੇ/ਜਾਂ SNP ਵਿਸ਼ੇਸ਼ਤਾਵਾਂ ਦੀ ਮੌਜੂਦਗੀ ਦੀ ਖੋਜ ਕਰੋ।
ਨਵੇਂ ਕ੍ਰਮਬੱਧ ਮਾਈਕੋਬੈਕਟੀਰੀਅਮ ਬੋਵਿਸ (n = 42) ਅਤੇ ਇਕੱਠੇ ਕੀਤੇ ਜੀਨੋਮ ਡਰਾਫਟ (n = 3) ਦੇ ਮੂਲ ਪਾਠ vSNP ਪਾਈਪਲਾਈਨ ਰਾਹੀਂ ਕੰਪਲੈਕਸ ਨੂੰ ਸੰਦਰਭ ਜੀਨੋਮ ਮਾਈਕੋਬੈਕਟੀਰੀਅਮ ਟਿਊਬਰਕਿਊਲੋਸਿਸ H37Rv ਨਾਲ ਇਕਸਾਰ ਕਰਦੇ ਹਨ ਅਤੇ ਵੱਖ-ਵੱਖ ਕਲੋਨਾਂ ਦੇ ਮਿਟਾਉਣ ਅਤੇ/ਜਾਂ SNP ਵਿਸ਼ੇਸ਼ਤਾਵਾਂ ਦੀ ਮੌਜੂਦਗੀ ਦੀ ਖੋਜ ਕੀਤੀ ਗਈ।
ਸੰਬੰਧਿਤ ਕਲੋਨਲ ਕੰਪਲੈਕਸ ਨੂੰ ਜੀਨੋਮਿਕ ਡੇਟਾ ਨਿਰਧਾਰਤ ਕਰਨ ਲਈ ਵਿਸ਼ੇਸ਼ਤਾਵਾਂ ਦੀ ਘਾਟ ਅਤੇ/ਜਾਂ SNP ਅਤੇ ਸਪੋਲੀਗੋਟਾਈਪਿੰਗ ਪ੍ਰੋਫਾਈਲਾਂ ਦੀ ਮੌਜੂਦਗੀ/ਗੈਰਹਾਜ਼ਰੀ ਤੋਂ ਜਾਣਕਾਰੀ ਇਕੱਠੀ ਕਰੋ। ਚਾਰ ਡਰਾਫਟ ਅਸੈਂਬਲੀਆਂ ਲਈ, ਸਪੋਲੀਗੋਟਾਈਪਿੰਗ ਪ੍ਰੋਫਾਈਲ ਦਾ ਅਨੁਮਾਨ ਨਹੀਂ ਲਗਾਇਆ ਜਾ ਸਕਦਾ, ਇਸ ਲਈ ਉਹਨਾਂ ਨੂੰ "ਕੋਈ ਜਟਿਲਤਾ ਨਹੀਂ" ਸਮੂਹ ਵਿੱਚ ਸ਼ਾਮਲ ਕੀਤਾ ਗਿਆ ਹੈ।
ਇਸ ਕੰਮ ਤੋਂ ਬਾਅਦ ਬਾਇਓਇਨਫਾਰਮੈਟਿਕਸ ਵਰਕਫਲੋ ਡੀ ਨੋਵੋ ਅਸੈਂਬਲੀ ਅਤੇ ਮੈਪਿੰਗ ਤੋਂ ਸ਼ੁਰੂ ਹੋ ਕੇ ਇੱਕ ਸੰਦਰਭ ਰਣਨੀਤੀ ਤੱਕ ਜਾਂਦਾ ਹੈ, ਜਿਸਦਾ ਟੀਚਾ ਪੁਨਰ-ਸੰਯੋਜਨ ਘਟਨਾਵਾਂ ਅਤੇ ਖਾਸ ਜੀਨੋਮ ਪੋਲੀਮੋਰਫਿਜ਼ਮ ਦੀ ਪੜਚੋਲ ਕਰਨਾ ਹੈ। ਚਿੱਤਰ 1 ਵਿੱਚ ਅਪਣਾਏ ਗਏ ਕਦਮਾਂ ਦਾ ਇੱਕ ਫਲੋਚਾਰਟ ਪ੍ਰਦਾਨ ਕੀਤਾ ਗਿਆ ਹੈ। ਪੁਨਰ-ਸੰਯੋਜਨ ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ ਲਈ, ਸਾਰੇ ਜੀਨੋਮ ਦੀ ਵਰਤੋਂ ਅਨੁਮਾਨਾਂ ਅਤੇ ਸੰਬੰਧਿਤ ਸੂਚਕਾਂ ਦੀ ਮਜ਼ਬੂਤੀ ਨੂੰ ਵਧਾਉਣ ਲਈ ਕੀਤੀ ਜਾਂਦੀ ਹੈ।
ਜੀਨੋਮ ਸਹਿਮਤੀ ਕ੍ਰਮਾਂ ਦੇ ਉਤਪਾਦਨ ਵਿੱਚ ਗਲਤੀਆਂ ਨੂੰ ਘਟਾਉਣ ਲਈ, ਅਸੀਂ ਪਹਿਲਾਂ ਡੀ ਨੋਵੋ ਅਸੈਂਬਲੀ ਪ੍ਰਾਪਤ ਕੀਤੀ, ਅਤੇ ਫਿਰ ਕੋਰ ਮਲਟੀਪਲ ਅਲਾਈਨਮੈਂਟ ਪ੍ਰਾਪਤ ਕੀਤੇ। ਯੂਨੀਸਾਈਕਲਰ ਪਾਈਪਲਾਈਨ ਵਰਤਮਾਨ ਵਿੱਚ https://github.com/rrwick/Unicycler49 'ਤੇ ਉਪਲਬਧ ਹੈ ਅਤੇ ਇਸਦੀ ਵਰਤੋਂ 54 ਸੀਕੁਐਂਸਡ ਜੀਨੋਮ (42 ਨਵੇਂ ਸੀਕੁਐਂਸਡ ਅਤੇ SRA ਤੋਂ ਪ੍ਰਾਪਤ 12 ਫਾਸਟਕਿਊ ਫਾਈਲਾਂ) ਦੀ ਡੀ ਨੋਵੋ ਅਸੈਂਬਲੀ ਕਰਨ ਲਈ ਕੀਤੀ ਜਾਂਦੀ ਹੈ। ਸੰਖੇਪ ਵਿੱਚ, ਸ਼ੁਰੂ ਤੋਂ ਅਸੈਂਬਲ ਕਰਨ ਤੋਂ ਪਹਿਲਾਂ, FastQC ਵਰਜਨ 0.11.7 (https://github.com/s-andrews/FastQC), ਅਤੇ ਟ੍ਰਿਮੋਮੈਟਿਕ ਵਰਜਨ 0.36 (ਵਿਕਲਪ "ਰੀਡਜ਼ ਤੋਂ ਅਡੈਪਟਰ ਅਤੇ ਹੋਰ ਰੋਸ਼ਨੀ-ਵਿਸ਼ੇਸ਼ ਕ੍ਰਮ ਕੱਟਣਾ" ਅਤੇ "ਰੀਡ ਦੇ ਅੰਤ ਤੋਂ ਬੇਸ ਕੱਟੋ, ਜੇਕਰ 20 ਦੀ ਥ੍ਰੈਸ਼ਹੋਲਡ ਗੁਣਵੱਤਾ ਤੋਂ ਘੱਟ ਹੈ" ਲਾਗੂ ਕੀਤਾ ਜਾਂਦਾ ਹੈ) (http://www.usadellab.org/cms/?page= trimmomatic) 50 ਵਿੱਚ ਰੀਡ ਕੁਆਲਿਟੀ ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ ਕੀਤਾ ਗਿਆ ਸੀ। ਫਿਰ, ਜੀਨੋਮ ਅਸੈਂਬਲੀ ਲਈ SPAdes ਆਪਟੀਮਾਈਜ਼ਰ49 ਦੀ ਵਰਤੋਂ ਕੀਤੀ ਗਈ ਸੀ, ਅਤੇ ਪੋਸਟ-ਅਸੈਂਬਲੀ ਓਪਟੀਮਾਈਜੇਸ਼ਨ ਲਈ ਪਾਈਲੋਨ ਵਰਜਨ 1.1851 ਦੀ ਵਰਤੋਂ ਕੀਤੀ ਗਈ ਸੀ। ਗਲਤ ਅਸੈਂਬਲੀ ਤੋਂ ਬਚਣ ਲਈ ਇੱਕ ਰੂੜੀਵਾਦੀ ਬ੍ਰਿਜਿੰਗ ਮੋਡ ਚੁਣਿਆ ਗਿਆ ਸੀ, ਅਤੇ k-mer ਆਕਾਰ ਨੂੰ ਰੀਡ ਲੰਬਾਈ ਦੇ 20% ਅਤੇ 95% ਦੇ ਵਿਚਕਾਰ ਖੋਜਿਆ ਅਤੇ ਚੁਣਿਆ ਗਿਆ ਸੀ। SPAdes ਦਿਸ਼ਾ-ਨਿਰਦੇਸ਼ਾਂ ਦੀ ਪਾਲਣਾ ਕਰੋ ਅਤੇ ਪੜ੍ਹਨ ਦੇ ਆਕਾਰ 'ਤੇ ਵਿਚਾਰ ਕਰੋ, 300 bp ਤੋਂ ਛੋਟੇ ਕੰਟਿਗ ਨੂੰ ਮਿਟਾਓ, ਅਤੇ 52 ਦਾ 20 ਪੜ੍ਹਨ ਦੀ ਡੂੰਘਾਈ ਕਵਰੇਜ ਕੱਟਆਫ ਸਥਾਪਤ ਕਰੋ। ਡੀ ਨੋਵੋ ਅਸੈਂਬਲੀ ਰਣਨੀਤੀ ਵਿੱਚ, ਜੀਨੋਮਿਕ ਖੇਤਰ ਜਿਵੇਂ ਕਿ ਬਹੁਤ ਜ਼ਿਆਦਾ ਦੁਹਰਾਉਣ ਵਾਲੇ ਪ੍ਰੋਲਾਈਨ-ਗਲੂਟਾਮੇਟ (PE) ਅਤੇ ਪ੍ਰੋਲਾਈਨ-ਪ੍ਰੋਲਾਈਨ ਗਲੂਟਾਮੇਟ (PPE) ਪੈਰਾਲੌਗ ਨੂੰ ਨਹੀਂ ਹਟਾਇਆ ਗਿਆ ਸੀ।
ਡੀ ਨੋਵੋ ਅਸੈਂਬਲੀ ਦੀ ਗੁਣਵੱਤਾ ਦਾ ਮੁਲਾਂਕਣ QUAST ਪਾਈਪਲਾਈਨ (http://quast.sourceforge.net/quast.html) ਰਾਹੀਂ ਕੀਤਾ ਜਾਂਦਾ ਹੈ, ਜੋ ਕੰਟੀਗ ਅਤੇ M. bovis AF2122/97 ਸੰਦਰਭ ਜੀਨੋਮ (NCBI ਐਕਸੈਸ਼ਨ ਨੰਬਰ LT708304.1) ਮੈਪਿੰਗ (ਗੁਣਵੱਤਾ ਮਾਪਦੰਡਾਂ ਲਈ ਪੂਰਕ ਸਾਰਣੀ 1 ਵੇਖੋ) ਦੇ ਨਵੀਨੀਕਰਨ ਦੀ ਸਹੂਲਤ ਦਿੰਦਾ ਹੈ।
vSNP ਪਾਈਪਲਾਈਨ (https://github.com/USDA-VS/vSNP) ਦੀ ਮਦਦ ਨਾਲ, ਇਲੂਮਿਨਾ ਸੀਕੁਐਂਸਿੰਗ ਤੋਂ ਨਵੇਂ ਸੀਕੁਐਂਸ ਕੀਤੇ M. bovis ਦੀ FASTQ ਫਾਈਲ ਦੀ ਤੁਲਨਾ M. bovis AF2122/97 ਰੈਫਰੈਂਸ ਜੀਨੋਮ (LT708304.1)) ਨਾਲ ਕੀਤੀ ਜਾਂਦੀ ਹੈ। ਜੀਨੋਮ ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ ਟੂਲਕਿੱਟ (GATK) 53, 54, 55 ਦੀਆਂ ਸਭ ਤੋਂ ਵਧੀਆ ਅਭਿਆਸ ਸਿਫ਼ਾਰਸ਼ਾਂ ਦੇ ਅਨੁਸਾਰ ਰੀਕੈਲੀਬ੍ਰੇਸ਼ਨ ਲਈ ਸਟੈਂਡਰਡ ਫਿਲਟਰ ਪੈਰਾਮੀਟਰ ਜਾਂ ਵੇਰੀਐਂਟ ਮਾਸ ਸਕੋਰ ਲਾਗੂ ਕਰੋ। ਨਤੀਜੇ 150 ਅਤੇ AC = 2 ਦੇ ਸਭ ਤੋਂ ਘੱਟ SAMtools ਮਾਸ ਸਕੋਰ ਦੀ ਵਰਤੋਂ ਕਰਕੇ ਫਿਲਟਰ ਕੀਤੇ ਜਾਂਦੇ ਹਨ। ਗੰਦਗੀ ਨੂੰ ਰੱਦ ਕਰਨ ਲਈ ਰੀਡਿੰਗਾਂ ਦੀ ਜਾਂਚ ਕਰਨ ਲਈ Kraken (http://ccb.jhu.edu/software/kraken/) ਦੀ ਵੀ ਵਰਤੋਂ ਕਰੋ। ਸਾਡੇ ਕੰਮ ਵਿੱਚ ਸੀਕੁਐਂਸ ਰਣਨੀਤੀਆਂ ਨੂੰ ਮੈਪ ਕਰਨ ਲਈ ਵਰਤੀ ਜਾਣ ਵਾਲੀ vSNP ਪਾਈਪਲਾਈਨ ਪਰਿਭਾਸ਼ਿਤ SNPs ਅਤੇ ਟੀਚਿਆਂ ਦੀ ਇੱਕ ਲੜੀ ਦੀ ਜਾਂਚ ਕਰਦੀ ਹੈ, ਅਤੇ ਮਿਸ਼ਰਤ ਇਨਫੈਕਸ਼ਨ ਦ੍ਰਿਸ਼ਾਂ ਨੂੰ ਵੀ ਬਾਹਰ ਕੱਢਦੀ ਹੈ। ਰੀਡ ਜੀਨੋਮ ਕਵਰੇਜ 99% (ਪੂਰਕ ਸਾਰਣੀ 1) ਤੋਂ ਬਿਹਤਰ ਹੈ।
ਮੈਪਿੰਗ ਗਲਤੀਆਂ ਅਤੇ ਗਲਤ SNPs ਤੋਂ ਬਚਣ ਲਈ, ਹੇਠ ਲਿਖੇ ਮਾਮਲਿਆਂ ਵਿੱਚ ਇੱਕ ਵੇਰੀਐਂਟ ਨੂੰ ਫਿਲਟਰ ਕਰੋ: (1) ਇਹ 20 ਤੋਂ ਘੱਟ ਰੀਡਿੰਗਾਂ ਦੁਆਰਾ ਸਮਰਥਤ ਹੈ, (2) ਇਹ 0.9 ਤੋਂ ਘੱਟ ਦੀ ਬਾਰੰਬਾਰਤਾ ਨਾਲ ਪਾਇਆ ਜਾਂਦਾ ਹੈ, (3) ਇਹ ਘੱਟੋ ਘੱਟ ਇੱਕ ਸਟ੍ਰੇਨ ਵਿੱਚ ਹੈ, ਪਰ ਘੱਟੋ ਘੱਟ ਇੱਕ ਹੋਰ ਸਟ੍ਰੇਨ ਵਿੱਚ ਪਾੜੇ ਹਨ। ਏਕੀਕ੍ਰਿਤ ਜੀਨੋਮਿਕਸ ਵਿਊਅਰ (IGV) ਸੰਸਕਰਣ 2.4.19 (http://software.broadinstitute.org/software/igv/)56 ਦੀ ਵਰਤੋਂ ਮੈਪਿੰਗ ਜਾਂ ਅਲਾਈਨਮੈਂਟ ਸਮੱਸਿਆਵਾਂ ਵਾਲੇ SNPs ਅਤੇ ਸਥਿਤੀਆਂ ਦੀ ਦ੍ਰਿਸ਼ਟੀਗਤ ਤੌਰ 'ਤੇ ਪੁਸ਼ਟੀ ਕਰਨ ਲਈ ਕੀਤੀ ਗਈ ਸੀ। ਕਿਉਂਕਿ ਪ੍ਰੋਲਾਈਨ-ਗਲੂਟਾਮੇਟ (PE) ਅਤੇ ਪ੍ਰੋਲਾਈਨ-ਪ੍ਰੋਲਾਈਨ ਗਲੂਟਾਮੇਟ (PPE) ਜੀਨ ਬਹੁਤ ਜ਼ਿਆਦਾ ਡੁਪਲੀਕੇਟ ਹਨ ਅਤੇ ਇੱਕ ਮਲਟੀ-ਜੀਨ ਪਰਿਵਾਰ ਦਾ ਹਿੱਸਾ ਹਨ, ਇਸ ਲਈ ਉਹਨਾਂ ਨੂੰ ਇਲੂਮਿਨਾ ਸੀਕੁਐਂਸਿੰਗ ਅਤੇ ਮਿਸਮੈਪਿੰਗ ਦੁਆਰਾ ਆਸਾਨੀ ਨਾਲ ਗਲਤ ਸਮਝਿਆ ਜਾਂਦਾ ਹੈ, ਇਸ ਲਈ ਉਹਨਾਂ ਨੂੰ ਤਰਜੀਹ ਦਿੱਤੀ ਜਾਂਦੀ ਹੈ। ਮਾਈਕੋਬੈਕਟੀਰੀਅਲ ਬਾਇਓਇਨਫਾਰਮੈਟਿਕਸ ਵਰਕਫਲੋ ਨੇ SNPs ਦੀ ਪੁਸ਼ਟੀ ਕਰਨ ਲਈ ਮੈਪਿੰਗ ਟੂ ਸੀਕੁਐਂਸ ਦੀ ਰਣਨੀਤੀ ਦੀ ਵਰਤੋਂ ਕਰਦੇ ਸਮੇਂ ਟੀਬੀ ਕੰਪਲੈਕਸ ਦੇ ਮੈਂਬਰਾਂ ਨੂੰ ਹਟਾ ਦਿੱਤਾ। ਇਸ ਲਈ, ਅਸੀਂ ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ ਤੋਂ PE/PPE ਜੀਨਾਂ ਅਤੇ ਇੰਡੇਲਾਂ ਨੂੰ ਫਿਲਟਰ ਕੀਤਾ।
ਬੋਵਿਲਿਸਟ (http://genolist.pasteur.fr/BoviList/) ਦੇ ਅਨੁਸਾਰ, ਸਾਰੇ SNPs ਨੂੰ ਕਾਰਜਸ਼ੀਲ ਸ਼੍ਰੇਣੀਆਂ ਵਿੱਚ ਵੰਡਿਆ ਗਿਆ ਹੈ। SnpEff ਪਾਈਪਲਾਈਨ (https://pcingola.github.io/SnpEff/) ਦੀ ਵਰਤੋਂ SNP ਨਤੀਜਿਆਂ (ਸਮਾਨਾਰਥੀ ਜਾਂ ਗੈਰ-ਸਮਾਨਾਰਥੀ ਤਬਦੀਲੀਆਂ) ਦਾ ਅਨੁਮਾਨ ਲਗਾਉਣ ਲਈ ਕੀਤੀ ਜਾਂਦੀ ਹੈ। ਮਾਈਕੋਬੈਕਟੀਰੀਅਮ ਬੋਵਿਸ AF2122/97 ਜੀਨੋਮ (LT708304.1) ਦਾ ਇੱਕ ਨਵਾਂ ਡੇਟਾਬੇਸ ਬਣਾਇਆ ਗਿਆ।
ਕੋਰ ਜੀਨੋਮ ਮਲਟੀਪਲ ਅਲਾਈਨਮੈਂਟ Parsnp v1.2 ਦੀ ਵਰਤੋਂ ਕਰਕੇ ਕੀਤਾ ਗਿਆ ਸੀ, ਜੋ ਵਰਤਮਾਨ ਵਿੱਚ https://github.com/marbl/parsnp57 'ਤੇ ਉਪਲਬਧ ਹੈ, 69 ਸੰਪੂਰਨ ਜੀਨੋਮ/ਡਰਾਫਟ ਅਸੈਂਬਲੀਆਂ (ਵਿਕਲਪ -c ਦੇ ਨਾਲ) ਦੀ ਵਰਤੋਂ ਕਰਕੇ ਅਤੇ M. bovis AF2122/97 (LT708304.1) ਨੂੰ ਇੱਕ ਹਵਾਲੇ ਵਜੋਂ ਵਰਤਿਆ ਗਿਆ ਹੈ। ਚਾਰ ਕੋਰ ਮਲਟੀਪਲ ਅਲਾਈਨਮੈਂਟ ਕੀਤੇ ਗਏ ਸਨ: ਸਿਰਫ਼ Eu2 ਕਲੋਨਿੰਗ ਕੰਪਲੈਕਸ (n = 37) ਦੇ ਮੈਂਬਰ, ਯੂਰਪੀਅਨ ਕਲੋਨਿੰਗ ਕੰਪਲੈਕਸ (n = 44) ਦੇ ਸਾਰੇ ਮੈਂਬਰ, ਯੂਰਪੀਅਨ ਅਤੇ ਅਫਰੀਕੀ ਕਲੋਨਿੰਗ ਕੰਪਲੈਕਸ (n = 51) ਦੇ ਜੰਕਸ਼ਨ ਪੁਆਇੰਟ ਸਮੇਤ, ਅਤੇ ਇਸ ਅਧਿਐਨ ਵਿੱਚ ਸਾਰੇ ਮਾਈਕੋਬੈਕਟੀਰੀਅਮ ਬੋਵਿਸ ਸ਼ਾਮਲ ਹਨ (n = 70)।
Parsnp ਦੁਆਰਾ ਤਿਆਰ ਕੀਤੀ ਗਈ ਕੋਰ ਅਲਾਈਨਮੈਂਟ ਦੀ ਵਰਤੋਂ RAxML ਦੀ ਵਰਤੋਂ ਕਰਦੇ ਹੋਏ CIPRES ਸਾਇੰਸ ਗੇਟਵੇ v3.3 (http://www.phylo.org/)58 ਦੀ ਵਰਤੋਂ ਕਰਦੇ ਹੋਏ ਵੱਧ ਤੋਂ ਵੱਧ ਸੰਭਾਵਨਾ (ML) ਫਾਈਲੋਜੈਨੇਟਿਕ ਟ੍ਰੀ ਦਾ ਅਨੁਮਾਨ ਲਗਾਉਣ ਲਈ ਕੀਤੀ ਜਾਂਦੀ ਹੈ, ਅਤੇ 1000 ਗਾਈਡਡ ਪ੍ਰਤੀਕ੍ਰਿਤੀਆਂ ਕੀਤੀਆਂ ਜਾਂਦੀਆਂ ਹਨ।
ਤਿੰਨ ਵੱਖ-ਵੱਖ ਐਲਗੋਰਿਦਮ ਅਤੇ ਬਾਇਓਇਨਫਾਰਮੈਟਿਕਸ ਟੂਲਸ ਦੀ ਵਰਤੋਂ ਸਮਾਨਾਂਤਰ ਪੁਨਰ-ਸੰਯੋਜਨ ਘਟਨਾਵਾਂ ਦੀ ਮੌਜੂਦਗੀ ਦੀ ਜਾਂਚ ਕਰਨ ਲਈ ਕੀਤੀ ਜਾਂਦੀ ਹੈ: ਸਪਲਿਟਸ ਟ੍ਰੀ4 ਸਾਫਟਵੇਅਰ, ਗੁਬਿਨਸ (ਨਿਊਕਲੀਓਟਾਈਡ ਕ੍ਰਮਾਂ ਵਿੱਚ ਪੁਨਰ-ਸੰਯੋਜਨ ਦੁਆਰਾ ਨਿਰਪੱਖ ਵੰਸ਼) ਪਾਈਪਲਾਈਨ, ਅਤੇ ਆਰਡੀਪੀ4 (ਪੁਨਰ-ਸੰਯੋਜਨ ਖੋਜ ਪ੍ਰੋਗਰਾਮ, ਸੰਸਕਰਣ ਬੀਟਾ 4.101) ਸਾਫਟਵੇਅਰ।
SplitsTree4 v4.15.1 (http://www.splitstree.org/)59 ਵਿੱਚ ਲਾਗੂ ਕੀਤਾ ਗਿਆ ਸਪਲਿਟ ਡਿਕੰਪੋਜ਼ਨ ਵਿਧੀ ਰੂਟਲੈੱਸ ਫਾਈਲੋਜੈਨੇਟਿਕ ਨੈੱਟਵਰਕ ਦੀ ਗਣਨਾ ਕਰਨ ਲਈ ਵਰਤੀ ਜਾਂਦੀ ਹੈ, ਅੰਕੜਾ ਤਸਦੀਕ ਲਈ Phi ਟੈਸਟ ਦੀ ਵਰਤੋਂ ਕਰਦੇ ਹੋਏ, ਅਤੇ ਮਹੱਤਤਾ ਥ੍ਰੈਸ਼ਹੋਲਡ p = 0.05 ਹੈ। Parsnp ਦੇ ਕੋਰ ਮਲਟੀ-ਅਲਾਈਨਮੈਂਟ ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ ਨੂੰ ਇਨਪੁਟ ਵਜੋਂ ਵਰਤਿਆ ਜਾਂਦਾ ਹੈ, ਅਤੇ ਇੱਕ ਨੈੱਟਵਰਕ ਸਟੈਂਡਰਡ ਦੇ ਤੌਰ 'ਤੇ ਸਪਲਿਟਿੰਗ ਡਿਕੰਪੋਜ਼ਨ ਨੂੰ ਪ੍ਰਾਪਤ ਕੀਤਾ ਜਾਂਦਾ ਹੈ।
ਗੁਬਿਨਸ ਪਾਈਪਲਾਈਨ v2.3.1 (https://github.com/sanger-pathogens/gubbins60 ਮਾਈਕੋਬੈਕਟੀਰੀਅਮ ਬੋਵਿਸ 'ਤੇ ਪੁਨਰ-ਸੰਯੋਜਨ ਦੇ ਪ੍ਰਭਾਵ ਦਾ ਮੁਲਾਂਕਣ ਕਰਨ ਦੇ ਇੱਕ ਹੋਰ ਤਰੀਕੇ ਵਜੋਂ ਡਿਫਾਲਟ ਪੈਰਾਮੀਟਰਾਂ ਨਾਲ ਚੱਲਦੀ ਹੈ। ਪਾਈਪਲਾਈਨ ਵਿੱਚ ਲਾਗੂ ਕੀਤਾ ਗਿਆ ਐਲਗੋਰਿਦਮ ਸੰਬੰਧਿਤ ਕਲੋਨ ਵੰਸ਼ ਦਾ ਪੁਨਰਗਠਨ ਕਰਦਾ ਹੈ। ਸਾਡੇ ਡੇਟਾ ਸੈੱਟ ਦਾ ਪੂਰਾ ਜੀਨੋਮ/ਡਰਾਫਟ ਅਸੈਂਬਲੀ ਅਤੇ ਸੰਦਰਭ ਜੀਨੋਮ (ਬੋਵਾਈਨ ਬੋਵਿਡ AF2122/97, LT708304.1) ਆਪਸੀ ਹਨ; ਅਤੇ ਪੁਨਰ-ਸੰਯੋਜਨ ਘਟਨਾ ਨੂੰ ਦਰਸਾਉਂਦੇ SNP ਕਲੱਸਟਰ ਦਾ ਪਤਾ ਲਗਾਉਣ ਲਈ ਰੁੱਖ ਦੀ ਹਰੇਕ ਸ਼ਾਖਾ 'ਤੇ SNP ਦੀ ਸਥਿਤੀ ਨੂੰ ਸਕੈਨ ਕਰੋ। ਸ਼ਾਖਾ ਦਾ ਜ਼ੀਰੋ ਮੰਨ ਲਓ ਕਿ ਕੋਈ ਪੁਨਰ-ਸੰਯੋਜਨ ਘਟਨਾ ਨਹੀਂ ਹੈ, ਜਿਸਦਾ ਮਤਲਬ ਹੈ ਕਿ ਸ਼ਾਖਾ 'ਤੇ ਹੋਣ ਵਾਲੇ SNPs ਨੂੰ ਬਰਾਬਰ ਵੰਡਿਆ ਜਾਣਾ ਚਾਹੀਦਾ ਹੈ। Parsnp ਤੋਂ ਕੋਰ ਮਲਟੀਪਲ ਅਲਾਈਨਮੈਂਟ ਅਤੇ RAxML ਤੋਂ ਸਭ ਤੋਂ ਵਧੀਆ ਸਕੋਰ ਕੀਤੇ ML ਟ੍ਰੀ ਨੂੰ ਇਨਪੁਟ ਫਾਈਲਾਂ ਵਜੋਂ ਵਰਤਿਆ ਜਾਂਦਾ ਹੈ।
ਅੰਤ ਵਿੱਚ, Gubbins ਪਾਈਪਲਾਈਨ ਦੁਆਰਾ ਸੁਝਾਏ ਗਏ ਪੁਨਰਗਠਨ ਘਟਨਾ ਦੀ ਪੁਸ਼ਟੀ ਕਰਨ ਲਈ, RDP467 (RDP61, GENECONV62, Bootscan63, Maxchi64, Chimaera65 ਅਤੇ SiScan66) ਵਿੱਚ ਲਾਗੂ ਕੀਤੇ ਗਏ ਛੇ ਐਲਗੋਰਿਦਮ ਡਿਫਾਲਟ ਸੈਟਿੰਗਾਂ ਦੇ ਅਧੀਨ Parsnp ਦੇ ਕੋਰ ਮਲਟੀਪਲ ਅਲਾਈਨਮੈਂਟ ਤੇ ਲਾਗੂ ਕੀਤੇ ਜਾਂਦੇ ਹਨ। ਅਸੀਂ ਇਹ ਨਿਰਧਾਰਤ ਕੀਤਾ ਹੈ ਕਿ RDP4 ਵਿੱਚ ਲਾਗੂ ਕੀਤੇ ਗਏ ਘੱਟੋ ਘੱਟ ਤਿੰਨ ਐਲਗੋਰਿਦਮਾਂ ਨੂੰ ਹਰੇਕ ਪੁਨਰ-ਸੰਯੋਜਨ ਘਟਨਾ ਦੀ ਪੁਸ਼ਟੀ ਕਰਨ ਲਈ ਇੱਕ ਮਹੱਤਵਪੂਰਨ ਸੰਕੇਤ ਦਾ ਨਿਰੰਤਰ ਪ੍ਰਦਰਸ਼ਨ ਕਰਨਾ ਚਾਹੀਦਾ ਹੈ।
ਇਹ ਧਿਆਨ ਵਿੱਚ ਰੱਖਦੇ ਹੋਏ ਕਿ ਗੁਬਿਨਸ ਅਤੇ ਆਰਡੀਪੀ ਸਾਫਟਵੇਅਰ ਦੋਵੇਂ 500 ਬੀਪੀ ਤੱਕ ਦੀ ਵਿੰਡੋ ਵਿੱਚ ਕੋਰ ਮਲਟੀਪਲ ਅਲਾਈਨਮੈਂਟਾਂ ਦੀ ਜਾਂਚ ਕਰਕੇ ਰੀਕੰਬੀਨੇਸ਼ਨ ਸਿਗਨਲਾਂ ਦੀ ਭਾਲ ਕਰਦੇ ਹਨ, ਅਤੇ ਇਹ ਪੁਸ਼ਟੀ ਕਰਦੇ ਹਨ ਕਿ ਡੀ ਨੋਵੋ ਅਸੈਂਬਲੀ ਦੌਰਾਨ ਪੀਈ/ਪੀਪੀਈ ਜੀਨਾਂ ਦਾ ਸ਼ਾਮਲ ਹੋਣਾ ਪਾਏ ਗਏ ਰੀਕੰਬੀਨੇਸ਼ਨ ਸਿਗਨਲਾਂ ਵਿੱਚ ਵਿਘਨ ਨਹੀਂ ਪਾਵੇਗਾ, ਹੋਰ ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ ਹੋਮੋਲਾਈਨਰਿਟੀ ਦੁਆਰਾ ਕੀਤਾ ਜਾਂਦਾ ਹੈ। ਰੀਕੰਬੀਨੇਸ਼ਨ ਘਟਨਾ ਦੀ ਪਛਾਣ ਕਰਨ ਵਾਲੇ ਜੀਨ ਦੇ ਨੇੜੇ ਦੀ ਜਾਂਚ ਕਰੋ। ਪੂਰੇ ਜੀਨੋਮ ਦੀ ਵਰਤੋਂ ਕਰਨ ਵਾਲਾ ਸਿੰਲੀਨੀਅਰ ਨਕਸ਼ਾ ਸਥਾਨਕ ਜੀਨੋਮ ਟ੍ਰਾਂਸਲੋਕੇਸ਼ਨ ਜਾਂ ਇਨਵਰਸ਼ਨਾਂ ਨੂੰ ਬਾਹਰ ਕੱਢਣ ਲਈ MAUVE-ਮਲਟੀ-ਜੀਨੋਮ ਅਲਾਈਨਮੈਂਟ (http://darlinglab.org/mauve/mauve.html) ਦੀ ਵਰਤੋਂ ਕਰਕੇ ਬਣਾਇਆ ਗਿਆ ਸੀ। ਇਸ ਤੋਂ ਇਲਾਵਾ, ਪੂਰੇ ਜੀਨੋਮ ਦੀ ਵਰਤੋਂ ਸਿੰਟਟੈਕ ਵੈੱਬ ਸਰਵਰ (https://archaea.i2bc.paris-saclay.fr/SyntTax/) ਰਾਹੀਂ ਅਮੀਨੋ ਐਸਿਡ ਕ੍ਰਮ 'ਤੇ ਹੋਮੋਲਾਈਨਰਿਟੀ ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ ਕਰਨ ਲਈ ਕੀਤੀ ਗਈ ਸੀ।
ਪੁਰਤਗਾਲੀ ਮਲਟੀ-ਹੋਸਟ ਟਿਊਬਰਕਿਊਲੋਸਿਸ ਸਿਸਟਮ ਤੋਂ ਪ੍ਰਾਪਤ ਜੀਨੋਮ ਡੇਟਾ ਸੈੱਟ ਦਾ ਵਧੇਰੇ ਡੂੰਘਾਈ ਨਾਲ ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ ਸਾਹਿਤ ਵਿੱਚ ਦੱਸੇ ਗਏ ਜੀਨਾਂ ਦੇ ਪੋਲੀਮੋਰਫਿਜ਼ਮ ਦੀ ਜਾਂਚ ਕਰਨ ਲਈ ਹੈ। ਇਹ ਜੀਨ 37,38 ਹਨ ਅਤੇ MTBC ਪੂਰਵਜਾਂ ਦੁਆਰਾ HGT (DNA ਮੁਰੰਮਤ, ਪ੍ਰਤੀਕ੍ਰਿਤੀ ਅਤੇ ਪੁਨਰ-ਸੰਯੋਜਨ) ਸਿਸਟਮ ਭਾਗ 39 ਰਾਹੀਂ ਪ੍ਰਾਪਤ ਕੀਤੇ ਗਏ ਜੀਨ ਨੂੰ ਏਨਕੋਡਿੰਗ 3R ਹਨ। ਜੀਨ ਵਿਭਿੰਨਤਾ ਅਤੇ ਨਿਊਕਲੀਓਟਾਈਡ ਵਿਭਿੰਨਤਾ (π) ਅਤੇ ਤਾਜੀਮਾ ਦੇ D ਨਿਊਟਰਲ ਟੈਸਟ ਪੈਰਾਮੀਟਰ ਇਨਪੁਟ ਦੀ ਗਣਨਾ ਕਰਨ ਲਈ ClustalX v2.1 (http://www.clustal.org/clustal2/) ਦੀ ਵਰਤੋਂ ਕਰੋ ਅਤੇ DnaSP v6.12.03 (http://www.ub.edu/dnasp/) ਦੀ ਵਰਤੋਂ ਕਰੋ।
69 ਮਾਈਕੋਪਲਾਜ਼ਮਾ ਬੋਵਿਸ ਆਈਸੋਲੇਟਸ ਅਤੇ ਰੈਫਰੈਂਸ ਜੀਨੋਮ 'ਤੇ ਆਧਾਰਿਤ ਇੱਕ ਵੱਧ ਤੋਂ ਵੱਧ ਸੰਭਾਵਨਾ (ML) ਫਾਈਲੋਜੈਨੇਟਿਕ ਟ੍ਰੀ ਪ੍ਰਾਪਤ ਕੀਤੀ ਗਈ ਸੀ (ਚਿੱਤਰ 2A)। ਸਿੰਗਲ-ਜੀਨ-ਅਧਾਰਿਤ ਟ੍ਰੀ ਜਾਂ ਮਲਟੀ-ਲੋਕਸ-ਅਧਾਰਿਤ ਟ੍ਰੀ ਦੇ ਮੁਕਾਬਲੇ, ਇਹ ਰਣਨੀਤੀ ਵਧੇਰੇ ਸ਼ਕਤੀਸ਼ਾਲੀ ਟ੍ਰੀ ਪੈਦਾ ਕਰਨ ਦੀ ਆਗਿਆ ਦਿੰਦੀ ਹੈ ਜੋ ਪੂਰੇ ਜੀਨੋਮ ਦੀ ਪਰਿਵਰਤਨਸ਼ੀਲਤਾ ਨੂੰ ਕੈਪਚਰ ਨਹੀਂ ਕਰਦੇ ਅਤੇ ਇਸ ਲਈ 68,69 ਪ੍ਰਜਾਤੀਆਂ ਵਿਚਕਾਰ ਵਿਤਕਰਾ ਕਰਨ ਦੀ ਘੱਟ ਯੋਗਤਾ ਪ੍ਰਦਰਸ਼ਿਤ ਕਰਦੇ ਹਨ। ML ਟ੍ਰੀ ਦੀ ਟੌਪੋਲੋਜੀਕਲ ਬਣਤਰ ਆਮ ਤੌਰ 'ਤੇ ਕਲੋਨਾਂ ਦੇ ਗੁੰਝਲਦਾਰ ਵਰਗੀਕਰਨ ਦੇ ਅਨੁਕੂਲ ਹੁੰਦੀ ਹੈ। Eu2 ਦਾ ਜੀਨੋਮ ਇੱਕ ਸ਼ਾਖਾ ਵਿੱਚ ਕਲੱਸਟਰ ਹੁੰਦਾ ਹੈ, ਅਤੇ Af1 ਦਾ ਜੀਨੋਮ ਵੀ ਇਕੱਠੇ ਕਲੱਸਟਰ ਹੁੰਦਾ ਹੈ (ਚਿੱਤਰ 2A)। ਨਤੀਜਾ ਮਾਈਕੋਬੈਕਟੀਰੀਅਮ ਬੋਵਿਸ ਦੇ ਜਾਣੇ-ਪਛਾਣੇ ਵਿਕਾਸਵਾਦੀ ਸਬੰਧਾਂ ਦੇ ਨਾਲ ਵੀ ਇਕਸਾਰ ਹੁੰਦਾ ਹੈ, ਯਾਨੀ ਕਿ, Eu1 ਮੈਂਬਰ ਅਤੇ ਹੋਰ ਸਾਰੇ ਕਲੋਨਲ ਕੰਪਲੈਕਸਾਂ ਅਤੇ ਜੀਨੋਮ ਵਾਲੇ ਸਮੂਹ ਵਿੱਚ ਇੱਕ ਵੱਡਾ ਅੰਤਰ ਹੈ, ਪਰ ਕਲੋਨਲ ਕੰਪਲੈਕਸ 30 ਨਿਰਧਾਰਤ ਨਹੀਂ ਕੀਤਾ ਗਿਆ ਹੈ। ਕਲੋਨਲ ਕੰਪਲੈਕਸ ਅਤੇ ਫਾਈਲੋਜੈਨੇਟਿਕ ਟ੍ਰੀ 'ਤੇ ਦੇਖੇ ਗਏ ਸਬੰਧਾਂ ਵਿਚਕਾਰ ਛੋਟੀ ਜਿਹੀ ਅਸੰਗਤਤਾ ਨੂੰ ਇਸ ਤੱਥ ਦੁਆਰਾ ਸਮਝਾਇਆ ਜਾ ਸਕਦਾ ਹੈ ਕਿ ਕਲੋਨਲ ਕੰਪਲੈਕਸ ਨੂੰ ਖਾਸ ਜੀਨੋਮਿਕ ਖੇਤਰਾਂ ਦੇ ਅਧਾਰ ਤੇ ਦਰਸਾਇਆ ਗਿਆ ਹੈ, ਜਦੋਂ ਕਿ ਫਾਈਲੋਜੈਨੇਟਿਕ ਟ੍ਰੀ ਪੂਰੇ ਜੀਨੋਮ ਨੂੰ ਦਰਸਾਉਂਦੇ ਕੋਰ ਜੀਨੋਮ ਦੇ ਕਈ ਅਲਾਈਨਮੈਂਟਾਂ 'ਤੇ ਅਧਾਰਤ ਹੈ।
ਵੱਧ ਤੋਂ ਵੱਧ ਸੰਭਾਵਨਾ ਫਾਈਲੋਜੈਨੇਟਿਕ ਟ੍ਰੀ (GTR) ਮਾਈਕੋਬੈਕਟੀਰੀਅਮ ਬੋਵਿਸ ਜੀਨੋਮ ਦੇ ਕੋਰ ਜੀਨੋਮ ਅਲਾਈਨਮੈਂਟ ਦੇ ਆਧਾਰ 'ਤੇ ਬਣਾਈ ਗਈ ਹੈ ਜੋ (A) ਤੋਂ ਪਹਿਲਾਂ ਅਤੇ (B) ਰੀਕੰਬੀਨੇਸ਼ਨ ਸਾਈਟ ਨੂੰ ਹਟਾਉਣ ਤੋਂ ਬਾਅਦ ਹੈ। ਸ਼ਾਖਾ ਦੇ ਰੰਗ ਮਾਈਕੋਬੈਕਟੀਰੀਅਮ ਬੋਵਿਸ ਕਲੋਨ ਕੰਪਲੈਕਸ ਨੂੰ ਦਰਸਾਉਂਦੇ ਹਨ: ਯੂਰਪ 1 ਜਾਮਨੀ ਹੈ, ਯੂਰਪ 2 ਲਾਲ ਹੈ, ਯੂਰਪ 3 ਨੀਲਾ ਹੈ, ਅਫਰੀਕਾ 1 ਸੰਤਰੀ ਹੈ, ਅਤੇ ਅਫਰੀਕਾ 2 ਹਰਾ ਹੈ। ਰੁੱਖ ਨੂੰ ਜੜ੍ਹਾਂ ਨਾਲ ਜੜ੍ਹਿਆ ਹੋਇਆ ਹੈ ਅਤੇ ਪੈਮਾਨੇ 'ਤੇ ਖਿੱਚਿਆ ਗਿਆ ਹੈ, ਅਤੇ ਸ਼ਾਖਾ ਦੀ ਲੰਬਾਈ ਹਰੇਕ ਸਾਈਟ ਲਈ ਬਦਲ ਵਜੋਂ ਮਾਪੀ ਜਾਂਦੀ ਹੈ।
ਮਾਈਕੋਬੈਕਟੀਰੀਅਮ ਟਿਊਬਰਕਿਊਲੋਸਿਸ ਕੰਪਲੈਕਸ ਨੂੰ ਕਲੋਨਲੀ ਤੌਰ 'ਤੇ ਵਿਕਸਤ ਦੱਸਿਆ ਗਿਆ ਹੈ, ਅਤੇ ਸਾਲਾਂ ਦੌਰਾਨ ਇਕੱਠੇ ਕੀਤੇ ਗਏ ਜ਼ਿਆਦਾਤਰ ਸਬੂਤ ਇਸ ਵਿਚਾਰ ਦਾ ਸਮਰਥਨ ਕਰਦੇ ਹਨ ਕਿ ਚੱਲ ਰਹੇ HGT ਅਤੇ ਪੁਨਰ-ਸੰਯੋਜਨ ਘਟਨਾਵਾਂ MTBC15,17,18 ਦੇ ਖੋਜਣਯੋਗ ਪੱਧਰ 'ਤੇ ਨਹੀਂ ਹੋਣਗੀਆਂ।
ਪਿਛਲੇ ਕੰਮ ਨੇ ਦਿਖਾਇਆ ਹੈ ਕਿ MTBC ਸਟ੍ਰੇਨ 20,21 ਵਿਚਕਾਰ ਸੀਮਤ ਪੁਨਰ-ਸੰਯੋਜਨ ਹੋ ਸਕਦਾ ਹੈ, ਜਦੋਂ ਕਿ ਦੂਸਰੇ ਮਾਪਣਯੋਗ ਪੁਨਰ-ਸੰਯੋਜਨ ਘਟਨਾਵਾਂ ਦੀ ਪਛਾਣ ਕਰਨ ਵਿੱਚ ਅਸਫਲ ਰਹੇ ਹਨ 70,71। ਮਾਈਕੋਬੈਕਟੀਰੀਅਮ ਬੋਵਿਸ 'ਤੇ ਧਿਆਨ ਕੇਂਦ੍ਰਤ ਕਰਕੇ ਇਸ ਮੁੱਦੇ 'ਤੇ ਦੁਬਾਰਾ ਚਰਚਾ ਕਰੋ, ਜੋ ਕਿ ਪਿਛਲੇ ਕੰਮ ਤੋਂ ਵੱਖਰਾ ਹੈ ਜਿਸਨੇ ਸਿਰਫ ਮਾਈਕੋਬੈਕਟੀਰੀਅਮ ਟਿਊਬਰਕਲੋਸਿਸ 70,71 ਨੂੰ ਮੰਨਿਆ ਸੀ; ਜਾਂ MTBC ਨੂੰ ਸਮੁੱਚੇ ਤੌਰ 'ਤੇ ਵਿਚਾਰ ਕਰੋ, ਲਗਭਗ ਕੋਈ M. ਬੋਵਿਸ 20 ਨੂੰ ਦਰਸਾਉਂਦਾ ਨਹੀਂ ਹੈ; ਜਾਂ ਸਿਰਫ ਪ੍ਰਤਿਬੰਧਿਤ ਪਸ਼ੂ ਅੰਸ਼ਾਂ 'ਤੇ ਵਿਚਾਰ ਕਰੋ। ਮਾਈਕੋਬੈਕਟੀਰੀਆ ਡੇਟਾਸੈਟ, ਇਸ ਕੰਮ ਵਿੱਚ, ਕੁੱਲ 70 ਸਟ੍ਰੇਨ ਹਨ, ਜੋ ਸਾਰੇ ਕਲੋਨਲ ਕੰਪਲੈਕਸਾਂ ਨੂੰ ਦਰਸਾਉਂਦੇ ਹਨ, ਜੋ ਪੁਨਰ-ਸੰਯੋਜਨ ਲਈ ਸਕ੍ਰੀਨ ਕਰਨ ਲਈ ਵਰਤੇ ਜਾਂਦੇ ਹਨ। ਡੇਟਾ ਸੈੱਟ ਨੂੰ ਚਾਰ ਸੰਚਤ ਪੱਧਰਾਂ ਦੇ ਅਨੁਸਾਰ ਸਕੇਲ ਕੀਤਾ ਗਿਆ ਹੈ: (1) Eu2 ਮੈਂਬਰ, (2) ਸਾਰੇ ਯੂਰਪੀਅਨ ਕਲੋਨ ਕੰਪਲੈਕਸ ਮੈਂਬਰ (ਭਾਵ ਯੂਰਪ), (3) ਯੂਰਪੀਅਨ ਅਤੇ ਅਫਰੀਕੀ ਕਲੋਨ ਕੰਪਲੈਕਸ (Eu + Af) ਅਤੇ (4) ਪੂਰੇ ਡੇਟਾ ਸੰਗ੍ਰਹਿ (ਜੀਨੋਮ ਸਮੇਤ ਜੋ ਪਹਿਲਾਂ ਦੱਸੇ ਗਏ ਕਿਸੇ ਵੀ ਕਲੋਨਿੰਗ ਕੰਪਲੈਕਸ ਵਿੱਚ ਸ਼ਾਮਲ ਨਹੀਂ ਹਨ)।
ਇਸ ਪਰਿਕਲਪਨਾ ਦਾ ਹੋਰ ਅਧਿਐਨ ਕਰਨ ਲਈ, ਜੀਨੋਮ ਵਿਚਕਾਰ ਪੁਨਰ-ਸੰਯੋਜਨ ਘਟਨਾਵਾਂ ਦੀ ਅਣਹੋਂਦ ਦਾ ਮੁਲਾਂਕਣ ਕਰਨ ਲਈ ਇੱਕ ਸਪਲਿਟ-ਡਿਕੰਪੋਜ਼ੀਸ਼ਨ ਨੈੱਟਵਰਕ ਕੀਤਾ ਗਿਆ ਸੀ, ਕਿਉਂਕਿ ਇਹ ਵਿਧੀ ਵਿਅਕਤੀਆਂ ਵਿਚਕਾਰ ਪੁਰਖਿਆਂ ਦੇ ਸਬੰਧਾਂ ਦੀ ਕਲਪਨਾ ਕਰ ਸਕਦੀ ਹੈ ਅਤੇ ਵਿਰੋਧੀ ਫਾਈਲੋਜੈਨੇਟਿਕ ਸਿਗਨਲਾਂ ਨੂੰ ਪ੍ਰਦਰਸ਼ਿਤ ਕਰ ਸਕਦੀ ਹੈ। ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ ਵਿੱਚ ਸਾਰੇ ਚਾਰ ਡੇਟਾ ਸੈੱਟਾਂ ਨੇ ਨੈੱਟਵਰਕ ਵਿੱਚ ਲੂਪਾਂ ਦੀ ਮੌਜੂਦਗੀ ਦੀ ਪੁਸ਼ਟੀ ਕੀਤੀ (ਅਰਥਾਤ, ਉਹ ਖੇਤਰ ਜੋ ਇੱਕ ਰੁੱਖ ਵਿੱਚ ਇਕੱਠੇ ਨਹੀਂ ਹੁੰਦੇ), ਪਰ ਫਾਈ ਟੈਸਟ ਦਾ ਕੋਈ ਅੰਕੜਾ ਸਮਰਥਨ ਨਹੀਂ ਹੈ (Eu2, p = 0.0956; ਯੂਰਪ, p = 0.1637; Eu + Af p = 0.2774; ਪੂਰਾ ਡੇਟਾ ਸੈੱਟ p = 0.2451), ਜੋ ਪੁਨਰਗਠਨ ਘਟਨਾਵਾਂ ਦੀ ਮੌਜੂਦਗੀ ਲਈ ਮਾੜੇ ਸਬੂਤ ਪ੍ਰਦਾਨ ਕਰਦਾ ਹੈ (ਚਿੱਤਰ 3A-D)।
ਯੂਰਪ ਵਿੱਚ 2 ਜੀਨੋਮ (n = 37) (A), ਯੂਰਪੀਅਨ ਜੀਨੋਮ (n = 44) (B), ਯੂਰਪੀਅਨ ਅਤੇ ਅਫਰੀਕੀ ਜੀਨੋਮ (n = 51) (C) ਅਤੇ ਪੂਰਾ ਡੇਟਾ ਸੈੱਟ (n = 70) (D)।
ਇਸ ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ ਤੋਂ ਬਾਅਦ, ਅਤੇ ਸਾਰੇ ਨੈੱਟਵਰਕਾਂ ਵਿੱਚ ਚੱਕਰੀ ਨਿਰੀਖਣਾਂ ਨੂੰ ਧਿਆਨ ਵਿੱਚ ਰੱਖਦੇ ਹੋਏ, ਗੁਬਿਨਸ ਪਾਈਪਲਾਈਨ ਵਿੱਚ ਲਾਗੂ ਕੀਤੇ ਗਏ ਪੁਨਰ ਨਿਰਮਾਣ ਐਲਗੋਰਿਦਮ ਨੂੰ ਕਲੋਨਲ ਵੰਸ਼ ਨੂੰ ਪੁਨਰਗਠਿਤ ਕਰਨ ਅਤੇ ਐਮ. ਬੋਵਿਸ ਜੀਨੋਮ 'ਤੇ ਪੁਨਰ-ਸੰਯੋਜਨ ਦੇ ਪ੍ਰਭਾਵ ਦੇ ਅਨੁਮਾਨ ਨੂੰ ਪੂਰਕ ਕਰਨ ਲਈ ਲਾਗੂ ਕੀਤਾ ਗਿਆ ਸੀ। ਪੁਨਰ-ਸੰਯੋਜਨ ਘਟਨਾਵਾਂ ਦੀ ਸੰਚਤ ਸੰਖਿਆ ਦਾ ਅਨੁਮਾਨ ਲਗਾਓ, ਜਿਨ੍ਹਾਂ ਵਿੱਚੋਂ ਜ਼ਿਆਦਾਤਰ ਟਰਮੀਨਲ ਸ਼ਾਖਾਵਾਂ (ਭਾਵ, ਇੱਕ ਸਿੰਗਲ ਜੀਨੋਮ ਵਿੱਚ) ਵਿੱਚ ਵਾਪਰੀਆਂ (ਸਾਰਣੀ 2)। ਇਹ ਸੂਚਕ ਪੂਰੇ ਡੇਟਾ ਸੈੱਟ ਦੀ ਇਕਸਾਰਤਾ ਨੂੰ ਦਰਸਾਉਂਦੇ ਹਨ ਅਤੇ ਦਰਸਾਉਂਦੇ ਹਨ ਕਿ ਪੁਨਰ-ਸੰਯੋਜਨ ਘਟਨਾਵਾਂ ਦੀ ਬਾਰੰਬਾਰਤਾ ਪਰਿਵਰਤਨ ਨਾਲੋਂ 200 ਤੋਂ 300 ਗੁਣਾ ਹੈ। ਇੱਕ ਵਾਰ ਜਦੋਂ ਸ਼ਾਖਾ 'ਤੇ ਪੁਨਰ-ਸੰਯੋਜਨ ਅਤੇ ਬਿੰਦੂ ਪਰਿਵਰਤਨ ਦੀਆਂ ਸਾਪੇਖਿਕ ਦਰਾਂ ਨੂੰ ਦਰਸਾਉਂਦਾ rho/theta ਪੈਰਾਮੀਟਰ 0.0037 ਅਤੇ 0.0056 (ਸਾਰਣੀ 3) ਦੇ ਵਿਚਕਾਰ ਜਾਪਦਾ ਹੈ। ਹਾਲ ਹੀ ਵਿੱਚ, 38 ਐਮ. ਬੋਵਿਸ ਸਟ੍ਰੇਨ ਦੇ ਪ੍ਰਕਾਸ਼ਿਤ ਕੰਮ ਨੇ ਇਸ ਡੇਟਾਸੈਟ ਵਿੱਚ ਪ੍ਰਾਪਤ ਕੀਤੇ ਗਏ ਮੁੱਲ ਨਾਲੋਂ ਉੱਚ rho/theta ਮੁੱਲ (rho/theta = 0.1) ਦਾ ਪ੍ਰਦਰਸ਼ਨ ਕੀਤਾ, ਪਰ ਪੈਟਾਨੇ ਅਤੇ ਸਹਿਯੋਗੀਆਂ ਦੇ ਕੰਮ ਨੇ ਪੁਨਰ-ਸੰਯੋਜਨ ਪੈਰਾਮੀਟਰਾਂ ਦਾ ਅਨੁਮਾਨ ਲਗਾਉਣ ਲਈ ਸੰਦਰਭ-ਅਧਾਰਤ ਅਸੈਂਬਲੀ ਦੀ ਵਰਤੋਂ ਕੀਤੀ, ਅਸੈਂਬਲੀ ਪ੍ਰਕਿਰਿਆ ਦੇ ਕਾਰਨ, ਇੱਕ ਪ੍ਰਕਿਰਿਆਤਮਕ ਵੇਰਵਾ, ਟਰਮੀਨਲ ਸ਼ਾਖਾ ਵਿੱਚ ਪੁਟੇਟਿਵ ਪੁਨਰ-ਸੰਯੋਜਨ ਘਟਨਾਵਾਂ ਦੀ ਭਰਪੂਰਤਾ ਨਾਲ ਜੁੜਿਆ ਹੋਇਆ ਹੈ।
ਅੱਗੇ, r/m ਪੈਰਾਮੀਟਰ ਪੁਨਰ-ਸੰਯੋਜਨ ਅਤੇ ਪਰਿਵਰਤਨ ਜਾਣ-ਪਛਾਣ ਦੇ ਵਿਭਿੰਨਤਾ ਅਨੁਪਾਤ ਨੂੰ ਦਰਸਾਉਂਦਾ ਹੈ, ਅਤੇ ਇਸਦਾ ਔਸਤ ਮੁੱਲ 0.025 ਅਤੇ 0.037 ਦੇ ਵਿਚਕਾਰ ਹੈ, ਜੋ ਦਰਸਾਉਂਦਾ ਹੈ ਕਿ ਪਰਿਵਰਤਨ ਦੇ ਮੁਕਾਬਲੇ, ਪੁਨਰ-ਸੰਯੋਜਨ ਦਾ M. bovis (ਸਾਰਣੀ 3)) ਦੀ ਜੈਨੇਟਿਕ ਵਿਭਿੰਨਤਾ 'ਤੇ ਘੱਟ ਸਮੁੱਚਾ ਪ੍ਰਭਾਵ ਪੈਂਦਾ ਹੈ। ਵਿਆਪਕ ਤੁਲਨਾ ਲਈ, 23 ਜੀਨੋਮ ਤੋਂ ਬਣੇ MTBC ਡੇਟਾਸੈਟ ਲਈ r/m ਪੈਰਾਮੀਟਰ ਦਾ ਅੰਦਾਜ਼ਾ ਲਗਾਉਣ ਲਈ ਇੱਕ ਸਮਾਨ ਤਰੀਕਾ ਵਰਤਿਆ ਗਿਆ ਸੀ, ਜੋ ਕਿ 0.48620 ਦਾ ਔਸਤ ਮੁੱਲ ਦਰਸਾਉਂਦਾ ਹੈ, ਜਦੋਂ ਕਿ Patané ਅਤੇ ਸਹਿਯੋਗੀਆਂ ਦੇ 38 M. bovis ਡੇਟਾਸੈਟ ਲਈ, ਇਹ ਸਾਬਤ ਹੋਇਆ ਕਿ ਔਸਤ ਮੁੱਲ 0.98 ਹੈ। ਪਹਿਲੇ ਅਧਿਐਨ ਵਿੱਚ, M. bovis (M. bovis BCG ਅਤੇ ਸੰਦਰਭ ਤਣਾਅ) ਦੇ ਕੰਮ ਵਿੱਚ ਸ਼ਾਮਲ 23 ਜੀਨੋਮ ਵਿੱਚੋਂ ਸਿਰਫ਼ ਦੋ, ਇਸ ਲਈ ਪ੍ਰਾਪਤ ਮੁੱਲ M. tuberculosis ਜੀਨੋਮ ਦੇ ਓਵਰਐਕਸਪ੍ਰੈਸ਼ਨ ਕਾਰਨ ਪੱਖਪਾਤੀ ਹੋ ਸਕਦਾ ਹੈ। ਦੂਜੀ ਰਿਪੋਰਟ ਵਿੱਚ, ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ ਕੀਤੀ ਮਾਈਕੋਬੈਕਟੀਰੀਅਮ ਬੋਵਿਸ ਆਬਾਦੀ ਮੁੱਖ ਤੌਰ 'ਤੇ ਸੰਯੁਕਤ ਰਾਜ ਅਮਰੀਕਾ ਅਤੇ ਪਸ਼ੂਆਂ ਦੇ ਮੇਜ਼ਬਾਨਾਂ ਤੋਂ ਪ੍ਰਾਪਤ ਕੀਤੀ ਗਈ ਸੀ। ਇਸਦੇ ਉਲਟ, ਸਾਡੇ ਡੇਟਾ ਸੈੱਟ ਵਿੱਚ, ਵਧੇਰੇ ਭੂਗੋਲਿਕ ਸਥਾਨਾਂ ਅਤੇ ਮੇਜ਼ਬਾਨ ਪ੍ਰਜਾਤੀਆਂ ਨੂੰ ਦਰਸਾਇਆ ਗਿਆ ਹੈ, ਅਤੇ ਵੱਖ-ਵੱਖ ਆਬਾਦੀ ਜੈਨੇਟਿਕ ਵਿਸ਼ੇਸ਼ਤਾਵਾਂ ਵਾਲੇ ਵੱਖ-ਵੱਖ ਕਲੋਨਲ ਕੰਪਲੈਕਸਾਂ ਵਿੱਚ ਸਮੂਹਬੱਧ ਜੀਨੋਮ ਵੀ ਵਰਤੇ ਗਏ ਹਨ, ਇਸ ਤਰ੍ਹਾਂ ਇੱਕ ਡੂੰਘਾ ਅਤੇ ਵਿਆਪਕ ਆਬਾਦੀ ਗਿਆਨ ਪ੍ਰਾਪਤ ਕੀਤਾ ਜਾਂਦਾ ਹੈ। ਸਾਡੇ ਡੇਟਾ ਸੈੱਟ ਨਾਲ ਪ੍ਰਾਪਤ ਅੰਤਰ r/m ਔਸਤ ਮੁੱਲ ਇਸ ਧਾਰਨਾ ਨਾਲ ਮੇਲ ਖਾਂਦਾ ਹੈ ਕਿ ਪੁਨਰ-ਸੰਯੋਜਨ ਦੀ ਡਿਗਰੀ ਇੱਕੋ ਵਰਗੀਕਰਨ ਪ੍ਰਜਾਤੀਆਂ ਨੂੰ ਨਿਰਧਾਰਤ ਵੰਸ਼ਾਂ ਵਿਚਕਾਰ ਬਹੁਤ ਵੱਖਰੀ ਹੁੰਦੀ ਹੈ, ਇਸ ਲਈ ਇਹ ਨਤੀਜੇ ਦਰਸਾਉਂਦੇ ਹਨ ਕਿ M. bovis ਕਲੋਨ ਕੰਪਲੈਕਸ ਪੁਨਰ-ਸੰਯੋਜਨ ਅੰਤਰ ਪ੍ਰਦਰਸ਼ਿਤ ਕਰ ਸਕਦਾ ਹੈ। ਪ੍ਰਭਾਵ ਡਿਡੇਲੋਟ ਅਤੇ ਮੇਡਨ72 ਦੁਆਰਾ ਸੁਝਾਏ ਗਏ ਅਨੁਸਾਰ ਵੀ ਹੈ। ਫਿਰ ਵੀ, ਵੱਡੀ ਗਿਣਤੀ ਵਿੱਚ M. bovis ਜੀਨੋਮ ਸ਼ਾਮਲ ਕਰਕੇ ਇਸ ਡੇਟਾ ਸੈੱਟ ਨੂੰ ਮਹੱਤਵਪੂਰਨ ਤੌਰ 'ਤੇ ਵਧਾਉਣ ਨਾਲ ਇਸ ਬਿੰਦੂ ਦੀ ਹੋਰ ਸਪੱਸ਼ਟੀਕਰਨ ਦੀ ਆਗਿਆ ਮਿਲੇਗੀ। r/m ਅਤੇ rho/theta ਦੋਵੇਂ ਪੈਰਾਮੀਟਰ ਸ਼ਾਖਾਵਾਂ ਵਿਚਕਾਰ ਪਰਿਵਰਤਨਸ਼ੀਲਤਾ ਦਰਸਾਉਂਦੇ ਹਨ, ਅਤੇ ਇਹ ਨਤੀਜਾ ਹੋਰ ਬੈਕਟੀਰੀਆ ਪ੍ਰਜਾਤੀਆਂ 'ਤੇ ਰਿਪੋਰਟਾਂ ਦੇ ਅਨੁਕੂਲ ਹੈ72,73।
ਅੰਤ ਵਿੱਚ, ਗੁਬਿਨਸ ਪਾਈਪਲਾਈਨ ਦੁਆਰਾ ਪਛਾਣੀਆਂ ਗਈਆਂ ਪੁਨਰਗਠਨ ਘਟਨਾਵਾਂ ਦੀ ਪੁਸ਼ਟੀ ਕਰਨ ਲਈ, RDP4 ਸੌਫਟਵੇਅਰ ਵਿੱਚ ਛੇ ਵੱਖ-ਵੱਖ ਐਲਗੋਰਿਦਮ ਵਰਤੇ ਗਏ ਸਨ ਤਾਂ ਜੋ ਸੁਤੰਤਰ ਤੌਰ 'ਤੇ ਵੱਖ-ਵੱਖ ਕੋਰ ਮਲਟੀ-ਤੁਲਨਾਵਾਂ ਦੀ ਜਾਂਚ ਕੀਤੀ ਜਾ ਸਕੇ। ਵਿਸ਼ਵ ਪੱਧਰ 'ਤੇ, ਗੁਬਿਨਸ ਦੁਆਰਾ ਪਛਾਣੀਆਂ ਗਈਆਂ ਅੱਧੀਆਂ ਤੋਂ ਵੀ ਘੱਟ ਘਟਨਾਵਾਂ ਦੀ ਪੁਸ਼ਟੀ RDP4 ਦੁਆਰਾ ਕੀਤੀ ਗਈ ਸੀ (ਟੇਬਲ 4 ਅਤੇ 5)। ਪੂਰੇ ਡੇਟਾ ਸੈੱਟ ਨੂੰ ਧਿਆਨ ਵਿੱਚ ਰੱਖਦੇ ਹੋਏ, ਤਿੰਨ ਪੁਨਰ-ਸੰਯੋਜਨ ਘਟਨਾਵਾਂ ਦੀ ਪੁਸ਼ਟੀ ਕੀਤੀ ਗਈ ਸੀ, ਦੋ ਅੰਦਰੂਨੀ ਨੋਡਾਂ ਨੂੰ ਸ਼ਾਮਲ ਕਰਦੇ ਸਨ ਅਤੇ ਦੂਜਾ ਇੱਕ ਟਰਮੀਨਲ ਸ਼ਾਖਾ ਵਿੱਚ ਇੱਕ ਸਿੰਗਲ ਜੀਨੋਮ ਨੂੰ ਸ਼ਾਮਲ ਕਰਦਾ ਸੀ, ਜਿਸ ਲਈ ਕਲੋਨਲ ਕੰਪਲੈਕਸ ਨਿਰਧਾਰਤ ਨਹੀਂ ਕੀਤੇ ਜਾ ਸਕਦੇ ਸਨ (ਟੇਬਲ 4 ਅਤੇ 5)। ਟਰਮੀਨਲ ਸ਼ਾਖਾਵਾਂ ਵਿੱਚ ਘਟਨਾਵਾਂ ਦੀ ਪਛਾਣ ਇਹ ਦਰਸਾ ਸਕਦੀ ਹੈ ਕਿ ਸਮਕਾਲੀ ਐਮ. ਬੋਵਿਸ ਸਟ੍ਰੇਨ ਵਿੱਚ ਪੁਨਰ-ਸੰਯੋਜਨ ਅਜੇ ਵੀ ਪ੍ਰਗਤੀ ਵਿੱਚ ਹੈ ਜਾਂ ਨਤੀਜਾ ਗਲਤ ਥਾਂ 'ਤੇ ਹੈ70। ਇਸ ਕਾਲਪਨਿਕ ਪੁਨਰ-ਸੰਯੋਜਨ ਖੇਤਰ ਵਿੱਚ, ਲਗਭਗ 20% ਸਥਿਤੀਆਂ ਵਿੱਚ ਪਰਿਭਾਸ਼ਿਤ ਨਿਊਕਲੀਓਟਾਈਡ (N) ਹਨ, ਇਸ ਤਰ੍ਹਾਂ ਪੁਨਰ-ਸੰਯੋਜਨ ਸਿਗਨਲ ਨੂੰ ਪ੍ਰਭਾਵਿਤ ਕਰਦੇ ਹਨ (ਪੂਰਕ ਚਿੱਤਰ 2)। ਇਸ ਤੋਂ ਇਲਾਵਾ, ਇਹ ਖੇਤਰ rrs ਜੀਨ ਨੂੰ ਪ੍ਰਭਾਵਿਤ ਕਰਦਾ ਹੈ, 16S ਰਾਈਬੋਸੋਮਲ RNA ਨੂੰ ਏਨਕੋਡ ਕਰਦਾ ਹੈ ਜਿਸਦੀ ਬਹੁਤ ਜ਼ਿਆਦਾ ਸੰਭਾਲ ਹੋਣ ਦੀ ਉਮੀਦ ਹੈ, ਇਸ ਲਈ ਇਹ ਪੁਟੇਟਿਵ ਰੀਕੌਂਬੀਨੇਸ਼ਨ ਸਿਗਨਲ ਸੀਕਵੈਂਸਿੰਗ ਗਲਤੀਆਂ ਜਾਂ ਗਲਤ ਅਲਾਈਨਮੈਂਟ ਦਾ ਨਤੀਜਾ ਹੋ ਸਕਦਾ ਹੈ। ਫਿਰ Mb0003 ਅਤੇ ਮਾਈਕੋਬੈਕਟੀਰੀਅਮ ਬੋਵਿਸ AF2122/97 ਵਿਚਕਾਰ ਪੂਰਾ ਜੀਨੋਮ ਅਲਾਈਨਮੈਂਟ ਕੀਤਾ ਗਿਆ ਸੀ, ਅਤੇ ਪਰਿਭਾਸ਼ਿਤ ਨਿਊਕਲੀਓਟਾਈਡਸ ਅਤੇ SNPs ਦੀ ਮੌਜੂਦਗੀ ਦੀ ਪੁਸ਼ਟੀ ਕੀਤੀ ਗਈ ਸੀ, ਇਸ ਲਈ ਗਲਤ ਅਲਾਈਨਮੈਂਟ ਨਾਲ ਸਬੰਧਤ ਸੰਭਾਵਿਤ ਸਮੱਸਿਆਵਾਂ ਇਸ ਕੰਮ ਵਿੱਚ ਲਾਗੂ ਕੀਤੀ ਗਈ ਜੈਵਿਕ ਜਾਣਕਾਰੀ ਦੇ ਕਾਰਨ ਨਹੀਂ ਸਨ। ਪ੍ਰੋਗਰਾਮ ਸਿੱਖਣ ਤੋਂ ਬਾਅਦ ਪ੍ਰਗਟ ਹੋਇਆ।
ਅੰਦਰੂਨੀ ਨੋਡਾਂ ਦੇ ਪੁਨਰ-ਸੰਯੋਜਨ ਖੇਤਰਾਂ ਵਿੱਚ ਕੋਈ ਪਾੜੇ ਜਾਂ ਪਰਿਭਾਸ਼ਿਤ ਨਿਊਕਲੀਓਟਾਈਡ ਨਹੀਂ ਮਿਲੇ (ਚਿੱਤਰ 4 ਅਤੇ 5)। ਇਹਨਾਂ ਘਟਨਾਵਾਂ ਦੇ ਸੰਬੰਧ ਵਿੱਚ, ਇੱਕ ਵਿੱਚ ਸਿਰਫ਼ Eu2 ਜੀਨੋਮ ਹੁੰਦਾ ਹੈ ਅਤੇ pks12 ਜੀਨ ਨੂੰ ਪ੍ਰਭਾਵਿਤ ਕਰਦਾ ਹੈ, ਜੋ ਇੱਕ ਸੰਭਾਵੀ ਪੌਲੀਕੇਟਾਈਡ ਸਿੰਥੇਸ ਨੂੰ ਏਨਕੋਡ ਕਰਦਾ ਹੈ; ਜਦੋਂ ਕਿ ਦੂਜਾ Eu1 ਜੀਨੋਮ ਵਿੱਚ ਰਜਿਸਟਰਡ ਹੈ ਅਤੇ narX ਜੀਨ ਨੂੰ ਪ੍ਰਭਾਵਿਤ ਕਰਦਾ ਹੈ ਜੋ ਇੱਕ ਸੰਭਾਵੀ ਨਾਈਟ੍ਰੇਟ ਰੀਡਕਟੇਸ ਨੂੰ ਏਨਕੋਡ ਕਰਦਾ ਹੈ (ਸਾਰਣੀ 4)। ਆਮ ਤੌਰ 'ਤੇ, ਪੁਨਰ-ਸੰਯੋਜਨ ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ ਦਰਸਾਉਂਦਾ ਹੈ ਕਿ ਅੰਕੜਾਤਮਕ ਸਹਾਇਤਾ ਦੇ ਨਾਲ ਪੁਨਰ-ਸੰਯੋਜਨ ਟੁਕੜਿਆਂ ਦੀ ਇੱਕ ਸੀਮਤ ਗਿਣਤੀ ਹੈ, ਅਤੇ ਅਨੁਮਾਨਿਤ ਸੂਚਕ ਦਰਸਾਉਂਦੇ ਹਨ ਕਿ ਪੁਨਰ-ਸੰਯੋਜਨ ਦਾ M. bovis ਵੰਸ਼ 'ਤੇ ਘੱਟ ਪ੍ਰਭਾਵ ਪੈਂਦਾ ਹੈ। ਪੁਨਰ-ਸੰਯੋਜਨ ਸਿਗਨਲ ਘੱਟ ਹੋਣ ਦੀ ਉਮੀਦ ਹੈ, ਪਰ ਪਿਛੋਕੜ ਦੇ ਸ਼ੋਰ ਤੋਂ ਸੱਚੇ ਵਿਕਾਸ ਸਿਗਨਲ ਨੂੰ ਵੱਖਰਾ ਕਰਨਾ ਮਹੱਤਵਪੂਰਨ ਹੈ, ਜੋ ਕਿ ਇੱਕ ਚੁਣੌਤੀਪੂਰਨ ਕੰਮ ਹੈ। ਸੰਦਰਭ-ਅਧਾਰਤ ਅਸੈਂਬਲੀ ਅਤੇ ਬੇਮੇਲ ਸਮੱਸਿਆਵਾਂ 70, 71 ਦੁਆਰਾ ਪੇਸ਼ ਕੀਤੇ ਗਏ ਸ਼ੋਰ ਸਿਗਨਲ ਨੂੰ ਘਟਾਉਣ ਲਈ, ਪੂਰੇ ਜੀਨੋਮ ਨੂੰ ਛੱਡ ਕੇ ਬਾਕੀ ਸਾਰੇ ਸ਼ੁਰੂ ਤੋਂ ਇਕੱਠੇ ਕੀਤੇ ਗਏ ਸਨ, ਅਤੇ ਅਸੈਂਬਲੀ ਗੁਣਵੱਤਾ ਦੀ ਜਾਂਚ ਕੀਤੀ ਗਈ ਸੀ ਅਤੇ QUAST ਪਾਈਪਲਾਈਨ ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ (ਪੂਰਕ ਸਾਰਣੀ 1) ਦੁਆਰਾ ਯਕੀਨੀ ਬਣਾਇਆ ਗਿਆ ਸੀ। ਇਸ ਤੋਂ ਇਲਾਵਾ, ਸਮੁੱਚੇ ਸਰਵੇਖਣ ਦੀ ਮਜ਼ਬੂਤੀ ਅਤੇ ਸ਼ੁੱਧਤਾ ਪ੍ਰਦਾਨ ਕਰਨ ਲਈ ਪੂਰਕ ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣਾਂ ਦੀ ਇੱਕ ਲੜੀ ਕੀਤੀ ਗਈ। ਇਸ ਲਈ, ਮਾਈਕੋਬੈਕਟੀਰੀਅਮ ਬੋਵਿਸ AF2122/97 ਦੇ ਵਿਰੁੱਧ ਰੀਡ ਮੈਪਿੰਗ ਦੁਆਰਾ narX ਅਤੇ pks12 ਜੀਨਾਂ ਦੀ ਕ੍ਰਮ ਗੁਣਵੱਤਾ ਦਾ ਮੁਲਾਂਕਣ ਕੀਤਾ ਗਿਆ। ਪੁਨਰ-ਸੰਯੋਜਨ ਖੇਤਰ ਵਿੱਚ ਸਿਫ਼ਾਰਸ਼ ਕੀਤੀ SNP ਸਥਿਤੀ ਦੀ ਪੁਸ਼ਟੀ ਵਿਧੀ ਭਾਗ ਵਿੱਚ ਦੱਸੇ ਗਏ ਮਾਪਦੰਡਾਂ (ਘੱਟੋ-ਘੱਟ 20 ਰੀਡਿੰਗਾਂ ਅਤੇ 0.9 ਤਬਦੀਲੀ ਬਾਰੰਬਾਰਤਾ) ਨੂੰ ਲਾਗੂ ਕਰਕੇ ਕੀਤੀ ਗਈ ਸੀ। ਦੋ ਜੀਨੋਮ (Mb1792361 ਅਤੇ Mb7240415; 2.3%) ਅਤੇ pks12 ਜੀਨੋਮ ਦੇ ਜੀਨੋਮ: Mb0891, Mb1711, Mb1789, Mb1870, Mb17046, Mb1756, ਅਤੇ Mb12 ਜੀਨਾਂ ਵਿੱਚ narX ਜੀਨ ਦੇ ਪੋਲੀਮੋਰਫਿਜ਼ਮ ਦੀ ਪੂਰੀ ਪੁਸ਼ਟੀ ਕੀਤੀ ਗਈ ਸੀ। ਹਾਲਾਂਕਿ, ਜੀਨੋਮ Mb2043 ਲਈ, ਅੱਠ ਵਿੱਚੋਂ ਛੇ ਸਥਿਤੀਆਂ ਪੜ੍ਹਨ ਦੀ ਡੂੰਘਾਈ ਦੇ ਮਾਪਦੰਡ ਨੂੰ ਪੂਰਾ ਨਹੀਂ ਕਰਦੀਆਂ ਕਿਉਂਕਿ SNP ਵੱਧ ਤੋਂ ਵੱਧ 17 ਪੜ੍ਹਨ ਦੁਆਰਾ ਸਮਰਥਤ ਹੈ, ਜੋ ਕਿ 20 ਦੇ ਸਥਾਪਿਤ ਕੱਟਆਫ ਮੁੱਲ ਤੋਂ ਘੱਟ ਹੈ। ਇਸ ਲਈ, ਇਸ ਜੀਨੋਮ ਸਾਈਟ 'ਤੇ ਛੇ ਜੀਨੋਮ (8.6%) ਦੇ ਪੁਨਰ-ਸੰਯੋਜਨ ਦੀ ਪੁਸ਼ਟੀ ਕੀਤੀ ਜਾ ਸਕਦੀ ਹੈ (ਚਿੱਤਰ 4 ਅਤੇ 5)।
ਮਾਈਕੋਬੈਕਟੀਰੀਅਮ ਬੋਵਿਸ ਡੇਟਾਸੈਟ ਦੇ ਰੀਕੌਂਬੀਨੇਸ਼ਨ ਖੇਤਰ ਅਲਾਈਨਮੈਂਟ ਦਾ ਵਿਸਤ੍ਰਿਤ ਵਿਜ਼ੂਅਲਾਈਜ਼ੇਸ਼ਨ ਨਾਰਐਕਸ ਜੀਨ ਨੂੰ ਪ੍ਰਭਾਵਿਤ ਕਰਦਾ ਹੈ ਜੋ ਇੱਕ ਸੰਭਾਵੀ ਨਾਈਟ੍ਰੇਟ ਰੀਡਕਟੇਸ ਨੂੰ ਏਨਕੋਡ ਕਰਦਾ ਹੈ। ਅੰਦਰੂਨੀ ਨੋਡਾਂ ਦੇ ਰੀਕੌਂਬੀਨੇਸ਼ਨ ਖੇਤਰ ਵਿੱਚ ਕੋਈ ਪਾੜੇ ਜਾਂ ਪਰਿਭਾਸ਼ਿਤ ਨਿਊਕਲੀਓਟਾਈਡ ਨਹੀਂ ਮਿਲੇ। ਇਹ ਖਾਸ ਘਟਨਾ Eu1 ਜੀਨੋਮ ਵਿੱਚ ਰਜਿਸਟਰਡ ਹੈ। ਮਾਈਕੋਬੈਕਟੀਰੀਅਮ ਬੋਵਿਸ AF2122/97 ਦੇ ਰੀਡਸ ਨੂੰ ਪਲਾਟ ਕਰਕੇ ਨਾਰਐਕਸ ਜੀਨ ਦੀ ਸੀਕੁਐਂਸਿੰਗ ਗੁਣਵੱਤਾ ਦਾ ਮੁਲਾਂਕਣ ਕੀਤਾ ਗਿਆ ਸੀ। ਵਿਧੀ ਭਾਗ ਵਿੱਚ ਦੱਸੇ ਗਏ ਮਾਪਦੰਡਾਂ ਨੂੰ ਲਾਗੂ ਕਰਕੇ ਰੀਕੌਂਬੀਨੇਸ਼ਨ ਖੇਤਰ ਵਿੱਚ ਸਿਫ਼ਾਰਸ਼ ਕੀਤੇ SNP ਸਥਾਨ ਦੀ ਪੁਸ਼ਟੀ ਕਰੋ (ਘੱਟੋ ਘੱਟ 20 ਰੀਡਿੰਗ ਅਤੇ 0.9 ਤਬਦੀਲੀ ਬਾਰੰਬਾਰਤਾ)। Mb1792361 ਅਤੇ Mb7240415 (2.3%) ਦੇ ਜੀਨੋਮ ਵਿੱਚ ਨਾਰਐਕਸ ਜੀਨ ਦੇ ਪੋਲੀਮੋਰਫਿਜ਼ਮ ਦੀ ਪੂਰੀ ਤਰ੍ਹਾਂ ਪੁਸ਼ਟੀ ਕੀਤੀ ਗਈ ਸੀ।
pks12 ਜੀਨ ਨੂੰ ਪ੍ਰਭਾਵਿਤ ਕਰਨ ਵਾਲੇ ਮਾਈਕੋਪਲਾਜ਼ਮਾ ਬੋਵਿਸ ਡੇਟਾਸੈਟ ਦੇ ਰੀਕੌਂਬਿਨੇਸ਼ਨ ਖੇਤਰ ਅਲਾਈਨਮੈਂਟ ਦਾ ਵਿਸਤ੍ਰਿਤ ਵਿਜ਼ੂਅਲਾਈਜ਼ੇਸ਼ਨ। ਅੰਦਰੂਨੀ ਨੋਡਾਂ ਦੇ ਰੀਕੌਂਬਿਨੇਸ਼ਨ ਖੇਤਰ ਵਿੱਚ ਕੋਈ ਪਾੜੇ ਜਾਂ ਪਰਿਭਾਸ਼ਿਤ ਨਿਊਕਲੀਓਟਾਈਡ ਨਹੀਂ ਮਿਲੇ। pks12 ਜੀਨ ਨੂੰ ਸੰਭਾਵਿਤ ਪੌਲੀਕੇਟਾਈਡ ਸਿੰਥੇਸ ਨੂੰ ਏਨਕੋਡ ਕਰਨ ਵਾਲੀ ਘਟਨਾ ਦੇ ਸੰਬੰਧ ਵਿੱਚ, ਇਸ ਵਿੱਚ ਸਿਰਫ Eu2 ਜੀਨੋਮ ਹੈ। pks12 ਦੀ ਸੀਕੁਐਂਸਿੰਗ ਗੁਣਵੱਤਾ ਦਾ ਮੁਲਾਂਕਣ ਮਾਈਕੋਬੈਕਟੀਰੀਅਮ ਬੋਵਿਸ AF2122/97 ਦੇ ਰੀਡ ਮੈਪਿੰਗ ਦੁਆਰਾ ਕੀਤਾ ਗਿਆ ਸੀ। ਵਿਧੀ ਭਾਗ ਵਿੱਚ ਦੱਸੇ ਗਏ ਮਾਪਦੰਡਾਂ ਨੂੰ ਲਾਗੂ ਕਰਕੇ ਰੀਕੌਂਬਿਨੇਸ਼ਨ ਖੇਤਰ ਵਿੱਚ ਸਿਫ਼ਾਰਸ਼ ਕੀਤੇ SNP ਸਥਾਨ ਦੀ ਪੁਸ਼ਟੀ ਕਰੋ (ਘੱਟੋ ਘੱਟ 20 ਰੀਡਿੰਗ ਅਤੇ 0.9 ਤਬਦੀਲੀ ਬਾਰੰਬਾਰਤਾ)। Mb0891, Mb1711, Mb1789, Mb1870, Mb1758, Mb2043, ਅਤੇ Mb1960 ਜੀਨੋਮ ਦੇ ਪੋਲੀਮੋਰਫਿਜ਼ਮ ਦੀ ਪੂਰੀ ਪੁਸ਼ਟੀ ਕੀਤੀ ਗਈ ਹੈ।
PE ਅਤੇ PPE ਜੀਨਾਂ ਵਿੱਚ ਦੁਹਰਾਉਣ ਵਾਲੇ ਖੇਤਰ ਹੁੰਦੇ ਹਨ ਜੋ ਇਲੂਮਿਨਾ ਸੀਕੁਐਂਸਿੰਗ ਅਤੇ ਮਿਸਮੈਪਿੰਗ ਦੁਆਰਾ ਆਸਾਨੀ ਨਾਲ ਗਲਤ ਪੜ੍ਹੇ ਜਾਂਦੇ ਹਨ, ਇਸ ਲਈ ਉਹਨਾਂ ਨੂੰ ਆਮ ਤੌਰ 'ਤੇ ਮੈਪਿੰਗ-ਟੂ-ਸੀਕੁਐਂਸ ਰਣਨੀਤੀ ਦੀ ਵਰਤੋਂ ਕਰਦੇ ਸਮੇਂ ਹੀ M. tuberculosis ਮੈਂਬਰਾਂ ਦੇ ਬਾਇਓਇਨਫਾਰਮੈਟਿਕਸ ਵਰਕਫਲੋ ਤੋਂ ਮਿਟਾ ਦਿੱਤਾ ਜਾਂਦਾ ਹੈ। ਇਸ ਕੰਮ ਵਿੱਚ ਲਾਗੂ ਕੀਤੇ ਗਏ ਪੁਨਰ-ਸੰਯੋਜਨ ਘਟਨਾਵਾਂ ਦਾ ਅਨੁਮਾਨ PE/PPE ਨੂੰ ਫਿਲਟਰ ਕੀਤੇ ਬਿਨਾਂ ਡੀ ਨੋਵੋ ਅਸੈਂਬਲੀ 'ਤੇ ਅਧਾਰਤ ਹੈ। ਸਾਡਾ ਮੰਨਣਾ ਹੈ ਕਿ SplitsTree, Gubbins ਪਾਈਪਲਾਈਨ ਅਤੇ RDP4 ਸੌਫਟਵੇਅਰ ਰਾਹੀਂ ਤਿੰਨ ਵੱਖ-ਵੱਖ ਪੂਰਕ ਤਰੀਕਿਆਂ ਅਤੇ ਐਲਗੋਰਿਦਮ ਨੂੰ ਲਾਗੂ ਕਰਕੇ, ਲਾਗੂ ਕੀਤੀਆਂ ਗਈਆਂ ਰਣਨੀਤੀਆਂ ਗਲਤੀ ਸਿਗਨਲਾਂ ਦੇ ਕਾਰਨ ਪੁਨਰਗਠਿਤ ਖੇਤਰਾਂ ਨੂੰ ਪ੍ਰੋਸੈਸ ਕਰਨ ਅਤੇ ਫਿਲਟਰ ਕਰਨ ਲਈ ਮਜ਼ਬੂਤ ​​ਹਨ। ਹਾਲਾਂਕਿ, SNP ਕਲੱਸਟਰਾਂ ਦੀ ਪਛਾਣ ਕਰਨ ਲਈ Gubbins ਅਤੇ RDP4 ਸੌਫਟਵੇਅਰ 'ਤੇ PE/PPE ਜੀਨ ਦੇ ਦਖਲ ਨੂੰ ਬਾਹਰ ਕੱਢਣ ਲਈ, ਅਤੇ ਇਸ ਲਈ narX ਅਤੇ pks12 ਜੀਨਾਂ ਨੂੰ ਪ੍ਰਭਾਵਿਤ ਕਰਨ ਲਈ ਪ੍ਰਸਤਾਵਿਤ ਪੁਨਰ-ਸੰਯੋਜਨ ਖੇਤਰਾਂ ਦੀ ਪਛਾਣ ਲਈ, ਇਹਨਾਂ ਜੀਨਾਂ ਦੇ ਆਂਢ-ਗੁਆਂਢ ਦੀ ਜਾਂਚ ਕੀਤੀ ਗਈ ਸੀ (ਪੂਰਕ ਚਿੱਤਰ 3-5)। M. bovis AF2122/97 ਵਿੱਚ, narX ਜੀਨ ਨੂੰ narK2 ਅਤੇ Mb1764c ਦੁਆਰਾ ਵੱਖ ਕੀਤਾ ਗਿਆ ਹੈ, ਜਦੋਂ ਕਿ pks12 Mb2075c e Mb2073c (ਪੂਰਕ ਚਿੱਤਰ 3-5) ਨਾਲ ਘਿਰਿਆ ਹੋਇਆ ਹੈ। ਪੂਰੇ ਜੀਨੋਮ ਦੇ MAUVE ਸਿੰਲਾਈਨ ਮੈਪ ਦੀ ਵਰਤੋਂ ਕਰਕੇ ਤਿਆਰ ਕੀਤਾ ਗਿਆ ਨਕਸ਼ਾ ਜੀਨ ਕ੍ਰਮ ਸੰਭਾਲ ਅਤੇ ਪੁਨਰਗਠਨ ਬਾਰੇ ਜਾਣਕਾਰੀ ਪ੍ਰਦਾਨ ਕਰਦਾ ਹੈ, ਚਾਰ ਕੋਲੀਨੀਅਰ ਬਲਾਕ ਦਿਖਾਉਂਦਾ ਹੈ, ਅਤੇ ਜੀਨੋਮ ਟ੍ਰਾਂਸਲੋਕੇਸ਼ਨ ਜਾਂ ਉਲਟਾ ਦੇ ਕੋਈ ਸੰਕੇਤ ਨਹੀਂ ਹਨ। ਇਸ ਤੋਂ ਇਲਾਵਾ, ਅਮੀਨੋ ਐਸਿਡ ਕ੍ਰਮ ਦੇ ਨਾਲ ਪੂਰਕ ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ ਨੇ ਸਾਰੇ ਸੰਪੂਰਨ ਜੀਨੋਮ ਵਿੱਚ ਸਮਰੂਪਤਾ ਨੂੰ ਸਾਬਤ ਕੀਤਾ, ਅਤੇ narX ਜਾਂ pks12 ਦੇ ਨਾਲ ਲੱਗਦੇ ਖੇਤਰਾਂ ਵਿੱਚ ਕੋਈ PE/PPE ਨਹੀਂ ਮਿਲਿਆ। narX ਲਈ, ਇੱਕ ਜੀਨੋਮ (Mb0030) ਦਾ ਸਮਰੂਪਤਾ ਸਕੋਰ ਘੱਟ ਹੈ ਕਿਉਂਕਿ narX ਜੀਨ ਨੂੰ ਦੋ ਟੁਕੜਿਆਂ (ਟੁਕੜੇ 1891 ਅਤੇ 1890) ਵਜੋਂ ਪਛਾਣਿਆ ਗਿਆ ਸੀ। pks12 ਲਈ, ਸਮਾਨਤਾਵਾਂ ਦੇ ਕਾਰਨ, Mb0030 ਅਤੇ Mb003 ਨੇ ਘੱਟ ਸਿੰਲੀਨੀਅਰਿਟੀ ਸਕੋਰ ਪ੍ਰਦਰਸ਼ਿਤ ਕੀਤੇ, ਜਦੋਂ ਕਿ pks12 ਨੂੰ ਕ੍ਰਮਵਾਰ ਦੋ ਅਤੇ ਤਿੰਨ ਟੁਕੜਿਆਂ ਵਿੱਚ ਪਛਾਣਿਆ ਗਿਆ ਸੀ, ਜੋ ਪ੍ਰੋਟੀਨ ਦੇ ਵੱਖ-ਵੱਖ ਡੋਮੇਨਾਂ ਨੂੰ ਦਰਸਾਉਂਦਾ ਹੈ (ਪੂਰਕ ਚਿੱਤਰ 3-5)। ਇਸ ਜਾਣਕਾਰੀ ਨੂੰ ਧਿਆਨ ਵਿੱਚ ਰੱਖਦੇ ਹੋਏ, ਅਤੇ Gubbins ਅਤੇ RDP4 ਸੌਫਟਵੇਅਰ ਦੋਵੇਂ ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ ਕਰਦੇ ਹਨ, ਵਿੰਡੋ ਵਿੱਚ ਵੱਧ ਤੋਂ ਵੱਧ 500 bp ਦੇ ਕੋਰ ਮਲਟੀਪਲ ਅਲਾਈਨਮੈਂਟ ਦੀ ਜਾਂਚ ਕਰਦੇ ਹਨ, ਅਸੀਂ ਪੁਸ਼ਟੀ ਕੀਤੀ ਹੈ ਕਿ PE/PPE ਜੀਨ ਮੁੜ-ਸੰਯੋਜਨ ਸਿਗਨਲ ਵਿੱਚ ਦਖਲ ਨਹੀਂ ਦੇਵੇਗਾ ਜੋ narX ਅਤੇ pks12 ਨੂੰ ਪ੍ਰਭਾਵਿਤ ਕਰਦਾ ਹੈ।
ਹਾਲਾਂਕਿ ਇਸ ਡੇਟਾ ਸੈੱਟ ਵਿੱਚ ਖੋਜੇ ਗਏ ਪੁਨਰ-ਸੰਯੋਜਨ ਸੰਕੇਤਾਂ ਨੂੰ ਬਕਾਇਆ ਮੰਨਿਆ ਜਾ ਸਕਦਾ ਹੈ, ਇਹ ਸੱਚ ਹੈ ਕਿ ਐਮ. ਬੋਵਿਸ ਵਿੱਚ ਪੁਨਰ-ਸੰਯੋਜਨ ਨੂੰ ਰੱਦ ਨਹੀਂ ਕੀਤਾ ਜਾ ਸਕਦਾ, ਇਸ ਲਈ ਇਸਨੂੰ ਹੋਰ ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ ਦਾ ਵਿਸ਼ਾ ਬਣਾਇਆ ਜਾਣਾ ਚਾਹੀਦਾ ਹੈ, ਜਿਸ ਵਿੱਚ ਵੱਖ-ਵੱਖ ਮਹਾਂਮਾਰੀ ਵਿਗਿਆਨਿਕ ਦ੍ਰਿਸ਼ਾਂ ਤੋਂ ਪੂਰੇ ਜੀਨੋਮ ਨੂੰ ਮਹੱਤਵਪੂਰਨ ਵਿੱਚ ਕ੍ਰਮਬੱਧ ਕੀਤਾ ਜਾਂਦਾ ਹੈ।
ਪੁਨਰ-ਸੰਯੋਜਨ ਸੁਧਾਰ ਤੋਂ ਪਹਿਲਾਂ ਅਤੇ ਬਾਅਦ ਵਿੱਚ ਪ੍ਰਾਪਤ ਕੀਤੇ ਗਏ ML ਫਾਈਲੋਜੈਨੇਟਿਕ ਰੁੱਖਾਂ ਦੀ ਤੁਲਨਾ ਕਰਨ ਨਾਲ ਅਨੁਮਾਨਿਤ ਫਾਈਲੋਜੈਨੇਟਿਕ ਸਬੰਧਾਂ ਵਿੱਚ ਮਹੱਤਵਪੂਰਨ ਬਦਲਾਅ ਨਹੀਂ ਆਏ, ਅਤੇ M. bovis strains ਨੂੰ ਇੱਕੋ ਸਮੂਹ ਵਿੱਚ ਕਲੱਸਟਰ ਕੀਤਾ ਗਿਆ ਸੀ।
ਐਮ. ਬੋਵਿਸ AF2122/97 ਦੇ ਰੈਫਰੈਂਸ ਜੀਨੋਮ ਨਾਲ 42 ਨਵੇਂ ਕ੍ਰਮਬੱਧ ਐਮ. ਬੋਵਿਸ ਰੀਡਜ਼ ਦੀ ਮੈਪਿੰਗ ਕਰਨ ਤੋਂ ਬਾਅਦ, 1816 ਪੋਲੀਮੋਰਫਿਕ ਪੋਜੀਸ਼ਨਾਂ ਵਾਲਾ ਇੱਕ SNP ਅਲਾਈਨਮੈਂਟ ਪ੍ਰਾਪਤ ਕੀਤਾ ਗਿਆ। ਜ਼ਿਆਦਾਤਰ SNPs (87.1%) ਕੋਡਿੰਗ ਖੇਤਰ ਵਿੱਚ ਸਥਿਤ ਹਨ, ਅਤੇ ਪ੍ਰਭਾਵਿਤ ਜੀਨਾਂ ਨੂੰ ਬੋਵਿਲਿਸਟ (ਚਿੱਤਰ 6A, B) ਵਿੱਚ ਦਰਸਾਏ ਗਏ ਕਾਰਜਸ਼ੀਲ ਸ਼੍ਰੇਣੀਆਂ ਦੇ ਅਨੁਸਾਰ ਦਰਸਾਇਆ ਗਿਆ ਹੈ। ਹਰੇਕ ਕਾਰਜਸ਼ੀਲ ਸ਼੍ਰੇਣੀ ਵਿੱਚ ਜੀਨਾਂ ਦੀ ਕੁੱਲ ਸੰਖਿਆ ਨੂੰ ਧਿਆਨ ਵਿੱਚ ਰੱਖਦੇ ਹੋਏ, "ਲਿਪਿਡ ਮੈਟਾਬੋਲਿਜ਼ਮ" ਸ਼੍ਰੇਣੀ ਵਿੱਚ ਜੀਨਾਂ ਨੇ ਵਧੇਰੇ SNPs ਦਿਖਾਏ, ਜਿਸ ਤੋਂ ਬਾਅਦ "ਸੈੱਲ ਵਾਲ ਅਤੇ ਸੈੱਲ ਪ੍ਰਕਿਰਿਆਵਾਂ" ਅਤੇ "ਇੰਟਰਮੀਡੀਏਟ ਮੈਟਾਬੋਲਿਜ਼ਮ ਅਤੇ ਸਾਹ" ਆਉਂਦੇ ਹਨ, ਜੋ ਇਹ ਦਰਸਾਉਂਦਾ ਹੈ ਕਿ ਉਹ ਐਮ. ਬੋਵਿਸ ਵਿਕਾਸ ਵਿੱਚ ਹਨ।
ਪੁਰਤਗਾਲ ਤੋਂ ਐਮ. ਬੋਵਿਸ ਡੇਟਾਸੈਟ ਦਾ ਲੜੀਵਾਰ ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ (n = 42)। ਹਰੇਕ ਕਾਰਜਸ਼ੀਲ ਸ਼੍ਰੇਣੀ (A) ਲਈ ਰਜਿਸਟਰਡ SNPs ਅਤੇ ਪ੍ਰਭਾਵਿਤ ਜੀਨਾਂ ਦੀ ਕੁੱਲ ਸੰਖਿਆ। ਕਾਰਜ ਸ਼੍ਰੇਣੀ (B) ਦੁਆਰਾ ਰਜਿਸਟਰਡ ਸਮਾਨਾਰਥੀ ਅਤੇ ਗੈਰ-ਸਮਾਨਾਰਥੀ ਤਬਦੀਲੀਆਂ ਦੀ ਕੁੱਲ ਸੰਖਿਆ।
ਵਿਸ਼ਵ ਪੱਧਰ 'ਤੇ, ਔਸਤ dN/dS ਅਨੁਪਾਤ 1.5 ਤੋਂ ਬਿਹਤਰ ਹੈ, ਜੋ ਦਰਸਾਉਂਦਾ ਹੈ ਕਿ ਵਿਸ਼ਵਵਿਆਪੀ ਵਿਕਾਸਵਾਦੀ ਦਬਾਅ ਪੁਰਖਿਆਂ ਦੀ ਸਥਿਤੀ ਤੋਂ ਛੁਟਕਾਰਾ ਪਾਉਣ ਲਈ ਹੈ ਅਤੇ ਇੱਕ ਸਕਾਰਾਤਮਕ (ਵਿਭਿੰਨ ਜਾਂ ਨਿਰਦੇਸ਼ਿਤ) ਅਤੇ/ਜਾਂ ਆਰਾਮਦਾਇਕ ਸ਼ੁੱਧੀਕਰਨ ਚੋਣ ਦ੍ਰਿਸ਼ ਨੂੰ ਦਰਸਾਉਂਦਾ ਹੈ। "ਵਾਇਰੂਲੈਂਸ, ਡੀਟੌਕਸੀਫਿਕੇਸ਼ਨ, ਅਨੁਕੂਲਨ", "ਸੰਮਿਲਨ ਕ੍ਰਮ ਅਤੇ ਪੜਾਅ", ਅਤੇ "ਰੈਗੂਲੇਟਰੀ ਪ੍ਰੋਟੀਨ" ਦੀਆਂ ਸ਼੍ਰੇਣੀਆਂ ਵਿੱਚ, ਦੋ-ਤਿਹਾਈ ਤੋਂ ਵੱਧ SNP ਗੈਰ-ਸਮਾਨਾਰਥੀ ਹਨ (ਚਿੱਤਰ 6B)।
ਸਾਰੀਆਂ ਸ਼੍ਰੇਣੀਆਂ ਵਿੱਚ, ਕਈ SNP ਵਾਲੇ ਜੀਨ ਹੁੰਦੇ ਹਨ, ਜਿਸਦੇ ਨਤੀਜੇ ਵਜੋਂ ਔਸਤ ਪਰਿਵਰਤਨ ਦਰ (ਭਾਵ, ਪ੍ਰਤੀ ਜੀਨ ਔਸਤ SNP) 1 ਤੋਂ ਵੱਧ ਹੁੰਦੀ ਹੈ (ਚਿੱਤਰ 6A)। 15 SNP ਵਾਲੇ Pks12 (Mb2074c) ਅਤੇ 8 SNP ਵਾਲੇ fas (Mb2553c) ਦੇ ਪਰਿਵਰਤਨ ਮੁੱਲ ਵੱਧ ਹੁੰਦੇ ਹਨ। ਇਹ ਦੋਵੇਂ ਜੀਨ ਫੈਟੀ ਐਸਿਡ ਮੈਟਾਬੋਲਿਜ਼ਮ ਵਿੱਚ ਸ਼ਾਮਲ ਹਨ। pks ਜੀਨ ਪੌਲੀਕੇਟਾਈਡ ਸਿੰਥੇਜ਼ (PKS) ਨੂੰ ਏਨਕੋਡ ਕਰਦਾ ਹੈ, ਜੋ ਕਿ ਮਾਈਕੋਬੈਕਟੀਰੀਅਲ ਸੈੱਲ ਵਾਲ ਲਿਪਿਡ ਬਾਇਓਸਿੰਥੇਸਿਸ74,75 ਵਿੱਚ ਸ਼ਾਮਲ ਇੱਕ ਮਲਟੀਫੰਕਸ਼ਨਲ ਐਂਜ਼ਾਈਮ ਹੈ। ਇਹ ਜੀਨ ਇੱਕ ਮਲਟੀਫੰਕਸ਼ਨਲ ਪੌਲੀਪੇਪਟਾਈਡ ਨੂੰ ਏਨਕੋਡ ਕਰਦਾ ਹੈ ਜੋ ਮਾਈਕੋਕੇਟਾਈਡਜ਼74,76 ਦੇ ਸੰਸਲੇਸ਼ਣ ਵਿੱਚ ਸ਼ਾਮਲ ਹੁੰਦਾ ਹੈ। fas ਜੀਨ ਮਾਈਕੋਲਿਕ ਐਸਿਡ ਦੇ ਸੰਸਲੇਸ਼ਣ ਵਿੱਚ ਸ਼ਾਮਲ ਹੁੰਦਾ ਹੈ। ਇਹ ਦੋਵੇਂ ਜੀਨ ਹੋਸਟ ਦੇ ਸੰਪਰਕ ਵਿੱਚ ਸੈੱਲ ਦੀਵਾਰ ਦੇ ਬਾਇਓਸਿੰਥੇਸਿਸ ਵਿੱਚ ਇੱਕ ਮਹੱਤਵਪੂਰਨ ਭੂਮਿਕਾ ਨਿਭਾਉਂਦੇ ਹਨ।
ਮਾਈਕੋਬੈਕਟੀਰੀਅਮ ਬੋਵਿਸ ਦੇ ਵਿਕਾਸ ਦਾ ਹੋਰ ਅਧਿਐਨ ਕਰਨ ਲਈ, ਖਾਸ ਜੀਨਾਂ ਦੇ ਦੋ ਸੈੱਟਾਂ ਦਾ ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ ਕੀਤਾ ਗਿਆ। ਪਹਿਲਾਂ ਪ੍ਰਕਾਸ਼ਿਤ ਕੰਮਾਂ ਵਿੱਚ ਕ੍ਰਮ ਰਚਨਾ ਅਤੇ ਫਾਈਲੋਜੈਨੇਟਿਕ ਤਰੀਕਿਆਂ ਦੀ ਵਰਤੋਂ ਕਰਦੇ ਹੋਏ ਜੀਨਾਂ ਦੀ ਪਛਾਣ ਕੀਤੀ ਗਈ ਸੀ ਜੋ MTBC ਪੂਰਵਜਾਂ ਦੁਆਰਾ ਵਿਭਿੰਨਤਾ ਤੋਂ ਪਹਿਲਾਂ HGT ਦੁਆਰਾ ਪ੍ਰਾਪਤ ਕੀਤੇ ਗਏ ਸਨ37,38। ਇਹ ਜੀਨ ਪੂਰਕ ਸਾਰਣੀ 2 ਵਿੱਚ ਸੂਚੀਬੱਧ ਹਨ। ਕੁੱਲ 77 ਜੀਨਾਂ ਦੀ SNP ਵੰਡ ਜੋ HGT ਨਾਲ ਸਬੰਧਤ ਹੋ ਸਕਦੇ ਹਨ, ਦਾ ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ ਕੀਤਾ ਗਿਆ ਸੀ, ਅਤੇ 26 ਪੌਲੀਮੋਰਫਿਕ ਸਾਈਟਾਂ ਦੀ ਪਛਾਣ ਕੀਤੀ ਗਈ ਸੀ, ਜਿਸਦੇ ਨਤੀਜੇ ਵਜੋਂ ਜ਼ਿਆਦਾਤਰ ਮਾਮਲਿਆਂ (78%) ਵਿੱਚ ਗੈਰ-ਸਮਾਨਾਰਥੀ (NS) ਤਬਦੀਲੀਆਂ ਆਈਆਂ (ਪੂਰਕ ਸਾਰਣੀ 2)। MTBC ਜੀਨੋਮ 'ਤੇ ਪਿਛਲੇ ਕੰਮ ਨੇ ਦਿਖਾਇਆ ਕਿ ਪੁਟੇਟਿਵ HGT ਖੇਤਰ ਬਾਕੀ ਜੀਨੋਮ ਦੇ ਮੁਕਾਬਲੇ ਉੱਚ NS SNP ਅਨੁਪਾਤ ਪ੍ਰਦਰਸ਼ਿਤ ਕਰਦਾ ਹੈ। ਜੇਕਰ ਕੋਈ ਸੋਚਦਾ ਹੈ ਕਿ ਇਹ ਪੁਨਰ-ਸੰਯੋਜਨ ਖੇਤਰ MTBC ਪੂਰਵਜਾਂ ਦੁਆਰਾ ਪ੍ਰਾਪਤ ਕੀਤੇ ਗਏ ਸਨ, ਅਤੇ ਇਸ ਲਈ, ਉਹ ਪ੍ਰਾਚੀਨ ਪੋਲੀਮੋਰਫਿਜ਼ਮ ਨੂੰ ਜ਼ਿਆਦਾ ਦਰਸਾਉਂਦੇ ਹਨ, ਤਾਂ ਸਮਾਨਾਰਥੀ ਤਬਦੀਲੀਆਂ ਦਾ ਅਨੁਪਾਤ ਵੱਧ ਹੋਣ ਦੀ ਉਮੀਦ ਹੈ, ਕਿਉਂਕਿ NS ਬਦਲਾਂ ਨੂੰ ਨਕਾਰਾਤਮਕ ਚੋਣ ਦੁਆਰਾ ਖਤਮ ਕੀਤੇ ਜਾਣ ਦੀ ਉਮੀਦ ਹੈ ਕਿਉਂਕਿ ਅਮੀਨੋ ਐਸਿਡ ਤਬਦੀਲੀਆਂ ਪ੍ਰੋਟੀਨ ਦੇ ਕਾਰਜ ਨੂੰ ਬਦਲ ਸਕਦੀਆਂ ਹਨ। ਇਸ ਲਈ, ਸਾਡੇ ਨਤੀਜੇ ਦਰਸਾਉਂਦੇ ਹਨ ਕਿ ਕਾਰਜਸ਼ੀਲ ਨਤੀਜੇ HGT-ਵਰਗੇ ਜੀਨਾਂ ਦੇ ਬਦਲਣ ਤੋਂ ਪੈਦਾ ਹੋ ਸਕਦੇ ਹਨ, ਜੋ ਕਿ ਕੀਮਤੀ ਅਨੁਕੂਲ ਜੈਨੇਟਿਕ ਵਿਭਿੰਨਤਾ ਲਈ ਉਨ੍ਹਾਂ ਦੀ ਮਹੱਤਤਾ ਨੂੰ ਦਰਸਾਉਂਦਾ ਹੈ।
ਇਸ ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ ਦੇ ਸਮਾਨਾਂਤਰ, 3R (DNA ਮੁਰੰਮਤ, ਪ੍ਰਤੀਕ੍ਰਿਤੀ, ਅਤੇ ਪੁਨਰ-ਸੰਯੋਜਨ) ਪ੍ਰਣਾਲੀ ਦੇ ਹਿੱਸਿਆਂ ਨੂੰ ਏਨਕੋਡ ਕਰਨ ਵਾਲੇ ਜੀਨਾਂ ਦੀ ਡੌਸ ਵੁਲਟੋਸ ਅਤੇ ਸਹਿਯੋਗੀਆਂ (2008)39 ਦੁਆਰਾ ਪਹਿਲਾਂ ਪ੍ਰਕਾਸ਼ਿਤ ਸੂਚੀ ਦੇ ਅਨੁਸਾਰ ਚੰਗੀ ਤਰ੍ਹਾਂ ਜਾਂਚ ਕੀਤੀ ਗਈ ਸੀ। ਇੱਕੋ ਜਿਹੇ DNA ਟੁਕੜਿਆਂ ਦੇ ਆਦਾਨ-ਪ੍ਰਦਾਨ ਨੂੰ ਸਿੱਧੇ ਤੌਰ 'ਤੇ ਨਹੀਂ ਦੇਖਿਆ ਜਾ ਸਕਦਾ, ਹਾਲਾਂਕਿ ਇਹ ਇੱਕ ਅਕਸਰ ਪ੍ਰਕਿਰਿਆ ਹੋ ਸਕਦੀ ਹੈ ਜਦੋਂ ਨਜ਼ਦੀਕੀ ਤੌਰ 'ਤੇ ਸੰਬੰਧਿਤ ਬੈਕਟੀਰੀਆ ਸ਼ਾਮਲ ਹੁੰਦੇ ਹਨ, ਜਿਵੇਂ ਕਿ ਇਸ ਡੇਟਾ ਸੈੱਟ ਦੇ ਮਾਮਲੇ ਵਿੱਚ; ਇਸ ਤੋਂ ਇਲਾਵਾ, ਇਹ ਪ੍ਰਕਿਰਿਆ DNA ਮੁਰੰਮਤ ਵਿਧੀਆਂ72 ਦੀ ਕੁੰਜੀ ਹੋ ਸਕਦੀ ਹੈ, ਇਸ ਲਈ ਸਮਰੂਪ ਪੁਨਰ-ਸੰਯੋਜਨ ਵਿੱਚ ਭੂਮਿਕਾ ਨਿਭਾਓ। 54 ਜੀਨਾਂ ਦੁਆਰਾ ਵੰਡੀਆਂ ਗਈਆਂ ਕੁੱਲ 26 ਪੋਲੀਮੋਰਫਿਕ ਸਥਿਤੀਆਂ ਦੀ ਪਛਾਣ ਕੀਤੀ ਗਈ ਸੀ (ਪੂਰਕ ਸਾਰਣੀ 3)। ਜੀਨਾਂ ਦੇ ਇਸ ਸਮੂਹ ਵਿੱਚ, NS ਤਬਦੀਲੀਆਂ ਨੇ ਨਤੀਜਿਆਂ ਦਾ ਲਗਭਗ 65% ਹਿੱਸਾ ਪਾਇਆ, ਜੋ ਕਿ ਮਾਈਕੋਬੈਕਟੀਰੀਅਮ ਟਿਊਬਰਕਿਊਲੋਸਿਸ ਸਟ੍ਰੇਨ 'ਤੇ ਪਿਛਲੀਆਂ ਰਿਪੋਰਟਾਂ ਦੇ ਅਨੁਕੂਲ ਹੈ।